Según las costumbres de la época, las madres instruían en sus primeros años a los niños y a los 7 u 8 años concurrían a la escuela primaria.
Todo hace pensar que aprendió las primeras letras en la Escuela de Dios, que funcionaba por entonces en el convento. Se supone que fray José Zemborain fue su maestro de primeras letras en la Escuela de Dios del convento dominicano, a la que concurrían más de 100 alumnos (en esa época Buenos Aires contaba con unos 30.000 habitantes). A los 14 años, en 1784, pasó a cursar su nivel secundario en el Real Convictorio Carolino. En primer año estudió Lógica y Metafísica, en segundo Latín y Física, y en tercero Etica y Moral, teniendo al doctor Luis Chorroarín por profesor, quien había sido alumno del colegio y luego se doctoró en Teología en la Universidad de Córdoba. Se graduó en dicho instituto; recibió el diploma de licenciado en Filosofía el 19 de mayo de 1786; junto con él lo hicieron 18 compañeros. Este certificado fue presentado el 20 de noviembre de ese año, junto a la solicitud para ingresar, en la Universidad de Salamanca en España donde se conserva archivado.
Belgrano viajó a España enviado por su padre; llegó a La Coruña en octubre de 1786 y se trasladó luego a Madrid, donde se instaló en la casa de su hermana María Josefa, casada con José Calderón de la Barca, familia de muy buena posición social y económica.
Por esa época, en España funcionaban 16 universidades, de las cuáles 11 poseían Facultad de Leyes. La población española era de 10.000.000 de habitantes; dos ciudades, Madrid y Barcelona, con más de 100.000, no tenían universidad; en cambio, centros urbanos que sobrepasaban apenas los 10.000 habitantes contaban con ella.
Las universidades españolas de más prestigio eran las de Salamanca, Valladolid y Alcalá de Henares, que, según el censo de 1786, contaban respectivamente con 1859, 1288 y 450 alumnos. La de Alcalá, cercana a Madrid, no tenía Facultad de Leyes y sí disponían de ella Salamanca y Valladolid; la primera tenía mayor prestigio.
En el siglo XVIII, figuran inscriptos en la universidad de Salamanca 27 criollos, 7 de México, 4 de Brasil y 4 de Buenos Aires, a saber: Martín José Varnes, de 22 años, inscripto en 1766; Juan José Barón, de 20 años, inscripto en 1773; Francisco Xavier Xérica, de 16 años, inscripto en 1779, y Manuel Belgrano Pérez, de 16 años, inscripto en 1786. Manuel Belgrano solicitó matrícula en la Facultad de Leyes el 20 de noviembre de 1786, presentando el certificado de estudios extendido por el Colegio Real de San Carlos, que adolecía de fallas en su redacción al no registrarse la aprobación de Filosofía y Moral, según la interpretación del secretario de la Universidad, lo que dio motivo a una presentación de Belgrano ante el rey el 10 de febrero de 1787, quien le dio traslado al Consejo Supremo de Castilla. Como resultado se dispuso que Belgrano rindiera examen de Filosofía y Moral el 18 de junio. Belgrano aprobó el examen y ese mismo día se inscribió, según consta en el libro de matrícula de 1787, que registra cronológicamente los 182 alumnos que estudiaron leyes. Los cursos comenzaban el 18 de octubre y terminaban al año siguiente, el 24 de junio. Los estudiantes concurrían a clase con loba (una especie de sotana) y manteo o capa larga sin sobrecuello, con camisas llanas sin labrar.
Posiblemente, Belgrano se alojó en Salamanca en uno de los Colegios Mayores, donde ejercía su autoridad de control, un bachiller.
La Universidad de Salamanca incluía Facultades mayores de Teología, Cánones y Leyes, y otras de Arte, Medicina y Filosofía, contando también con cátedras de Humanidades, Retórica, Música, Griego y Hebreo. Era rector de la Universidad el Dr. Diego Muñoz Terrero, de concepciones liberales y que se pronunció por las Cortes de Cádiz en 1812. Belgrano se desempeñó por entonces como miembro activo de la Academia de Economía Política de Salamanca.
Teniendo Belgrano 19 años, pelo rojo y ojos castaños, el 23 de enero de 1789, según reza un certificado firmado por el rector de la Universidad de Valladolid, Dr. Hugarte, y los examinadores Dres. Samorano y Guerra, prestó juramento de obediencia para matricularse en dicha universidad, y solicitó después que se le autorizase a rendir examen de Bachiller en Leyes, a lo que se accedió. Se presentó ante la mesa examinadora, el 28 de enero, que estaba integrada por el decano de la Facultad de Leyes y los Dres. Manuel de Junto, Tomás Moyano y Manuel de León Santos Debió exponer sobre el tema "Quibus Modis reconstritur "y aprobó el examen otorgándosele el título de Bachiller en Leyes, previo juramento.
La fortuna ganada por Domingo Belgrano Peri permitía a su hijo Manuel, como cuenta éste en su Autobiografía, acceder a "la educación mejor de aquella época"
Desde febrero de 1789 hasta 1794, en que viaja a Buenos Aires, Belgrano se dedica a completar su formación, a la par de defender a su padre, quien se había involucrado en un sumario aduanero, de cuyo juicio salió absuelto, sin verse afectado su buen nombre y honor.
Habría por esos años efectuado pasantías en bufetes de profesionales y práctica tribunalicia. Estudiaba idiomas extranjeros (inglés, francés e italiano) y leía "El Espíritu de las Leyes", de Montesquieu y, "El Balcarcel del Oráculo de los Filósofos" publicado en 1786 que versaba sobre aspectos de agricultura y gobierno rural, y también las obras de Cabarrús y Jovellanos.
También estudió a los enciclopedistas, con Diderot como líder estos, y D'Alembert, Rousseau, Voltaire, D'Holbach, Quesnay y Turgot. Continuando su formación académica, el 31 de enero de 1793, se presentó ante la Cancillería de la Universidad de Valladolid, donde rindió y aprobó el examen de abogado.
Belgrano se había interesado en las ideas del asturiano Gaspar Melchor Baltasar de Jovellanos.
Jovellanos junto con Campomanes colaboró en las reformas progresistas de Carlos lIl, propiciando las Sociedades Económicas Amigos del País, para beneficiar a las regiones; organizaron la enseñanza, talleres artesanales y concursos sobre temas rurales, con el objeto de mejorar la industria popular y los oficios, y conocer los secretos de las artes y las máquinas que facilitan las tareas.
Crearon escuelas de primero y segundo nivel y escuelas de artes y oficios. Dentro de este espíritu, Jovellanos fundó en 1793 el Real Instituto Asturiano, que incluía una Escuela Superior de Náutica y Mineralogía, donde se dictaban clases de matemática, náutica y dibujo, además de inglés y francés. Esta iniciativa fue imitada en Barcelona.
La preocupación de Jovellanos por los estudios de Economía Política se puso de manifiesto en un discurso que pronunció en Oviedo, como presidente de la Sociedad Económica; recomendó la lectura de las obras del abate Condillac, las del marqués de Mirabeau y los trabajos de Campomanes, a quien consideraba el mejor economista del país. Belgrano siguió fielmente estas indicaciones en sus lecturas y más tarde en su actuación pública.
Jovellanos redactó un informe sobre la ley agraria, mostrándose contrario al latifundio y criticando las explotaciones agrícolas de Andalucía, las que consideró ruinosas porque se cultivaba poco y mal; propiciaba la división de la tierra, dándola en propiedad a los que la cultivaran; proponía hacer caminos y canales de riego, desecación de pantanos y repartimientos de tierras públicas incultas.
Belgrano, a los 24 años de edad, con estas ideas y políticas adquiridas, regresa en 1794 a Buenos Aires para hacerse cargo de la Secretaría del Consulado.
Universidad de Salamanca en época de Belgrano
La época de estudios de Belgrano en la Universidad de Salamanca fue durante el reinado de Carlos III, en la que se llevaron a cabo reformas que hicieron que esa casa de estudios se constituyera uno de los principales focos de la Ilustración española. Durante ese período se daría todo el apoyo al desarrollo de la Medicina, la Física, las Matemáticas y las letras clásicas. La Universidad de Salamanca, apuntaba hacia un nuevo tipo de universidad, más centrado en las ciencias naturales y sociales, y menos en el derecho canónico y la teología; sin embargo el plan no se pudo implantar, debido a la invasión francesa primero, y después a la política absolutista y ultraconservadora de Fernando VII de España que eliminó los avances establecidos durante el breve trienio liberal de 1820 a 1823, y condujo a la frustración de este renovador y prolongado movimiento intelectual.
Durante su educación europea Belgrano se vio influenciado por las ideas de la revolución francesa , la independencia norteamericana y estudio en la Universidad de Salamanca que en esa época era la más avanzada de España.