Entabló en 1882 un importante debate educativo, principalmente desde las páginas de El Nacional.
A principios de la década, se inició una polémica que abarcó varias naciones, principalmente Francia, Italia y España, entre el laicismo escolar y la enseñanza católica obligatoria, disputa relacionada a la libertad del individuo en cuanto a su confesión que exasperó los ánimos y puso un halo de dudas sobre las instituciones civiles.
La Argentina no fue ajena a esta disputa ideológica, que tocó a los países impregnados de tradición regalista y católica, y no a las sociedades con pluralismo religioso como la norteamericana con estricta separación entre iglesias y Estado.
El debate se inició en el Congreso Pedagógico de 1882 y culminó en 1884 cuando se sancionó la ley 1420 de educación común para la Capital federal y territorios nacionales. Sarmiento defendió la neutralidad de la constitución nacional en materia de educación y atacó a los "demagogos ultramontanos" quienes pretendían imponer en la escuela oficial la enseñanza religiosa, discutió ásperamente con varios contendientes católicos, entre ellos a Avellaneda, declaró que quienes califican de atea la escuela laica incurren en "simonía criminal"
