Luego de la reconquista de Buenos Aires, Liniers fue considerado como un héroe por la población del Virreinato del Río de la Plata. Un cabildo abierto reemplazó a Sobremonte por Liniers como gobernador militar, y de hecho comenzó a administrar también en lo civil.
Santiago de Liniers a los doce años era paje del gran maestre de la Orden de Malta, y a los quince entró como lugarteniente del Regimiento de Caballería de Piémont-royal, en el que sirvió hasta 1774. En dicha fecha su cuerpo se encontraba de guarnición en Carcasonne, y entonces, como muchos otros voluntarios de la nobleza, se alistó en la expedición que el gobierno español preparaba contra los moros en Marruecos y Argel. Pidió su baja al coronel del regimiento, barón de Talleyrand, y obtenida ésta con el grado de teniente, cruzó la frontera, sentando plaza de voluntario en la escuadra reunida en Cartagena. En esa época muchos generales de España eran extranjeros, y el mismo jefe de la expedición era un general irlandés, O'Reilly. En esa campaña sirvió como edecán del príncipe de Rohan, que también era francés. Tomó parte en el desembarco de Argelia, dando pruebas de valor y de infatigable actividad, e ingresó después en la escuela de guardiamarinas de Cádiz. Con el grado de alférez de fragata se incorporó a la expedición que el virrey del Río de la Plata Cevallos condujo al Brasil en 1776. Bajo su mando, participó en la toma de la isla de Santa Catalina y en el ataque y rendición de la Colonia del Sacramento.
En 1777 regresó a la Península con las demás tropas, como segundo comandante de un bergantín. Luchó después a la campaña contra Inglaterra, e integrado en la flota franco-española, tomó parte en el asedio de Mahón y en el bloqueo de Gibraltar. Por su heroica conducta fue ascendido a capitán de fragata en 1782.
En 1788 Liniers pasó de nuevo al Río de la Plata. Habiendo enviudado en Buenos Aires de su primera esposa, contrajo nuevas nupcias con la hija de Martín de Sarratea. En 1796 estaba al frente de la escuadrilla de Montevideo y fue ascendido a capitán de navío. De su primer matrimonio tuvo un solo hijo: Luis de Liniers. De su segundo matrimonio fue padre de una familia numerosa. El virrey del Pino lo nombró gobernador interino de Misiones. Regresó a Buenos Aires y el virrey Sobremonte lo reintegró al mando de la división naval en la desembocadura del Río de la Plata.
Fue electo Virrey interino en una cabildo abierto en luego de ser uno de los principales protagonistas de la reconquista de Buenos Aires y fue nombrado efectivo en su cargo en 1807 luego de efectuar la segunda recuperacion de Buenos Aires ante la ineptitud nuevamente de Sobremonte
En enero de 1806 una escuadra inglesa se apoderó de El Cabo, y estaba claro que desde allí empendería la conquista del Río de la Plata. El virrey Sobremonte confió a Liniers la defensa de la Ensenada de Barragán.
Desde dicho apostadero, Liniers vio pasar las naves inglesas en dirección a Buenos Aires el 24 de junio de 1806. Los invasores entraron en la ciudad y Liniers quedó fuera de la capitulación, concibiendo entonces el proyecto de reconquistar Buenos Aires con la ayuda de Montevideo. El gobernador de esa plaza, brigadier Pascual Ruiz Huidobro, aceptó colaborar en la empresa y facilitó armas, tropas de línea y una escuadrilla para el cruce del río. Liniers debió esperar al virrey Sobremonte que volvía de Córdoba con miles de hombres dispuestos a luchar por la reconquista de la capital y unir sus tropas a ellos. Pero, impaciente, llegó a las inmediaciones de la capital y conminó a rendirse al brigadier general inglés, segundo al mando de las tropas, sir William Carr Beresford; en una nota llena de insólita arrogancia en la cual sólo concedía a Beresford quince minutos para que decidiera si estaba dispuesto a entregarse o prefería librar sus tropas a una segura y total des-trucción. El militar inglés le contestó que se defendería hasta el límite que le indicara la prudencia.
Alcanzada la reconquista de Buenos Aires y realizado el cabildo abierto del 14 de agosto, Sobremonte pasó a la Banda Oriental delegando en Liniers el mando de las armas de Buenos Aires, y en el regente de la Audiencia el despacho diario y urgente de las otras funciones de gobierno. La autoridad de Liniers se acrecentó cuando, conforme a lo dispuesto por la junta de guerra de 1807, quedó como jefe de todas las fuerzas.
Martin de Alzaga un comerciante español y convertido en héroe de la reconquista , pues cuando Santiago de Liniers llegó desde Montevideo y comenzó la Reconquista de Buenos Aires, el 12 de agosto, apareció de repente el ejército secreto de Álzaga y los ingleses fueron rápidamente vencidos. La rendición de Beresford no tardó en llegar salvándose el Virreinato del Río de la Plata del dominio de la corona británica. Liniers y Álzaga eran los héroes de las Invasiones Inglesas pero pronto entraron en conflicto, tanto por el pésimo gobierno del virrey, como por el hecho de que aquél era francés y España había entrado en guerra con Napoleón Bonaparte. El 1º de enero de 1809, Álzaga organizó una revolución para deponer a Liniers: sacó a la calle a los tercios (batallones) de "Gallegos", "Miñones de Cataluña" y "Vizcaínos" formados por españoles, organizó una manifestación en contra del virrey y le exigió la renuncia.
España, al tener conocimiento de la invasión inglesa, resolvió nombrar virrey al gobernador de Montevideo, Huidobro. Pero éste no pudo tomar el mando porque se hallaba prisionero los ingleses. Finalmente, la metrópoli, atenta a las peticiones llegadas desde el Río de la Plata, designó a Liniers para el cargo de virrey interino en 1807. Éste se dedicó a organizar nuevas milicias ya que se esperaban nuevas invasiones británicas, como la que se produjo a mediados de aquel año. Se ocupó, también de socorrer a las familias de las víctimas de estos sucesos, y resolver la crisis de las cajas reales. Como éstas no alcanzaban a cubrir los gastos de mantenimiento de las tropas, solicitó al pueblo que realizase una contribución patriótica.
Este breve período se caracterizó por la incertidumbre y hechos confusos: las noticias de si los sucesos europeos resultaban contradictorias; la crisis institucional y económica se acentuaba cada día más.
Fue también en esta época cuando los proyectos de independencia, alentados muchas veces por los poderosos enemigos de la metrópoli, adquirieron consistencia. Se creó así en torno a Liniers un clima de inacabables sospechas.
Europa era escenario sucesos inesperados. Carlos IV abdicaba en favor de su hijo Fernando en Aranjuez, el 19 de marzo de 1808. A las pocas semanas el rey volvía a ceñir su corona, y el 5 de mayo, Carlos IV cedía a Napoleón sus derechos al trono. En seguida, el príncipe de Asturias y los infantes de España consentían en la renuncia, y el 5 de julio, el emperador de Francia transfería la corona de España y de las Indias a su hermano José Bonaparte. Todo esto era sabido a medias en Buenos Aires. El virrey interino afrontó los hechos, según la Audiencia, con «cordura y precaución, como si se prebiese las cabilosidades y congeturas a que había de quedar expuesta su conducta».
Otro grave problema que tuvo que afrontar Liniers fue el derivado de las ambiciones de los Braganza, cuya corte se trasladó a Río de Janeiro, huyendo de Portugal a raíz de la invasión napoleónica.
El virrey rechazó altivamente las pretensiones de los príncipes portugueses de extender sus dominios, hasta incluir en ellos al Río de la Plata, con el pretexto de proteger los derechos del rey cautivo. También sostuvo largos conflictos con el gobierno de Montevideo, a cargo de Elio, que resistió su autoridad. Mientras la Audiencia le dispensaba su confianza, el Cabildo, en cambio, modificó al poco tiempo su conducta y le presentó tenaz oposición. Se suponía que, después de la invasión napoleónica, el origen francés de Liniers lo hacía sospechoso de traición.
Tanto en Europa como en América, la defensa de Buenos Aires había causado un júbilo indescriptible.
Liniers fue confirmado como virrey por la corte, y le dieron el título de conde de Buenos Aires.
La creación de cuerpos nativos provocó antagonismos que con el tiempo se fueron agudizando, pues tanto los criollos como los españoles se atribuían la mayor gloria en la lucha que habían sostenido contra el invasor.
Esto ocasionó la formación de dos partidos antagónicos: el de los criollos, que apoyaban a Liniers, y el de los españoles, que reconocían como jefe a Martín de Alzaga. El primero de enero de 1809 fracasó un movimiento destinado a derrocar a Liniers. Las fuerzas, comandadas por Cornelio de Saavedra, lo impidieron. Pero la Junta Central de España e Indias, el 11 de febrero de 1809 separó a Liniers de su cargo, reemplazándolo por Baltasar Hidalgo de Cisneros.
El 1 de enero de 1809, el alcalde Martín de Álzaga se dirigió al cabildo de la ciudad en un intento por deponer al virrey Liniers, usando su nacionalidad francesa como pretexto para acusarlo de complotar con Francia. Dicho país se encontraba en guerra con España por ese entonces, en los conflictos conocidos como Guerras Napoleónicas. Los sublevados tomaron el Cabildo y exigieron la renuncia de virrey, rodeando también la actual plaza de Mayo. Llegaron a lograr la renuncia del virrey. Pero Saavedra reaccionó rápidamente y logró desbaratar el intento.
Después de poner el virreinato en manos de éste, Liniers se retiró a sus posesiones de Alta Gracia, Córdoba. En su informe del 10 de julio, el francés recordaba sus treinta y cinco años de servicios a España en reiterados encargos y comisiones, diciendo: «La América no ha conocido una época tan tempestuosa como la mía, atacada siempre por enemigos esteriores e interiores, habiendo conseguido superar tanto cúmulo de peligros y dificultades para tener la honra de entregar pacíficamente el mando de estos dominios al digno sucesor que V.M. me ha señalado».
Se hallaba en Córdoba, cuando recibió la noticia de la Revolución del 25 de mayo en Buenos Aires, a la que trató de oponerse como leal servidor de España. Al llegar a Córdoba la expedición enviada por la Junta de Mayo, encontró la primera oposición organizada por Liniers en compañía del gobernador y de otros personajes realistas, con los cuales fue ejecutado en Cabeza de Tigre, en las inmediaciones de Cruz Alta. En 1862 sus restos fueron trasladados a España y descansan en San Fernando, provincia de Cádiz, en el Panteón de los Marinos Ilustres