A partir de la muerte de Perón, la Alianza Anticomunista Argentina, y sus filiales el Comando Libertadores de América de Córdoba y la Concentración Nacional Universitaria (CNU), incrementaron geométricamente los actos terroristas organizados y encubiertos desde el Estado, a los que en 1975 se sumaron también las acciones ilegales de las Fuerzas Armadas.
La Triple A comenzó con la matanza comenzó el 31 de julio de 1974, con el asesinato del diputado nacional Rodolfo Ortega Peña del Peronismo de Base, desde ese momento los asesinatos fueron incesantes y crecientes. Según una lista realizada por el sitio Desparecidos.org, sobre 644 asesinatos autoatribuidos por la Triple A, en agosto fueron asesinadas nueve personas y en septiembre quince, entre ellas al general chileno Carlos Prats opositor a Pinochet y su esposa, indicando así que ya para ese momento había comenzado a funcionar la Operación Cóndor.
En noviembre los asesinatos treparon a diecinueve personas. La escalada siguió a 43 asesinatos en marzo de 1975, 50 asesinatos en octubre y 109 asesinatos en diciembre de 1975.
Si en los doce meses anteriores a la muerte de Perón, la Triple A había matado a 30 personas, en los dieciocho meses de la presidencia de Isabel Perón, el terrorismo de Estado asesinó a un mínimo de 614 personas y un máximo de 1500.
A ellas deben sumarse miles de personas torturadas u obligadas al exilio (entre ellas gran cantidad de artistas e intelectuales, como Luis Brandoni, Nacha Guevara, Norman Briski, Héctor Alterio, Horacio Guarany, entre muchas).
Entre las víctimas mortales se encuentran el exvicegobernador cordobés Atilio López, el niño Pablo Laguzzi (hijo del rector de la UBA Raúl Laguzzi), Julio Troxler y Silvio Frondizi (hermano del expresidente Frondizi); así como hechos conocidos como la Masacre de Pasco de militantes de la JP, la Masacre de La Plata de militantes del PST, y la Masacre del cinco por uno en Mar del Plata.
El 1 de noviembre de 1974, el jefe operativo de la Triple A y también jefe de Policía Federal comisario Alberto Villar, fue abatido por un comando de Montoneros -en el atentado también murió su esposa-, y al año siguiente, la cabeza del grupo parapolicial y hombre fuerte del gobierno, el ministro José López Rega, fue literalmente derrocado por el sector sindical, luego de la gran huelga general contra el Rodrigazo.
Sin embargo la actividad de la Triple A no se resintió y ya bajo el mando del grupo de militares golpistas, alcanzó el pico máximo de ejecuciones en los últimos seis meses del gobierno constitucional.
En su momento, ninguno de los crímenes de la Triple A fue investigado, ni sus autores identificados y castigados y tampoco fueron incluidos en el decreto 157/83 del presidente Alfonsín, por el cual se ordenó promover la acción penal por los actos de violencia cometidos "con posterioridad al 25 de mayo de 1973", quedando la responsabilidad limitada a los jefes guerrilleros.
En 1986 López Rega fue detenido y extraditado a la Argentina, muriendo en la cárcel en 1989, antes de llegar a ser enjuiciado. Durante el kirchnerismo (más de 40 años después), uno de los líderes de la Triple A, el excomisario Rodolfo Almirón, fue descubierto en una playa de Valencia, por el diario El Mundo de España. En Argentina se abrió la causa 1075/2006, que quedó a cargo del juez Norberto Oyarbide, siendo extraditado Almirón y detenidos Ramón Morales, y Miguel Ángel Rovira, que morirían antes de ser enjuiciados. Oyarbide formó una megacausa con 680 casos crímenes y en un fallo histórico, resolvió que los crímenes de la Triple A cometidos durante los gobiernos constitucionales de Juan Perón y María Estela Martínez de Perón, constituían delito de lesa humanidad, y por lo tanto eran imprescriptibles. Como resultado de la esa investigación, en 2016 cinco miembros de la Triple A (Jorge Conti, Carlos Villone, Julio José Yessi, Norberto Cozzani y Rubén Pascuzzi) fueron condenados por el delito de asociación ilícita, aunque a penas de sólo cuatro años, también en 2016, tres integrantes de la Concentración Nacional Universitaria (CNU), grupo de choque ligado a la Triple A, Mario Ernesto Durquet, el exsuboficial del Ejército Fernando Alberto Otero y al exfiscal Gustavo Demarchi, fueron condenados a cadena perpetua, por crímenes cometidos durante el gobierno de María Estela Martínez de Perón.
Los cuerpos de las víctimas de la Masacre de Pasco el 21 de marzo de 1975. Durante el gobierno de Isabel Perón la Alianza Anticomunista Argentina (Triple A), con apoyo y organización del Estado, asesinó a entre 900 y 1500 personas, y causó el exilio y la tortura de miles.
El comisario Villar pidió retiro voluntario en enero de 1973, pero lo cierto es que su condición de retirado fue obligatoria a partir de mayo de ese año, cuando Héctor Cámpora asumió como presidente. El 28 de enero de 1974 fue convocado nuevamente por el Poder Ejecutivo, por gestión del entonces ministro de Bienestar Social José López Rega y del general Jorge Osinde. El 1 de noviembre de 1974, a Villar lo mató una carga de tres a cinco kilogramos de gelinita, el explosivo fue colocado en el interior del crucero Marina, propiedad del policía, anclado en un sector del arroyo Rosquete, en el Tigre. Sólo estaban a bordo el superpolicía y su esposa. La custodia personal se quedó en puerto, a salvo, mirando cómo volaba todo. En un primer momento, el hecho se le adjudicó a Montoneros y hasta se conoció un presunto comunicado reivindicatorio de la organización guerrillera, firmado por tres supuestos comandos desconocidos hasta entonces y que después jamás reaparecieron. En noviembre de 1986, el juez federal Alberto Piotti reabrió la causa y las sospechas recayeron sobre López Rega y a la Triple A .
Luego de la muerte de Perón y en consonancia con la multiplicación de los actos de terrorismo de Estado, las organizaciones guerrilleras y especialmente Montoneros, aumentaron también sus acciones armadas. Montoneros elaboró un nuevo Plan Estratégico, partiendo de un plan nacional, luego por región y por último para cada ciudad, pueblo o barrio.
El 6 de septiembre de 1974 Montoneros declaró públicamente que pasaba a la clandestinidad. Con el fin de obtener recursos para poder financiarse, pocos días después, la columna Norte de Montoneros, al mando de Rodolfo Galimberti, secuestró a los hermanos Juan y Jorge Born, de la empresa Bunge & Born, una de las más importantes comercializadoras de granos del mundo. Los hermanos estuvieron seis y nueve meses secuestrados y la empresa pagó por su rescate 60 millones de dólares, que le permitió a la organización contar con un enorme respaldo financiero.
La conducción de Montoneros se instaló inicialmente en Córdoba y de inmediato se generaron dos posturas estratégicas: un sector mayoritario conducido por Firmenich, daba prioridad al aspecto militar, la organización de Montoneros como ejército profesionalizado y la conveniencia de agudizar las contradicciones entre la presidenta Perón y las Fuerzas Armadas para desencadenar el golpe; otro sector minoritario expresado por Roberto Quieto, daba prioridad a la actividad política, a la necesidad de no quedar aislados políticamente, aprovechando la alta adhesión juvenil ganada en los últimos dos años, y en la conveniencia de evitar el golpe de Estado, promoviendo la realización de elecciones anticipadas en las que se presentara un Partido Montonero.
En 1975 la actividad militar de Montoneros alcanzó su pico. Integrado por unos 500 combatientes, orientó sus ataques principalmente contra la policía (ese año la Policía Federal tuvo 75 bajas), en acciones de alta visibilidad pública y estableció una base de guerrilla rural en Tucumán, cerca de los ingenios azucareros donde tenía una sólida representación obrera y con la perspectiva de integrarse con el ERP.
Intencionalmente, Montoneros había evitado atacar a las Fuerzas Armadas, hasta el 6 de octubre de 1975 con el ataque al Regimiento de Infantería de Monte 29, en la ciudad de Formosa, hecho que estableció un punto de no retorno con el Ejército y aisló definitivamente a Montoneros, del resto de la vida política y social argentina.
El 28 de diciembre de 1975, Quieto, fundador de las FAR y número tres de Montoneros, fue detenido por la policía mientras se encontraba con su familia en una playa de la zona norte de Buenos Aires. El gobierno negó haberlo detenido y aún permanece desaparecido. Montoneros inició una campaña nacional e internacional pidiendo su liberación pero luego lo enjuició en ausencia y lo condenó a muerte, por traición y delación.
El Ejército Revolucionario del Pueblo, bajo la conducción de Mario Roberto Santucho, adoptó una posición diferente a Montoneros. Desde un principio consideró que el gobierno peronista giraría hacía la derecha a medida que avanzara la movilización popular. Con respecto a las Fuerzas Armadas, el ERP consideraba que no existían dentro del mismo corrientes populares. Con la vigencia de las libertades democráticas, el ERP-PRT creció considerablemente y organizó la Juventud Guevarista. En agosto de 1974, Santucho escribe Poder burgués, poder revolucionario, esbozando una teoría revolucionaria adaptada a la situación de Argentina.
El ERP concentró sus ataques sobre instalaciones del Ejército, recurriendo a los soldados conscriptos como fuente de inteligencia,99 y estableció una importante base guerrillera en la selva tucumana, que debió enfrentar el Operativo Independencia, lanzado a comienzos de 1975. Entre las acciones desarrolladas durante el gobierno de Isabel Perón, se destacan en agosto de 1974, el copamiento de la fábrica militar de Villa María (donde fue secuestrado el mayor Argentino del Valle Larrabure, que apareciera muerto un año después), el ataque a la fábrica Fray Luis Beltrán en Rosario en abril de 1975 y el Combate de Acheral en Tucumán, en octubre de 1975. Poco después, en las vísperas navideñas de 1975, realiza el ataque al Batallón de Monte Chingolo, la mayor batalla de la historia de la guerrilla argentina, que termina en una seria derrota y que constituye la última gran acción guerrillera en Argentina, demoliendo la moral de todas las fuerzas guerrilleras. Al comenzar 1976, el ERP había sido derrotado.
Montoneros secuestró a los hermanos Juan y Jorge Born, directivos de la empresa Bungey Born , el 19 de setiembre de 1974. Se pago un rescate de 60 millones de dólares y los Born fueron liberados el 21 de junio de 1975. El secuestrado de la foto es Juan Born.
El domingo 5 de octubre de 1975, la organización Montoneros realizó un ataque al Regimiento de Infantería de Monte 29, al Casino de Suboficiales de dicha fuerza y al Aeropuerto «El Pucú» de la ciudad de Formosa
La Operación Gardel fue el nombre clave dado por la organización guerrillera Montoneros al derribo de un Lockheed C-130 Hercules del Grupo 1 de Transporte Aéreo de la I Brigada Aérea, mientras éste despegaba del Aeropuerto Teniente General Benjamín Matienzo, el 28 de agosto de 1975, transportando 114 gendarmes, desde Tucumán hacia San Juan, en el marco del Operativo Independencia. El pelotón Marcos Osatinsky fue el encargado de llevar a cabo la acción.