El envío de la expedición militar al Alto Perú, el fusilamiento de Liniers en Córdoba y las medidas que tomó la junta de Buenos Aires provocaron alarma en la provincia, pues era de esperar el envío de una fuerza militar hacia el Paraguay. Bajo ese supuesto, y cumpliendo lo ordenado por el congreso del 24 de julio, el gobernador Velasco tomó una serie de medidas defensivas:
El 26 de julio de 1810 Velasco le comunicó a su subordinado Rocamora que se debía suspender todo reconocimiento a la junta de Buenos Aires. Días después le ordenó el envío de la artillería que estaba en su poder. Con una fuerza de 100 hombres, Velasco cruzó el río Paraná, entonces un río interior de las Misiones, y el 3 de septiembre, desde San José (a 36 km al suroeste de Candelaria), intimó al teniente Juan Domingo Pareti, ubicado en Concepción de la Sierra, para que entregue pertrechos, pólvora y municiones de propiedad del Rey. Cabañas efectuó la requisa y la expedición se retiró a la margen derecha del Paraná, dando muestras de que Velasco no intentaba realizar acciones ofensivas.
El bando del 27 de julio advirtió que se considerarían "reos de estado" a los perturbadores de la tranquilidad pública. En el mes de septiembre hubo denuncias sobre "perturbaciones" en la Villa Real y a los curas franciscanos y dominicos se les prohibió salir de sus claustros.
En octubre fueron enviados al lejano fuerte Borbón cinco conspiradores que pensaban asesinar al gobernador y acólitos en el mes de enero de 1811 a instancia de instrucciones desde Buenos Aires.
Inmediatamente después del congreso del 24 de julio de 1810 se constituyó una Junta de Guerra a cargo del coronel Pedro Gracia. Se movilizó a las milicias urbanas, se cerró el puerto de Asunción, se equiparon y pertrecharon algunos barcos para cuidar el río Paraguay. El llamamiento de estas milicias recién se produjo cuando Belgrano cruzó el río Paraná en diciembre de 1810:
"Noticioso de ese movimiento, expedí órdenes a la campaña para la reunión de los escuadrones urbanos que he formado y como si un rayo hubiese herido los corazones de estos incomparables provincianos, me hallé a los dos días de haberse circulado los avisos con más de 6000 hombres". Parte de Bernardo de Velasco al gobernador de Montevideo, Gaspar de Vigodet, Cuartel General de Yaguarón, 28 de enero de 1811, en (Senado de la Nación, 1966, p. 49)
Los testigos de la época no se ponen de acuerdo sobre el número de milicianos paraguayos movilizados. En sus cartas a la junta porteña Belgrano sostiene que eran 5000 a 9000, pero después en sus Memorias eleva la cifra a 12 000. El Teniente Letrado y Asesor en la provincia del Paraguay interino, doctor Pedro Alcántara de Somellera, afirma que eran 7062 hombres. Finalmente, el capellán porteño José Arboleya y los aventureros Johann Rudolph Rengger, Alfred Demersay, Marcelin Longchamp y César Famin apoyan al ya citado parte del gobernador Velasco. Debido a esto la mayoría de los historiadores modernos aceptan su cifra.
Sólo un cuarto de estos habría tenido verdadero valor militar,31200 contaban con sables, 700 con lanzas y el resto chuzos, machetes, palos, garrotes o las manos desnudas
El 30 de septiembre llegó a Corrientes una flotilla de 4 barcos mercantes armados con cañones y otros menores al mando del coronel José Antonio Zavala y Delgadillo. La expedición había zarpado de Asunción el 21 de septiembre con la intención de liberar a ocho naves paraguayas apresadas por el teniente de gobernador de Corrientes, Elías Galván. La flotilla incluía 210 hombres entre tripulantes y soldados más 12 piezas de artillería de diverso calibre. Al día siguiente se intimó al gobernador de Corrientes:
"La capital de la Asunción del Paraguay ha observado desde tiempo inmemorial la mejor correspondencia con la ciudad de San Juan de Vera, de Corrientes [...] De súbito se halla insultada alevosamente con la detención de los buques y propiedades del giro de su comercio, no permitiendo que los pasajeros de aquella naturaleza y forasteros, regresen a su patria y vecindad". Zavala a Galván en (Chaves, 1959, p. 51-54)
El gobernador Elías Galván, salvando su responsabilidad ante la junta de Buenos Aires, permitió el paso de los buques "en prueba de adhesión a los hermanos paraguayos".
Por otro lado, a fines de septiembre, una expedición terrestre al mando del capitán Fulgencio Yegros y el alcalde del primer voto de Pilar Blas José Rojas (Roxas) ocupó la guardia de Curupaity en poder de los correntinos, y el mismo día en que la flotilla llegó a Corrientes, capturó Paso del Rey, a 28 km de la ciudad, sobre la margen derecha del Paraná. Esta última medida respondía a la necesidad de controlar, por medio de patrullas ligeras, toda la margen derecha del río Paraná hasta Campichuelo