El país se hallaba tranquilo y en vías de recuperación de la crisis del 90; la disputa con Chile, que seguía pesando en los ánimos, había sido derivada hacia una solución arbitral.
Surgió la candidatura del general Roca, en nombre del partido autonomista nacional, apoyada por Carlos Pellegrini con el propósito de afrontar el problema de Chile y por muchos otros hombres de significación pública. Contra esa candidatura se opusieron en vano los partidos desidentes.
Reorganizado el comité nacional de la Unión Cívica Radical, bajo la presidencia de Bernardo de Irigoyen, se resolvió entrar en contacto con otros partidos para hallar una fórmula presidencial propia, pero Hipolito Yrigoyen en nombre de la Junta provincial de Buenos Aires, se opuso a esa orientación porque equivalía a reconocer la legalidad del triunfo oficialista.
En su último mensaje al Congreso pudo decir Uriburu:
"La paz se ha mantenido inalterable én todo el período de mi gobierno, y merced a ella la Nación, como las provincias, han desenvuelto su vitalidad, señalando rumbos fijos a la prosperidad creciente del país. No debo ocultar ia complacencia con que observo este resultado, porque tengo la convicción de que él es debido, en gran parte, a la conducta del gobierno nacional, sustraído en absoluto a la vida militante de los partidos".
El 12 de octubre de 1898 se hizo la transmisión del mando al general Roca. En esas circunstancias, el nuevo mandatario pudo decir:
"Vinisteis al poder, doctor Uriburu, en una hora difícil, y no obstante todas las dificultades y los inconvenientes de vuestro gobierno, habéis sabido vencerlos manteniendo la paz interna y externa de la República. Al volver a la vida privada, debéis llevar la seguridad y satisfacción de que el país sabrá hacer justicia a la honorabilidad y rectitud de vuestro carácter, y al acierto y patriotismo con que habéis desempeñado vuestras funciones constitucionales, y al estrecharos cordialmente la mano, soy de los primeros en rendiros ese homenaje de reconocimiento".
Uriburu fue designado poco después miembro de la comisión chileno-argentina encargada de trazar la línea divisoria en la Puna de Atacama, en la que participaron Mitre, Bernardo de Irigoyen, Romero y Victorica. Después realizó un viaje a Europa y fue elegido senador nacional por la capital.
Julio Argentino Roca asumió por segunda vez la Presidencia de la República Argentina, el 12 octubre de 1898. Todas las provincias le respondían, excepto una: la provincia de Buenos Aires, donde el control por parte de la prensa impidió el fraude y la presión sobre los electores, triunfó el radical Bernardo de Irigoyen. Pero aún esta oposición le era útil a Roca, ya esta candidatura había dividido a los radicales entre el ala que prefirió participar en las elecciones, y el ala revolucionaria dirigida por Hipólito Yrigoyen, que se aferró firmemente a la abstención. Pese a que ambos grupos compartían la sigla partidaria, desde entonces se separaron progresivamente, ya que el anciano gobernador entró en sucesivos acuerdos políticos con el roquismo.