El gobernador Francisco Javier Elío, en Montevideo, se manifestó contrario a la Junta de Buenos Aires y su reconocimiento al Consejo de Regencia de España. España decidió nombrarlo virrey en reemplazo de Cisneros. Inmediatamente, Elío intimó a la Junta de Buenos Aires para que se lo reconozca de inmediato, lo que fue rechazado; acto seguido se iniciaron las hostilidades.
En la Banda Oriental estallaron motines en las poblaciones de Maldonado y Mercedes y en la mayoría de los pueblos ribereños del río Uruguay en contra de Elío y en favor de la Junta de Buenos Aires.
Con el fin de destituir al nuevo virrey, y unir a los caudillos de los motines y levantamientos bajo un solo comando y una sola orientación, la Junta de Buenos Aires designó a Belgrano como General en jefe del ejército que debía encarar la nueva empresa. Este ejército, y su comandante estaba en plena lucha en Paraguay en esa misma fecha, 7 de marzo de 1811.
El 9 de abril, Belgrano, proveniente del Paraguay con los restos de su ejército, se reunió con Rondeau, designado su segundo en el mando, que llegaba con refuerzos, resolviendo instalar su cuartel general en Mercedes, sobre el río Negro, en la Banda Oriental. Muy pronto consiguió Belgrano unificar a los caudillos orientales bajo su mando y organizar las fuerzas opositoras de Elío. Al mismo tiempo, planificó la estrategia del ataque a Montevideo distribuyendo las fuerzas para estrechar el cerco a esa ciudad.
Durante este período intensificó su correspondencia con Cabañas y Yegros en Paraguay, impulsando más el movimiento revolucionario que había dejado en gestación con su prédica y buscando evitar el envío de tropas de Velasco en apoyo a Elío. Por otra parte, mantuvo correspondencia con el general Diego de Souza, que desde Porto Alegre comandaba las fuerzas portuguesas desplegadas en la frontera. Elío deseaba que estas fuerzas intervinieran en su favor para salvar la cada vez más comprometida situación de Montevideo. La caída de Minas, Canelones y Maldonado, las victorias de San José y la capitulación de Collas hacían inminente la derrota de Elío. El general Souza propuso a Belgrano una conferencia que, aparentemente, podía tener por objeto una pausa en las operaciones militares y lograr un "status quo" en la situación política. Belgrano aceptó la celebración de la conferencia, sin comprometerse en nada y mucho menos en la intermediación ofrecida por Souza para un arreglo pacífico con los españoles. La correspondencia entre los dos generales estableció una relación cordial entre ellos, y las hábiles dilaciones de Belgrano en esas tratativas son una muestra más de su competencia diplomática al manejar tan delicadas instancias en medio de una campaña militar turbulenta y muy politizada también en lo interno.
En Buenos Aires se producían los sucesos que culminaron en el movimiento o revolución del 5 y 6 de abril de 1811, con la separación de a Rodríguez Peña, Vieytes, Azcuénaga y Larrea de la Junta, y se despojó a Belgrano de su mando de las tropas en la Banda Oriental y le arrebató su rango militar. Se le ordenó volver a Buenos Aires para someterlo a un proceso en el que tendría que responder por su actuación, tanto en la campaña al Paraguay como en la del Uruguay.
Francisco Javier de Elio
Francisco Javier de Elio fue nombrado virrey del Río de la Plata en lugar de Cisneros, el nuevo virrey intentó ser admitido por el Cabildo de Buenos Aires, pero Buenos Aires desconoció su autoridad, por lo que se instaló en Montevideo proclamándose virrey con sede en la ciudad.
El 19 de enero de 1811, Elio declaró a Montevideo capital del virreinato y asumió allí como virrey del Río de la Plata pero el doctor Miguel Mariano de Villegas como síndico del Cabildo de Buenos Aires y asesor privado de gobierno, en representación de la Junta Grande de las Provincias Unidas del Río de la Plata, firmó el 22 de enero de 1811 una nota en que formalmente rehusó reconocerlo como virrey.