Cuando se incorporó la división tucumana a su ejército, el 7 de junio, salió Paz de Córdoba por el camino de Anisacate, dejando en la ciudad una guarnición que juzgó suficiente para la defensa.
En Anisacate el ejército recibió la siguiente organización:
En total, 720 infantes, 1.650 jinetes y dos baterías de artillería ligera.
El ejército de Quiroga doblaba esos efectivos, pero Paz disponía de mayor cantidad de soldados aguerridos y artillería.
Bustos regresó a la provincia de Córdoba en compañía de Quiroga y se dedicó a sublevar la campaña contra Paz; en el departamento de Río Segundo se produjo un levantamiento que se propagó por el este de la capital y reunió 800 hombres.
Quiroga llegó a Salto el 17 de junio; a la orilla opuesta del río Tercero se hallaba el destacamento de Echevarría y en su persecución despachó el caudillo federal un fuerte contingente de caballería; Echevarría decidió reunirse con el ejército en Anisacate y desde entonces se perdió el contacto con el enemigo.
Paz avanzó sobre Salto, pero en la madrugada del 19 de junio tan sólo se halló en Soconcho. Quiroga recibió avisos de la llegada del adversario a Soconcho y resolvió apoderarse de Córdoba antes de que Paz pudiese socorrerla.
Cuando Paz llegó al día siguiente a Salto, Quiroga había desaparecido sin saber qué rumbo había tomado.
En la tarde del 20 de junio llegó el ejército invasor a las inmediaciones de la ciudad; los 200 hombres de las milicias dejadas por Paz al mando del teniente coronel Agustín Díaz Colodrero se aprestaron a la defensa y los atacantes tropezaron con una resistencia firme de la infantería y la artillería. Colodrero murió en combate y los defensores se enteraron que los atacantes eran hombres del ejército de Quiroga, lo cual los desmoralizó: habían creído que se trataba de partidas de cordobeses sublevados contra Paz
En la mañana del 21 de junio, Quiroga intimó la rendición en condiciones favorables y humanas; de lo contrario tomaría la ciudad a cualquier precio y lo llevaría todo a sangre y fuego. La intimación surtió efecto al comprobar los cordobeses que lo que tenían delante no era una simple montonera, sino el ejército entero de Quiroga.
La capitulación se firmó en la tarde del 21 por el gobernador sustituto y por Quiroga, Bustos y Félix Aldao. Quiroga ocupó la plaza con la infantería y llevó la caballería a los altos de la Tablada, unos kilómetros al oeste de la ciudad.
Al anochecer del mismo día llegó el ejército de Paz a los arrabales de la capital, ignorando si la ciudad había podido resistir y si la había ocupado el enemigo; pero unos kilómetros más allá se advertían los fuegos de los vivaques de las tropas federales. Informado de lo ocurrido, cruzó el río Primero al este de la ciudad y se situó en las alturas que la dominan por ese lado para hallarse al día siguiente en condiciones de atacar la plaza ocupada o combatir contra Quiroga en la Tablada.