Fernández de Bobadilla habría de hacer una investigación, basándose en denuncias que se habían hecho llegar a los monarcas, de esa forma recopiló gran cantidad de quejas contra Diego y Cristóbal, descubriendo que habían hecho una pésima administración, y con serios abusos de autoridad, por lo que ordenó su apresamiento y traslado a España., además, se incautaron todos los bienes de los hermanos Colón.
A pesar de que ya de por sí los hechos que se le imputaban a los Colón eran suficiente para su enjuiciamiento Bobadilla continuó con las investigaciones para aclarar otros asuntos que preocupaban, y mucho, a los Reyes Católicos. Para ello se escogió a una veintena de testigos de diferentes ámbitos de la isla, tanto amigos como enemigos de los acusados.
Se les haría a cada uno tres preguntas:
¿Había Colón intentado movilizar a indígenas y españoles contra el nuevo gobernador? La respuesta fue unánime de todos los testigos: sí, había intentado juntar un ejército para marchar sobre Santo Domingo y obligar a Bobadilla a volver a Castilla con el rabo entre las piernas por lo que desobedeció las órdenes reales e intentó sublevarse contra las mismas, pero no consiguió su objetivo ya que muy poca gente se le unió como quedó demostrado cuando llegó a la ciudad con tan sólo una veintena de seguidores. Ya le había ocurrido algo parecido cuando ordenó a todos los vecinos de Santo Domingo presentarse en la plaza de Armas para marchar contra el rebelde Roldán, su fracaso le condujo a negociar con el Alcalde Mayor.
¿Impidió Colón bautizar a indígenas? A pesar de la religiosidad del almirante y de su constante observancia de los deberes religiosos, tanto propios como ajenos, una de las acusaciones más graves que recayeron contra él era el haberse negado a bautizar a numerosos indígenas o poner todas las trabas posibles para realizar dichos bautizos, contraviniendo con ello gravemente una de las principales razones de la conquista y colonización: la expansión del cristianismo por tierras desconocidas. Aunque pueda parecer increíble era el almirante el que decidía a quién se bautizaba y a quién no. Esto provocó no pocos conflictos con los eclesiásticos allí destacados. Muchos de los testigos declararon que solicitaron el permiso a Colón para cristianizar a las nativas con las que convivían y así poder casarse con ellas en cristiano matrimonio, pero el almirante no se lo concedió.
¿Y cuál era la razón para esta reticencia a cristianizar nativos? unos declaran que, en su celo cristiano, quería que tan sólo se convirtiese a los indígenas que ya conociesen los ritos y oraciones más importante del cristianismo, es decir, primero debían de pasar un período de aprendizaje para posteriormente bautizarlos. Pero otros testigos declararon que ésta no era sino una excusa para poder esclavizar al mayor número posible de indígenas, ya que si estos eran cristianos ya no podían ser vendidos como esclavos y en vista del poco oro y pocas riquezas encontradas la trata de esclavos parecía la única forma de rentabilizar las inversiones en el Nuevo Mundo. Si bien al final los Reyes Católicos prohibieron este comercio por considerarlo inhumano y muy poco cristiano, incluso ordenaron que todos los esclavos llegados a España desde América fueran devueltos a sus tierras. Precisamente los veinticinco primeros esclavos devueltos a la Española arribaron en las carabelas de Bobadilla.
¿De qué manera administró la justicia Colón en sus territorios? Entre las acusaciones relacionadas con su forma de impartir justicia en la Española, las más importantes fueron:
Gracias a estos documentos hemos podido conocer una parte de Colón que no era muy conocida, encubierta por la mayoría de los cronistas e historiadores que siempre han ensalzado la figura y la personalidad de Colón como si de una deidad se tratara, cuando no fue más que un hombre de su tiempo con inmensas carencias desde el punto de vista humano, pero poseído por un carácter y una fuerza gracias a las cuales pudo completar increíbles aventuras y grandes hazañas.