Después de la derrota de Huaqui, los restos del ejército patriota fueron evacuados del Alto Perú, dejando en pie la insurrección en Cochabamba. Este movimiento fue vencido posteriormente en la batalla de Sipe-Sipe. Las fuerzas patriotas, por su parte, acamparon en Salta y allí comenzaron a recomponer fuerzas; hacia fines de 1811, la tropa llegaba a casi 1800 hombres. El general Pueyrredón decidió apoyar el movimiento de Cochabamba y envió un refuerzo de 800 hombres al mando del coronel Díaz Vélez, quien hizo retroceder a las tropas realistas. A principios de 1812, el realista Goyeneche se dispuso invadir Salta. Pueyrredón, entonces decidió replegarse a Tucumán y solicitó ser reemplazado y en su lugar se nombró a Manuel Belgrano.
El 26 de marzo, ambos jefes se encontraron en la "posta de Yatasto" y allí Belgrano asumió la jefatura del ejército del Alto Perú. La situación material era difícil: contaba con menos de 1500 hombres, de los cuales muchos estaban heridos o enfermos; sólo tenían 580 fusiles y 215 bayonetas, 21 carabinas, 34 pistolas y unos pocos cañones. También era crítica la visión sobre el ejército que tenían los pueblos. Al respecto, Belgrano le escribió al gobierno:
"Ni en mi camino del Rosario ni en aquel triste pueblo, ni en la provincia de Córdoba y su capital, ni en las ciudades de Santiago, Tucumán y Jujuy, he observado aquel entusiasmo que se manifestaba en los pueblos que recorrí cuando mi primer expedición al Paraguay; por el contrario, quejas, lamentos, frialdad, total indiferencia, y diré más, odio mortal, que casi estoy por asegurar que preferirían a Goyeneche cuando no fuese más que por variar de situación y ver si mejoraban. Créame V.E.: el ejército no esta en país amigo; no hay una sola demostración que me lo indique; no se nota un solo hombre que se una a él, no digo para servirle, ni aun para ayudarle: todo se hace a costa de gastos y sacrificios... se nos trata como a verdaderos enemigos; pero qué mucho ¡si se ha dicho que ya se acabó la hospitalidad para los porteños y que los han de exprimir hasta chuparles la sangre!".
Derrota de Huaqui
Tras la victoria en Suipacha el 7 de noviembre de 1811, las tropas patriotas comandadas por el general José Antonio Balcarce son sorprendidas por la columna realista del general José Manuel Goyeneche. Los patriotas cuentan con unos 5,000 milicianos y cerca de 10,000 auxiliares indígenas. Los realistas suman 4,700 soldados. Pero Goyeneche engaña a los patriotas con una falsa tregua y les infringe una dura derrota. Este resultado fuerza el retiro de las tropas porteñas del Alto Perú, que vuelve a manos españolas.
La Junta de Mayo vio la necesidad de producir las reformas tendientes a la creación de un componente militar propio, adicto a la revolución y con el cual llevar el nuevo orden de cosas al resto de las provincias del antiguo virreinato. Para ello impulsó la modificación de la estructura de las viejas unidades virreinales.
La primera fue la proclama del 29 de mayo de 1810 A ello siguió la organización de la Expedición Auxiliar a las provincias interiores; la reforma de la Real Artillería, integrándola en la miliciana Artillería Volante, y la disolución de los regimientos fijos de Infantería y Dragones de Buenos Aires, el 3 de noviembre de 1810, incorporando sus tropas a los nuevos regimientos argentinos.
A los dos años de la guerra, fracasada la primera campaña al Alto Perú y hallándose en retirada el Ejército Auxiliar, el 27 de febrero de 1812 el gobierno triunviro nombró al coronel Manuel Belgrano por vez primera como general en jefe del Ejército del Perú.
Belgrano llegó a Tucumán el 19 de marzo a Yatasto , donde se hallaba Pueyrredón esperándolo con el ejército. Dejó el parque y la artillería en Tucumán y llevó su ejército a Campo Santo, donde estableció su cuartel general, en un recinto fortificado, y se dedicó a reorganizarlo, con la colaboración de su jefe de Estado Mayor, el barón de Holmberg, quien aumentó la artillería y cooperó en el arreglo de la infantería y adiestramiento de las tropas y oficiales. La fuerza de la que disponía en abril era:
A causa de los escasos efectivos y armamentos de que disponía, Belgrano debió reorganizar la infantería en batallones y refundir la caballería de húsares y dragones, con que contaba en escuadrones de tres compañías con 200 hombres en total, llamándolos Caballería Provisional del Río de la Plata, al mando de Juan Ramón Balcarce, a los que armó de lanzas además de los escasos carabinas y sables que tenían. Creó además un cuerpo de guías, un Batallón de Cazadores y el Cuerpo de Castas.
Así, el Batallón de Cazadores del Perú, primer cuerpo de su tipo, fue organizado en seis compañías al mando de Carlos Forest, armados de carabinas y fusiles rayados.
Contaba además con varias unidades de milicias, principalmente de caballería, cuyos oficiales eran de línea y reunían el número de 300 hombres En Salta se habían formado en 1810 los Patricios de Salta y se organizó la Partida de Observación del teniente Martín Miguel de Güemes, compuesta por 60 jinetes bien equipados.
Luego de la victoria de Tucumán, Belgrano se abocó a una nueva organización de su ejército, en tanto que el gobierno de Buenos Aires decidió enviarle refuerzos, remitiéndole hombres y armas, que fueron estos:
Se enviaron también 70 u 80 Pardos y Morenos de la guarnición de Buenos Aires, con los que Belgrano engrosó los existentes, elevándolo a batallón, que quedó al mando del teniente coronel José Superí. Los Cazadores fueron también engrosados y elevados a batallón y puestos al mando del teniente coronel Manuel Dorrego, en tanto que Carlos Forest era nombrado segundo jefe, comandante del 11 batallón, del N° 6.
La caballería fue reorganizada según las disposiciones gubernativas de diciembre de 1811. Así rehizo a los Dragones del Perú y los Húsares de la Patria en los nuevos Dragones de la Patria, organizado en cuatro escuadrones de tres compañías cada uno, con unas 853 plazas y plana mayor, correspondiéndole al Ejército del Norte los dos primeros, que estuvieron al mando del teniente coronel Cornelio Zelaya.
La caballería de milicias que había actuado en Tucumán fue organizada como Regimiento de Dragones de la Milicia Patriótica de Tucumán, de doce compañías, al mando del coronel Bernabé Aráoz, con la fuerza de 318 hombres.La artillería fue engrosada con algunos artilleros enviados desde Buenos Aires. Con ellos quedó el arma -con la fuerza de 124 hombres, como 10 cañones y 2 obuses- al mando del capitán Benito Martínez.
Tras la victoria de Salta, Belgrano inició la campaña en el Alto Perú luego de reorganizar su ejército. Así, para mediados de 1813 sus fuerzas estaban formadas por:
La caballería estaba formada ahora por el Regimiento de Caballería de Línea del Perú, creado por Belgrano en marzo de 1813, sobre la base de los viejos Dragones Ligeros del Perú y una parte de los Dragones de la Patria, al mando del coronel Diego Balcarce. En abril de 1814 pasaron a llamarse Dragones del Perú. La Artillería estaba al mando del capitán José Cereso.
Luego de la derrota de Vilcapugio, Belgrano se retiró a Macha y trató de reorganizar su ejército. Disponía de los mismos cuerpos sensiblemente disminuidos. Su infantería estaba compuesta de 340 Cazadores, al mando del sargento mayor Cano; 198 Pardos y Morenos, al mando de Superí; 566 del N° 6, al mando de Martínez y 532 del N° 1, al mando de Perdriel. La caballería eran los restos de los Dragones del Perú, con sólo 195 hombres al mando de Diego Balcarce, y la "división de Cochabamba" de Cornelio Zelaya, con 479 hombres de ambas armas. A esto se sumaban seis piezas de artillería y dos obuses con 107 hombres y más de un millar de naturales de Chayanta como auxiliares.
La derrota de Ayohuma significó la virtual desaparición de casi todos los cuerpos. Fueron disueltos en febrero de 1814 el N° 6, el Batallón de Cazadores y el N° 8. Los restos del primero pasaron a engrosar el N° 1, diezmado en la acción, y el segundo fue reemplazado por un batallón enviado luego desde Buenos Aires.
De la caballería sobrevivió parte de los Dragones del Perú, que marcharon con él hacia Salta. La artillería se perdió en el campo de batalla, salvándose algunos artilleros. A fines de diciembre llegó a Jujuy con sólo 800 hombres, los restos de los vencedores de Tucumán y Salta, con los que se decidió a formar un nuevo ejército Pero el 30 de enero fue reemplazado en el mando por el general San Martín, quien a fines de abril delegó el mando en Rondeau.
El 7 de agosto de 1816 en Las Trancas, Belgrano vuelve a hacerse cargo del Ejército del Norte. Luego de la desastrosa campaña de Rondeau en el Alto Perú y la derrota de Sipe Sipe, el ejército había sido prácticamente destruido y sus unidades extinguidas en su mayor parte. Belgrano lo llevó hasta la ciudadela construida por San Martín en la ciudad de Tucumán y allí inició la obra de reconstrucción moral y material, para poder lograr el instrumento eficaz en la operación combinada sobre Lima, planeada por el general San Martín.
Belgrano creó un Estado Mayor para el ejército sobre la base de los que el 19 de marzo de 1816 habían sido nombrados sus ayudantes, los edecanes Floro Zamudio y Nicolás Otero. En 1817, este Estado Mayor del Ejército estaba formado por: teniente coronel Benito Martínez, 1ér ayudante; teniente coronel graduado Juan Escobar, 2° ayudante; capitán Felipe Bertres, 2° ayudante; capitán Manuel Dorado, 20 ayudante; teniente Francisco Mallea, 3er ayudante; teniente Juan Francisco Echaure, 3er ayudante.
El ejército estaba formado por las siguientes unidades, las que sufrieron modificaciones:
Las milicias que en el Norte tenían como función ser la vanguardia del Ejército, también habían sido modificadas, ya que en marzo de 1814 San Martín había reunido las salteñas bajo el nombre de Regimiento de Dragones de Milicia Patriótica de Salta.
Entre otras, formaban compañías de Atacama, Yavi, Orán y Soconcha. Al arribar Belgrano, reglamentó las milicias y en 1816 dispuso que los hombres de Güemes figuraran en el ejército como División Infernal o Gauchos de Línea de Salta.
Ante este cuadro, la primera tarea del prócer fue la reorganización del ejército. Empezó por organizar una compañía de guías, con lo que se armó de una verdadera carta topográfica. Enseguida creó un cuerpo de cazadores de infantería, el primero que se haya formado en el Río de la Plata, dando por razón "que a su entender era la única tropa para aquellos países, todos de emboscada". Para suplir la falta de armamento, dotó a sus hombres con lanzas, dándole así una incontestable ventaja sobre la del enemigo. "Con esta idea, decía, he dado a los dragones, que no tienen armas de fuego, lanza, y mi escolta es de las que llevan esta arma, para quitarles la aprensión que tienen contra ella y se aficionen a su uso viendo en mí esta predilección." En cuanto a la administración, se reorganizó el parque y la maestranza, mejoró el hospital, creó las oficinas de provisión, reglamentó su contabilidad, organizó un tribunal militar y la planta de un cuerpo de ingenieros, ramos mal atendidos o totalmente descuidados hasta entonces.
Belgrano dominó con mano firme las resistencias de los enemigos encubiertos de la causa, entre los cuales se contaban casi todos los curas acaudillados por el obispo de Salta, en comunicación con el enemigo. Habiendo sorprendido su correspondencia con Goyeneche, dio un golpe de autoridad, expulsando al obispo de la capital y desde entonces todos comprendieron que no había inmunidades para los enemigos de la libertad.
Juan Martín de Pueyrredón
Juan Martín de Pueyrredón en septiembre de 1811 fue nombrado oficialmente comandante del desmoralizado Ejército del Norte, cuando este ya había llegado a San Salvador de Jujuy, pese a sus esfuerzos por reorganizar el Ejército no fueron particularmente fructíferos; ante el avance del Ejército Real del Perú envió a la mejor parte de sus tropas al mando de Eustoquio Díaz Vélez, que fueron derrotados en el combate de Nazareno. De modo que Pueyrredón retiró la totalidad del ejército hacia el sur, instalándose en la posta de Yatasto, donde en marzo de 1812 fue reemplazado por Manuel Belgrano al mando del mismo, y regresó a Buenos Aires para ocuparse de asuntos políticos
Batalla de Tucumán
La batalla de Tucumán fue un enfrentamiento armado librado el 24 y 25 de septiembre de 1812 en las inmediaciones de la ciudad de San Miguel de Tucumán, durante la segunda expedición auxiliadora al Alto Perú en el curso de la Guerra de la Independencia Argentina. El Ejército del Norte, al mando del general Manuel Belgrano a quien secundara el coronel Eustoquio Díaz Vélez en su carácter de mayor general, derrotó a las tropas realistas del brigadier Juan Pío Tristán, que lo doblaban en número, deteniendo el avance realista sobre el noroeste argentino. Junto con la batalla de Salta, que tuvo lugar el 20 de febrero de 1813, el triunfo de Tucumán permitió a los rioplatenses o argentinos confirmar los límites de la región bajo su control.
Derrotas de Vilcapugio y Ayohúma
Después de los grandes triunfos de Tucumán y Salta, Belgrano alcanzó gran ascendiente entre los indígenas de la región y varios caciques de prestigio se le presentaron para ponerse a sus órdenes. Entre tanto el ejército real había cambiado de comando y recibido refuerzos: un general hábil se hallaba a su frente, Pezuela, el cual prontamente reanudó las actividades contra el vencedor de Salta.
Belgrano le salió al encuentro en la pampa de Vilcapugio, y el 19 de octubre de 1813 estaban frente a frente ambos ejércitos. El patriota estaba en gran parte compuesto de reclutas, recientemente incorporados a las filas, falto de caballada y sin elementos de transporte. La jornada estaba indecisa y más bien podía considerarse ventajosa para los independientes, cuando la llegada del coronel Saturnino Castro con nuevas tropas hizo inclinar el fiel de la balanza del lazo de Pezuela.
Sus pérdidas en Vilcapugio habían sumado 300 muertos y muchos cayeron prisioneros, pero el enemigo perdió de 500 a 600 hombres entre muertos y heridos.El nuevo encuentro se produjo en las pampas de Ayohúma, el 14 de noviembre y la suerte de las armas fue nuevamente adversa al general Belgrano .