Después de convenir San Martín con el gobierno de Chile la tarea a realizar para el cumplimiento de la segunda parte del plan de acción continental y para completar los preparativos y, sobre todo, encontrar recursos financieros para organizar la escuadra, viajó a Buenos Aires el 10 de marzo acompañado por Juan O'Brien, quedando O'Higgins al mando del ejército en su ausencia.
San Martín expuso a Pueyrredón la necesidad de una escuadra como algo previo a la preparación de la expedición libertadora del Perú, para tener el dominio del mar. Las tropas se reclutarían entre Chile y las Provincias Unidas; el gobierno chileno contribuiría con 300.000 pesos; el de Buenos Aires con su crédito, pues sus caudales estaban agotados. San Martín se hallaba nuevamente en Chile el 11 de mayo.
San Martín escribió a Pueyrredón:
"No es cordura atacar a esta escuadrilla con menos de igual número de embarcaciones y si V. E. no se resuelve a armar cuenta de ese Estado al menos dos corbetas o bergantines fuertes, puede ser aventurada la empresa. No dominando el mar es inútil pensar en avanzar una línea fuera de este territorio y, por el contrario, es preciso pre¬parme a una guerra dilatada que debemos desviar para no acabar de mutilar a Chile".
Humberto F. Burzio explicó esa actitud del Libertador por las experiencias hechas anteriormente: "La educación y experiencia de su juventud, en una época de grandes acciones navales y de revolución en sus métodos de lucha, había hecho impronta en su espíritu, confirmándole la verdad de la enseñanza histórica de que la victoria final corresponde al que tiene el dominio marítimo, es decir, el poseedor de escuadra y puntos de apoyo para sostenerla".
El 17 de mayo de 1818, San Martín fue recibido por el Congreso en sesión extraordinaria. El óleo de Reinaldo Giúdice lo muestra junto al Director Supremo Pueyrredón