En enero de 1960, Zanichelli concretó -junto con el gobernador de Mendoza- uno de sus últimos desafíos a la autoridad de Frondizi, cuestionó el proyecto de Ley de Energía que el presidente Frondi había enviado al Congreso Nacional.
El 12 de mayo de 1960, el Comunicado Nº 3 del Comando en Jefe del Ejército, firmado por Carlos Toranzo Montero y ampliamente difundido por los medios, no sólo acusaba a Zanichelli de complicidad, sino que lo responsabilizaba de "organizar y armar grupos terroristas". El conservador Partido Demócrata de Córdoba y el Partido Cívico Independiente —que respondía al ministro Alsogaray— también responsabilizaron al propio gobernador en sintonía con la acusación militar.
La Junta de Comandantes de las Fuerzas Armadas exigió al presidente Frondizi la intervención federal a los tres poderes de la Provincia de Córdoba, aduciendo que el gobierno de Zanichelli era incapaz de enfrentar la amenaza terrorista, por las buenas relaciones que mantenía con la proscripta dirigencia peronista. Frente al peligro cierto de ser él mismo derrocado en caso de no acceder, Frondizi cedió, una vez más, a la presión militar y envió al Senado el proyecto de ley de intervención. “Vengo a ver cómo me degüellan mis amigos”, fueron las inolvidables palabras pronunciadas por el gobernador Zanichelli mientras presenciaba la votación de la ley intervencionista en el Congreso de la Nación Argentina.
La intervención federal se hizo efectiva el 15 de junio de 1960, cuando Zanichelli debió entregar al gobierno al interventor Juan Francisco de Larrechea, ligado al ministro Alsogaray.
Con frecuencia, Zanichelli se sentía resentido en su salud, por lo que el vicegobernador Reale debió remplazarlo en distintas oportunidades.7 Su gobierno coincidió con el marco de fuertes protestas estudiantiles contra el gobierno de Arturo Frondizi, que concentraron a 20.000 estudiantes.El paro policía tuvo los primeros roces entre el gobernador y la cúpula policial y la IV División de Ejército databan de septiembre de 1958. En aquel entonces, una huelga de la policía provincial -motivada por la separación de sus cargos de funcionarios incorporados a partir del golpe de Estado de septiembre de 1955, algunos de ellos vinculados a la UCRP- desembocó en la designación del Tte. Cnel. Juan Caro Sánchez, hasta ese momento jefe de cuerpo en la Escuela de Infantería, como interventor en la policía de Córdoba. El nuevo titular entregó un documento al Cdte. de la IVª División de Ejército, Cnel. R. Fraga,en el que acusaba al gobernador de haber entregado armas a "milicias civiles adictas" para sustituir a la policía en los días iniciales de la huelga.