Carlos Menem realizo una serie de diez decretos sancionados entre el 7 de octubre de 1989 y el 30 de diciembre de 1990 indultando civiles y militares que cometieron crímenes durante la dictadura autodenominada Proceso de Reorganización Nacional incluyendo a los miembros de las juntas condenados en el Juicio a las Juntas de 1985, al procesado ministro de Economía José Alfredo Martínez de Hoz y los líderes de las organizaciones guerrilleras fueron beneficiados mediante estos decretos más de mil doscientas personas.
Las leyes de Punto Final (1986) y Obediencia Debida (1987) y los indultos de Menem son conocidas como las leyes de impunidad, aunque las dos primeras fueron leyes votadas por el parlamento y con el libre juego de la oposición; en cambio el indulto fue una decisión unilateral e inconsulta y muy posterior a la sanción de las leyes.
Los indultos de 1989
El 7 de octubre de 1989 el presidente Menem sancionó cuatro decretos indultando a doscientos veinte militares y setenta civiles.
Los indultos de 1990
El 29 de diciembre de 1990 el presidente Menem sancionó seis decretos indultando a un nuevo grupo de personas.
Durante la presidencia de Carlos Menem se conoció bajo el nombre de mayoría automática a un grupo de magistrados que integraron la Corte Suprema de Justicia de la Nación Argentina debido a que parte de la prensa afirmaban que siempre fallaban a favor de los intereses del gobierno. El grupo estaba integrado por Julio Nazareno, Adolfo Vázquez, Eduardo Moliné O'Connor, Guillermo López y Antonio Boggiano, quienes habían sido nombrados por Menem tras la ampliación de la Corte a nueve miembros.
Su influencia se extendió hasta la presidencia de Fernando de la Rúa, en 2003, año en que asume la presidencia Néstor Kirchner, los magistrados Julio Nazareno, Adolfo Vásquez y Guillermo López renunciaron ante la posibilidad de resultar destituidos por juicio político, mientras que Eduardo Moliné O'Connor fue destituido de su cargo a fines de ese año por "mal desempeño".
El Consejo de la Magistratura fue incoporado a la Constitución Nacional en la reforma de 1994 durante la presidencia de Carlos Menem. El artículo 114 de la constitución reformada establece:
El Consejo de la Magistratura, regulado por una ley especial sancionada por la mayoría absoluta de la totalidad de los miembros de cada Cámara, tendrá a su cargo la selección de los magistrados y la administración del Poder Judicial. Su estructura orgánica y funciones se encuentran reglamentadas por la Ley 24.937 del Consejo de la Magistratura, sancionada el 10 de diciembre de 1997, con varias reformas posteriores. Comenzó a funcionar por primera vez en 1998, presidido por el entonces presidente de la Corte Suprema Julio Nazareno.
La figura del Defensor del Pueblo proviene del derecho escandinavo (concretamente de Suecia) y fue introducida en el orden normativo argentino en la reforma constitucional de 1994. El art. 86 de la Constitución Nacional establece:
El Defensor del Pueblo es un órgano independiente instituido en el ámbito del Congreso de la Nación, que actuará con plena autonomía funcional, sin recibir instrucciones de ninguna autoridad. Su misión es la defensa y protección de los derechos humanos y demás derechos, garantías e intereses tutelados en esta Constitución y las leyes, ante hechos, actos u omisiones de la Administración; y el control del ejercicio de las funciones administrativas públicas.
El Defensor del Pueblo tiene legitimación procesal. Es designado y removido por el Congreso con el voto de las dos terceras partes de miembros presentes de cada una de las Cámaras. Goza de las inmunidades y privilegios de los legisladores. Durará en su cargo cinco años, pudiendo ser nuevamente designado por una sola vez. La organización y funcionamiento de esta institución serán regulados por una ley especial.
El primer ombudsman fue Jorge Luis Maiorano quien asumió el cargo el 16 de junio de 1994 y se mantuvo en el mismo hasta el final del gobierno de Carlos Menem.
Indulto a los responsables de la guerra de las Malvinas
Los responsables de la guerra de Malvinas fueron condenados en 1989 durante el gobierno de Afonsín por varios años de prisión por su responsabilidad durante la guerra , sin embargo fueron indultados por el presidente Carlos Saúl Menem por el Decreto 1005/89, tanto Galtieri, como Lami Dozo y Anaya conservaron su grado militar.
Indulto a José Alfredo Martínez de Hoz
En 1984 fue acusado del secuestro de los empresarios Federico Gutheim y su hijo Miguel Ernesto y llegó a cumplir 77 días de arresto por este delito, pero finalmente fue sobreseído. La Cámara Federal Penal, durante el gobierno democrático de Raul Alfonsín, resolvió que Martínez de Hoz era ajeno a los hechos que se investigaban y revocó su prisión preventiva, en 1988. El decreto que disponía la detención de los Gutheim estaba firmado por el presidente Videla, no por Martínez de Hoz. En 1989 fue indultado mediante el decreto 2745/1990 del presidente Carlos Saúl Menem, quedando cerrada la causa. En septiembre del 2006 su indulto fue declarado nulo por la Cámara Federal en abril de 2008, al considerar el secuestro parte de los delitos de lesa humanidad perpetrados como parte del terrorismo de Estado del gobierno de facto.En la misma causa están acusados Videla y el ex ministro del Interior, Albano Harguindeguy.
La Auditoría General de la Nación fue creada en octubre de 1992 mediante la Ley 24156.118 Esta ley le otorga a la AGN la función específica de intervenir "necesariamente en el trámite de aprobación o rechazo de las cuentas de percepción e inversión de los fondos públicos". Con respecto al organigrama del organismo, define que debe estar conformado por siete (7) miembros llamados Auditores Generales. Estos deben ser de nacionalidad argentina, con título universitario en el área de Ciencias Económicas o Derecho, con probada especialización en administración financiera y control.
Dos años después de la sanción de la ley que dio lugar a su creación, la AGN adquirió máxima jerarquía en el ordenamiento jurídico argentino. En el Artículo 85 de la Constitución de la Nación Argentina, surgida tras la reforma en 1994, se estipula:
El control externo del sector público nacional en sus aspectos patrimoniales, económicos, financieros y operativos, será una atribución propia del Poder Legislativo.
El examen y la opinión del Poder Legislativo sobre el desempeño y situación general de la administración pública estarán sustentados en los dictámenes de la Auditoría General de la Nación.
Este organismo de asistencia técnica del Congreso, con autonomía funcional, se integrará del modo que establezca la ley que reglamenta su creación y funcionamiento, que deberá ser aprobada por mayoría absoluta de los miembros de cada Cámara. El presidente del organismo será designado a propuesta del partido político de oposición con mayor número de legisladores en el Congreso.
Tendrá a su cargo el control de legalidad, gestión y auditoría de toda la actividad de la administración pública centralizada y descentralizada, cualquiera fuera su modalidad de organización, y las demás funciones que la ley le otorgue. Intervendrá necesariamente en el trámite de aprobación o rechazo de las cuentas de percepción e inversión de los fondos públicos.
El texto constitucional previó que el Congreso sancionara una ley específica para reglamentar su creación y funcionamiento. Sin embargo, dicho mandato (que exige aprobación "por mayoría absoluta de los miembros de cada Cámara") permanece incumplido hasta la fecha. Este hecho ha provocado inestabilidad institucional en la AGN,120121122 a pesar de lo cual el organismo de control ha continuado su funcionamiento supletoriamente bajo el marco de la Ley 24.156.
El 5 de julio de 1995, durante la Presidencia de Carlos Menem, se sancionó la Ley 24.515 creando el Instituto Nacional contra la Discriminación, la Xenofobia y el Racismo, que comenzó sus tareas en 1997. Su primer presidente fue el periodista Víctor Ramos.
A partir del año 2000 el INADI se encuentra intervenido por el Poder Ejecutivo Nacional (con excepción del período de Lubertino), no gozando en consecuencia de la independencia que le confiere su ley nacional de creación 24.515. Esta situación ha sido mantenida por los sucesivos gobiernos, quitándole así autonomía orgánico al mismo.