Belgrano no hizo objeciones a las dificultades de la empresa que se le confiaba ni a la exigüidad de los medios que se le ofrecían para cumplirla. Se reunió con sus huestes en San Nicolás de los Arroyos y después de pasar una noche en Santa Fe pasó a La Bajada (Paraná).A medida que iba avanzado con destino a Paraguay iba obteniendo nuevos reclutamientos para su tropa.
Siguiendo las Instrucciones emitidas por la Junta, el 28 de septiembre de 1810, Belgrano llegó a San Nicolás donde lo estaban esperando las siguientes tropas:
Pasada la revista de esta unidad, Belgrano informó:
"Los soldados todos son bisoños y los más huyen la cara para hacer fuego (...) Las carabinas [...] son malísimas [...] se [arreglaron] muy mal pues [...] a los tres o cuatro tiros quedan inútiles". Belgrano a la junta de Buenos Aires en (Instituto Belgraniano Central, 1982, p. 262)
De los 6 cañones se enviaron 4 a Buenos Aires por inservibles.
El 29 de septiembre, Belgrano y sus 630 hombres partieron rumbo a Santa Fe.
Belgrano llegó a Santa Fe el 2 de octubre de 1810, y según sus Instrucciones en esta ciudad debía incorporar 200 hombres. Sin embargo, la única Compañía de Blandengues existente era la del capitán Francisco Aldao, con solo 100 hombres, de los cuales 40 eran veteranos y el resto reclutas.
De la tropa 60 soldados procedían del Fuerte de Sunchales, de donde hizo retirar los 2 cañones de a 4, quedando el fuerte quedó con solo 18 hombres y que más tarde fue arrasado por los indígenas. Se produjo así un gran debilitamiento del sistema defensivo santafesino frente a los indígenas mocovíes, abipones y tobas, que estos aprovecharon para aumentar su belicosidad.
La movilización de hombres que hizo Buenos Aires —sin tener en cuenta la imperiosa necesidad defensiva de Santa Fe— se convertirá hasta 1815 en el argumento central de la oposición que harán las autoridades santafesinas contra Buenos Aires.
"No van en mi ejército los doscientos Blandengues de esta ciudad porque no existen aún, pues se está levantando la 2.ª Compañía, he mandado únicamente que vaya la Compañía del Capitán Aldao, agregada al Regimiento de Caballería de la Patria". Belgrano a la Junta, Santa Fe, 3 de octubre de 1810 (Instituto Belgraniano Central, 1982, p. 270)
El teniente coronel Machain fue nombrado mayor general de ejército, como segundo de su mando.
Belgrano se quejó a la Junta por la falta de caballos "pertenecientes al Rey" pese a los recursos que se habían dispuesto. Pidió una investigación y el escarmiento de los "dilapidadores del Erario". Para compensar tuvo que intimar a los vecinos a hacer donaciones y "si no se hallase con tan buena voluntad se les satisfará el costo que se le causare en su conducción y el tiempo y distancia que se emplearan conforme al orden de las postas". Se recibieron donaciones y ofrecimientos.Por su contribución a la expedición, Belgrano otorgó a la ciudad el título de “Muy Noble”.
El ejército comenzó a cruzar el río Paraná el 8 de octubre, llegando Belgrano a La Bajada (actual ciudad de Paraná) el día 9, en donde fue recibido con "respeto y obediencia". En La Bajada se instaló un campamento para instruir a las tropas, se recibieron víveres y el donativo de 750 caballos hecho por el pueblo.
Belgrano creó lo que entonces se denominó Ejército del Norte; que no debe confundirse con el que actuó en el Alto Perú.
E 20 de octubre llegó a La Bajada la artillería que había salido de Buenos Aires el 27 de septiembre, era un piquete del Batallón Real de Artillería Volante, compuesto por el capitán José Ramón de Elorga, 2 sargentos y 20 soldados, con dos cañones de a 2 y dos cañones de a 4, y con una dotación total de 120 tiros.
Belgrano comunicó a la Junta el estado de su ejército. Hasta ese momento contaba con aproximadamente 730 hombres, que organizó en tres divisiones, distribuyéndose los seis cañones entre ellas.
Varios paraguayos acompañaron a Belgrano: los dos hijos del ya fallecido Espínola y Peña, José y Ramón, edecanes de Belgrano, el mayor general de la expedición, José Ildefonso Machain y el capitán de artillería Bonifacio Ramos. A este grupo se unió José Alberto de Cálcena y Echeverría como intendente del ejército dada su experiencia en la provisión de víveres y vestuario, sus contactos y parientes en el Paraguay, donde había vivido largos años, y su conocimiento de las Misiones.
El 21 de octubre Belgrano entregó el itinerario y dictó sus instrucciones a cada jefe de división. En ellas establecía una disciplina muy severa, que aplicaba la pena de muerte incluso por hurtos menores.
Esta disciplina basada en la represión suponía la poca identificación de muchos soldados con los motivos por los cuales habían sido convocados. Los soldados, que mayoritariamente eran reclutados a la fuerza, desertaban al inicio de las marchas antes de alejarse de sus familias o lugares conocidos, aprovechando la menor vigilancia de los guardias y oficiales que custodiaban las columnas en movimiento. Pese a esas medidas disciplinarias, se tuvo que fusilar, como ejemplo, a dos desertores en Curuzú Cuatiá lo que no impidió nuevas deserciones en el mismo regimiento. Belgrano lo atribuyó a la "falta de sentimientos" de los soldados que, como hombres de campo, eran criados "poco menos que como animales".
La Junta, al estimar que la campaña del Paraguay sería más seria de lo calculado, envió el 16 de octubre un refuerzo de 200 hombres del Regimiento de Patricios (regimientos N.º 1 y 2) al mando del capitán Gregorio Perdriel. El 25 de octubre la Junta entregó a Belgrano el despacho de coronel de ejército.
El 22 de septiembre de 1810 la Junta mediante una nota puso a Corrientes bajo la autoridad de Belgrano y el 8 de octubre, éste ordenó al nuevo teniente de gobernador, Elías Galván, que situara 300 hombres sobre el paso del río Santa Lucía, en el pueblo de San Roque, a la espera de la llegada del ejército expedicionario de Belgrano.
Corrientes contaba con 6 compañías, de 100 hombres cada una, del Regimiento de Voluntarios de Caballería de Corrientes. Galván ofreció además a Belgrano 50 indígenas de Santa Lucía y otros 50 de Santa Ana de los Guácaras, junto con 80 pardos para servir en la artillería.
Entre otras medidas, creó dos compañías de infantería de mozos decentes y el acaudalado comerciante Ángel Fernández Blanco organizó dos compañías de cívicos de infantería.