Uno de los primeros actos del nuevo presidente fue el envío del proyecto de amnistía al Congreso con su respectivo mensaje. Respondía así a las exigencias de las Cámaras y de los partidos del acuerdo; además obraba según su propio temperamento conciliador. En su mensaje al Congreso decía:
"Desarmados los partidos, tranquilizados los espíritus, la vida política normal restablecida, no quedaba otra cosa en pie que los procesos y el alejamiento del país de algunos ciudadanos, recuerdo doloroso de pasados extravíos. Creí, pues, que era el momento preciso de presentar a vuestra sanción esa ley de olvido, bajo cuya benéfica influencia puedo, felizmente, inaugurar vuestras sesiones, sin que haya un solo argentino proscripto, acatada en todo el país la autoridad, asegurada la paz pública, y usando sin coacciones ni violencias todos los ciudadanos sus derechos políticos y civiles".
Los hombres del acuerdo, Mitre, Roca, Pellegrini, habían retirado su confianza a Sáenz Peña y coincidieron en sus exigencias con el vicepresidente Uriburu.
El 8 de marzo de 1896 el PSOA se presentó por primera vez a elecciones en Buenos Aires, con una lista de parlamentarios integrada por Juan B. Justo, Adrián Patroni, Juan Scheafer, Germán Avé Lallemant y Gabriel Abad, obteniendo 138 votos, en una elección escandalosa y abiertamente fraudulenta, como era la característica de un régimen electoral basado en el voto cantado.
Además se dio la circunstancia de que Mitre, Roca, Pellegrini y Bernardo de Irigoyen se habían incorporado al Senado electos por la provincia de Buenos Aires, por Tucumán y por la capital federal y desde allí influyeron en la opinión de modo incontrastable, contribuyendo a facilitar la pacificación y la acción del gobierno.
Las elecciones se habían realizado en la capital federal el 8 de marzo de 1896, con los procedimientos habituales; los acuerdistas tuvieron 6.965 votos; los radicales 5.258. El acto electoral fue calificado por La Prensa como "un simulacro electoral que por sí mismo y aisladamente considerado marcaría la decadencia política de una República". En esas elecciones se presentó por primera vez con candidatos propios el partido socialista, recientemente fundado, y fue desconocido por los caudillos que manejaban la máquina electoral.
Sin la oposición parlamentaria intransigente, sin alteraciones del orden público en su período por la Unión Cívica Radical, Uriburu pudo cumplir sus funciones en calma relativa, que hacía tiempo que no conocía ningún gobierno.
Mediante el sistema de voto cantado el votante debía presentarse a la mesa electoral y pronunciar de viva voz el candidato de su preferencia, siendo anotado su voto en una planilla por la autoridad electoral. Según el código electoral, no se puede prohibir voto a nadie.
El sistema de voto cantado solía conducir a enfrentamientos armados entre los partidos políticos rivales, así como a la corrupción de los jueces electorales. El principal partido opositor, la Unión Cívica Radical (UCR), realizó tres levantamientos cívico-militares entre 1890 y 1905 para anular el sistema de voto cantado.