Juicio a Belgrano

El miedo de Buenos Aires

Belgrano era considerado no solo como morenista sino como un peligro potencial por estar al mando de un ejército de aproximadamente 3000 hombres en operaciones.
El 19 de abril, la Junta, obedeciendo las proposiciones hechas por el "pueblo" y publicadas en la Gazeta Extraordinaria del 15 de abril, "previno" a Belgrano para que regresara a la capital y dejase el mando del ejército al oficial que "corresponda por su empleo y antigüedad" que "por ahora" debía ser José Rondeau.
Ese oficio llevaba la firma del abogado Joaquín Campana, redactor del petitorio y nuevo secretario de gobierno de la Junta, aliado de Saavedra.
En su respuesta del 21 de mayo, Belgrano manifestó abiertamente su ambivalencia: "Tuve impulsos de obedecer y no cumplir la orden" escribió. Finalmente acató la orden para que no se pensara que lo hacía por "ambición" y no provocar, "tal vez", un "nuevo movimiento" o "vaivén" que se debía evitar frente a los enemigos.
El 6 de junio de 1811 la Junta designó como Juez Fiscal al coronel Marcos González Balcarce, otro partidario de Saavedra que también había firmado el petitorio con otros militares, y que luego fue nombrado como nuevo comandante del regimiento Estrella. Su misión era formar la causa reuniendo información y tomando las declaraciones correspondientes.
El 20 de junio, 16 oficiales del ejército que operaba en la Banda Oriental y que participaron de la expedición contra la provincia del Paraguay, expresaron que no habían encontrado a nadie que tuviera alguna queja contra Belgrano.
El 26 de junio el fiscal tomó declaración al coronel Tomás de Rocamora. Las preguntas versaron sobre las causas por las que no pudo unirse a Belgrano, las fuerzas disponibles y su disposición en las distintas batallas, si Belgrano tuvo la posibilidad de cruzar el Paraná en lugar de dar batalla en Tacuarí y si sabía las causas por las cuales fueron separados varios oficiales del ejército. Al respecto Rocamora mencionó la fuga de los oficiales Juan Mármol y Bertolot de la batalla de Tacuarí junto con otros "prófugos que huían del ejército". Sobre estos hechos no le pidieron aclaraciones. Se adjuntó al expediente el largo derrotero que recorrió Rocamora desde Yapeyú hasta San José, sobre el Paraná.
Dos días después, el 28 de junio, se tomó la declaración a Gregorio Perdriel. Las preguntas fueron sobre la marcha desde la Bajada, detalles de la batalla de Paraguarí y posterior retirada, si se habían hecho observaciones sobre el enemigo y si el general había comunicado a los oficiales la orden de la Junta de "no aventurar acción sin ventajas conocidas". Perdriel realizó una extensa declaración en respuesta a las 25 preguntas que le hicieron.
La causa se paralizó durante el mes de julio. "Pero lo que más llama la atención es que en ningún momento se tomó declaración al inculpado, siendo el único que podía aclarar con testigos "de visu" todas las dudas". A fines de ese mes se recibieron distintos oficios provenientes de los alcaldes de la ciudad que manifestaron no tener cargos que hacer a Belgrano por su actuación militar. 

Sin embargo, como lo había anticipado Belgrano, el momento para su destitución no había sido el más adecuado, por las "relaciones" o negociaciones que se estaban realizando con los paraguayos, portugueses, Artigas e incluso los "enemigos" de Montevideo. Al año siguiente, en un oficio a Rivadavia del 11 de mayo de 1812 Belgrano agregó: "los bribones del 5 y 6 de abril me perjudicaron y perjudicaron a la Patria; ¿Qué ventaja se saca de mentir?"

Como consecuencia del cambio político ocurrido en el Paraguay en mayo de 1811, la Junta consideró que Belgrano era el hombre más adecuado para iniciar negociaciones con el nuevo gobierno paraguayo. A tal fin, el 1 de agosto, lo nombró representante de la Junta en misión especial con las Instrucciones oficiales y confidenciales correspondientes. Belgrano respondió que para llevar adelante su cometido era conveniente que se resolviese previamente su situación procesal. Teniendo en cuenta que ya se habían realizado las publicaciones y recogidos los informes, renunció a toda defensa y confió la misma en todos los oficios que había enviado oportunamente a la Junta mientras estuvo en operaciones y en las declaraciones de los oficiales de su ejército.

Del 3 al 8 de agosto se tomaron siete declaraciones a oficiales que por diversas razones habían sido desafectados del ejército por Belgrano. A todos ellos, al llegar a Buenos Aires, se les había quitado el despacho pero luego, a casi todos, les fue retornado sin explicación alguna. Muchas declaraciones fueron antedatadas como si se hubieran tomado en julio y no en agosto y, a diferencia de Rocamora y Perdriel, se hicieron pocas preguntas. El capitán Martínez declaró que, cuando le comentó al vocal Miguel de Azcuénaga que Belgrano había hecho marchar a Rocamora el doble de leguas de lo necesario, aquel le advirtió que tuviera "cuidado con decir nada de esto porque era hombre perdido".71​ Al momento de su declaración, Azcuénaga ya no ocupaba su cargo pues había sido desterrado por los autores de la "asonada" del 6 de abril. Cuando se tomó declaración al teniente José Mármol, del regimiento de granaderos Fernando VII, uno de los que habían desertado en Tacuarí, no se le hizo ninguna pregunta relacionada con ese hecho. Alberdi criticó a Mitre por haber incluido en su Historia de Belgrano estos documentos "superfluos" y vergonzosos para el gobierno, que además "no tuvieron resultado ni influjo en la vida [de Belgrano] ni en la de su época".​

Finalmente el 9 de agosto de 1811, teniendo en cuanta lo expuesto por el Cabildo, Alcaldes de barrio y oficiales del ejército se declaró que Manuel Belgrano inocente  .
El 29 de agosto  Belgrano y Vicente Anastasio Echeverría llegaron a Corrientes para iniciar su misión diplomática en el Paraguay.