El 15 de enero de 1493 Colón toma la decisión de volver a Europa y el 16 retorna con 2 carabelas Pinta y Niña abandonan La Española con rumbo a España. Según Las Casas, Colón ordenó a los castellanos que se quedaron en la isla que acatasen lo que dijera el cacique Guacanagari y no saliesen de sus dominios.
En La Niña se embarcaron varios objetos recogidos en la expedición así como 10 indios, dos de ellos hijos de Guacanagari.
El 16 de enero de 1493 la flota de dos carabelas de Cristóbal Colón partió desde la isla Española hacia España tras descubrir América y explorar las islas caribeñas. La ruta fue durante veinte días en dirección norte y noreste, hasta el 4 de febrero en que el almirante ordenó virar al este ya que había llegado al paralelo de las Azores y a partir de aquí los vientos serían favorables.
La travesía fue buena hasta el 13 de febrero día en el que entraron en una terrible tormenta que les hizo pensar en lo peor, por ello rezaron y se confesaron ante el inminente desastre que se avecinaba. La tormenta separó a las dos naves, que terminaron llegando a distintos puertos en la Península.
La Pinta arribó a la Península en el puerto de Bayona el 1 de marzo de 1493, en tierras gallegas. Partiendo hacia Palos, a donde llegó unos días después. Su capitán Martín Alonso Pinzón contrajo una enfermedad en la isla Española que lo mató pocos días después en su pueblo natal.
El 14 de febrero de 1493, en el tornaviaje, se cruzaron con una fuerte tempestad que estuvo a punto de hacer naufragar las embarcaciones. En tan difícil trance, Cristóbal Colón, decidió echar en suerte, la promesa de peregrinar en romería a varios templos, como acción de gracias por superar tan difícil situación.
La Niña llegó el 18 de febrero a la isla de Santa María, una de las islas Azores, donde no fue muy bien acogida por los portugueses pero tras unas negociaciones permitieron a los marineros castellanos descansar en ella hasta el día 24. Pero al poco de partir una nueva tempestad les estaba esperando, peor que la anterior, y en la que Colón ante la violencia de la misma dio por segura su muerte. Escribió una carta a los reyes lanzándola en un barril encerado para que si alguien la encontrase se la hiciese llegar y así sus aventuras y descubrimientos no se quedasen sepultados en el fondo del Océano.
Finalmente consiguieron salir adelante y llegar a la altura de Cascais el 4 de marzo, en la desembocadura del río Tajo, donde de nuevo, una tempestad les hizo zozobrar ante los mismísimos ojos de los lugareños que rezaron durante todo el día para que aquel barco con las velas rotas y a la deriva pudiese entrar en la ensenada y así ponerse a salvo.
Tras lograrlo estuvieron varios días en Lisboa donde Colón fue agasajado por el rey portugués Juan II. Allí estuvo hasta que el 15 de marzo embarcó en dirección al puerto de Palos, lugar de salida de su expedición siete meses antes.