A pesar de la campaña pacificadora de fines de junio, no se podía decir que Córdoba se hallase pacificada. Los adeptos de Bustos hostilizaban desde las provincias fronterizas; numerosas partidas operaban en los departamentos vecinos y ante el menor peligro volvían a internarse en Santa Fe o en San Luis.
El coronel Pedernera no sólo no había logrado resultados positivos en los departamentos al oeste de la Sierra Grande, sino que sus fuerzas se habían disgustado a raíz de una sublevación promovida por un oficial de nombre Velazco, que tomó presos a los jefes principales y se comunicó con Quiroga ofreciendo cumplir sus órdenes. Pero quince días después tuvo lugar una contra-sublevación, y Velazco y sus cómplices tuvieron que huir a La Rioja; los jefes puestos en libertad recibieron orden de Paz de regresar con las tropas restantes a Córdoba.
El mismo día en que se sublevaba el destacamento de Pedernera, apareció en El Tío una montonera encabezada por el mayor Ramón Luque, armada en Santa Fe. Contra ella fueron destacados Aráoz de Lamadrid y los voluntarios argentinos; Luque fue rechazado y se internó en territorio santafesino. Aráoz de Lamadrid dejó en El Tío una pequeña guarnición y se incorporó al ejército. No tardó en reproducirse la invasión y Paz tuvo que lanzar nuevos contingentes en dirección al este, que consiguieron pacificar en parte la campaña después de algunos encuentros con los montoneros.
Otra partida importante entró por la frontera de Rio Cuarto a las órdenes del comandante Castillo con el plan de insurreccionar todo el departamento de Río Tercero. También fracasó por el pronto envío de fuerzas desde Córdoba.
Esas partidas, si no eran sostenidas y equipadas por los gobiernos vecinos, eran vistas con simpatía por ellos.
Juan Esteban Pedernera fue uno de sus jefes de caballería en la batalla de Navarro, en la que fue ascendido a coronel. Luego se incorporó a la división del general José María Paz en su lucha contra Juan Bautista Bustos, luchando en las batallas de San Roque, La Tablada y Oncativo como jefe de una parte importante de la caballería.