El golpe de Estado que finalmente se produjo el 24 de marzo de 1976, había comenzado a prepararse mucho antes, desde fines de 1973 la embajada de Estados Unidos en Argentina informaba sobre los contactos con grupos militares partidarios del golpe y sostenía que, en caso de que Perón muriera, Estados Unidos debía apoyar a los sectores golpistas. El embajador Hill, en particular, era partidario de apoyar la línea moderada liderada por Videla, como la más adecuada para los intereses estadounidenses y argentinos, sin hacer público el apoyo de Estados Unidos al golpe. Desde más de dos años antes, Argentina estaba rodeada de países gobernados por dictaduras permanentes, apoyadas por Estados Unidos, en algunos casos con la abierta participación de la CIA.
El 1 de julio de 1974, el presidente Juan Domingo Perón falleció a los 78 años y fue sucedido por su esposa María Estela Martínez de Perón, que no logró contener la cada vez más deteriorada situación política y social del país.
El 5 de febrero de 1975, se dio inicio al Operativo Independencia, una intervención militar con el objetivo de aniquilar a los bastiones de la guerrilla en la selva de Tucumán, que mantenía una presencia en la zona desde principios de la década de 1970.
En octubre, el país fue dividido en cinco zonas militares, y a cada comandante se le dio carta blanca para desatar una cuidadosamente planificada ola de represión.
El 28 de noviembre de 1975 todos los países del Cono Sur (Argentina, Chile, Brasil, Paraguay y Uruguay), en Santiago de Chile, firmaron un documento que explica que «… se dan por iniciados a partir de esta fecha los contactos bilaterales o multilaterales a voluntad de los respectivos países aquí participantes para el intercambio de información subversiva, abriendo propios o nuevos carteles de antecedentes de los respectivos servicios».
El 18 de diciembre, el sector ultranacionalista de la Fuerza Aérea se sublevó y llevó a cabo un fallido intento de golpe de Estado, con el objetivo de derrocar a Isabel, un número de aviones despegaron de la base aérea de Morón y ametrallaron la Casa Rosada.
La rebelión sólo pudo ser detenida cuatro días después, sin embargo, el Ejército tuvo éxito en desplazar al comandante de la Fuerza Aérea, Héctor Fautario, último oficial leal a Isabel y receptor de duras críticas desde el Ejército y la Marina por su vehemente oposición a sus planes represivos, y por no movilizar a la fuerza aérea contra la guerrilla en Tucumán. Crucialmente, él era el último obstáculo de Videla en el camino hacia el poder. Videla pasó la Nochebuena en Tucumán, en donde arengó a las fuerzas desplegadas e impuso un ultimátum de 90 días al gobierno de Isabel para que «ordenara» el país, a la luz del fallido asalto a un batallón realizado por el ERP el día anterior.
Hacia los primeros meses de 1976, el destino de Argentina estaba sellado, el frente guerrillero en Tucumán estaba prácticamente diezmado, y los refuerzos de Montoneros enviados también habían sido derrotados. Por su parte, las Fuerzas Armadas —que gozaban del total apoyo por parte de EE. UU. y de la élite local— esperaban el momento oportuno para derrocar al gobierno.
En febrero, el entonces general Roberto Eduardo Viola elaboró el plan de operaciones del golpe, que contemplaba la necesidad de «encubrir» como «acciones antisubversivas» la detención clandestina de militantes y opositores, desde la noche misma del golpe.
En marzo de 1976 el gobierno solicitó a dos dirigentes opositores, Ricardo Balbín y Oscar Alende, que se dirijan al electorado solicitando el respeto a los plazos institucionales, ya que un golpe militar era percibido como inevitable. El 10 de marzo, en un fuerte discurso, la presidenta, acusó fuertemente a la ultra derecha y a la ultra izquierda de tener como único objetivo el volver a un país pre-industrial y "voltear las chimeneas que levantó el General Perón"
Jorge Rafael Videla , había reemplazado al general Alberto Numa Laplane el 27 de Agosto de 1975, Eduardo Emilio Massera a la derecha a cargo de la Armada, ambos fueron recibidos por la presidenta el 12 de septiembre de 1975.
Durante la madrugada del 24 de marzo de 1976, la presidenta fue sacada en helicóptero de la Casa de Gobierno. Luego , fue arrestada y trasladada a la provincia de Neuquén . En su reemplazo asumió una junta militar integrada por Videla, Massera y el brigadier de la fuerza aerea Orlando Agosti,
El 24 de marzo de 1976 un golpe de Estado encabezado por los comandantes generales del Ejército, Armada y Fuerza Aérea destituyó al gobierno constitucional y lo sustituyó por la Junta Militar de Gobierno al mismo tiempo que se disolvía el Congreso.
El 24 de marzo poco antes de la una de la mañana, la presidenta Isabel fue detenida en el Aeroparque Jorge Newbery y llevada en helicóptero a la residencia de El Messidor. El general José Rogelio Villarreal inició el golpe de Estado diciéndole a la presidenta:
Señora, las Fuerzas Armadas han decidido tomar el control político del país y usted queda arrestada.
A las 03:10 fueron ocupadas todas las estaciones de televisión y radio. Se cortó la programación regular y se emitió el primer comunicado a través del locutor Juan Vicente Mentesana:
Comunicado número uno de la Junta de Comandantes Generales: Se comunica a la población que a partir de la fecha, el país se encuentra bajo el control operacional de la Junta Militar. Se recomienda a todos los habitantes el estricto acatamiento a las disposiciones y directivas que emanen de autoridad militar, de seguridad o policial, así como extremar el cuidado en evitar acciones y actitudes individuales o de grupo que puedan exigir la intervención drástica del personal en operaciones. Firmado: Jorge Rafael Videla, Teniente General, Comandante General de Ejército; Emilio Eduardo Massera, Almirante, Comandante General de la Armada; Orlando Ramón Agosti, Brigadier General, Comandante General de la Fuerza Aérea.
Se implementaron el estado de sitio y la ley marcial, y se estableció el patrullaje militar en todas las ciudades. Durante ese primer día, cientos de trabajadores, sindicalistas, estudiantes y militantes políticos fueron secuestrados de sus hogares, lugares de trabajo o en la calle.
La expresidente fue enjuiciada por malversación de fondos públicos por haber utilizado para pagar una deuda personal fondos pertenecientes a una fundación, que luego reintegró. La dictadura mantuvo detenida a María Estela Martínez de Perón durante más de cinco años, primero en la residencia El Messidor, Neuquén y luego en una quinta en la localidad de San Vicente, ubicada en el conurbano de Buenos Aires.
Jorge Rafael Videla una militar con pocas luces se convertiria en el dictador del golpe de Estado contra el gobierno constitucional. Esta dictadura dejaría 30000 desaparecidos , una guerra , represión y desocupación en masa.