Situación en las provincias

Intervención de Córdoba

En Córdoba Isabel Perón designaría a un nuevo interventor del Poder Ejecutivo, esta vez militar, el brigadier (Re) Raúl Lacabanne, quien en su primera declaración pública anunció que se trataba de "una guerra". Lacabanne recurrió al III Cuerpo de Ejército, una de las mayores unidades militares del país, para instrumentar el plan represivo, a través de una cobertura clandestina denominada Comando Libertadores de América, bajo la dirección operativa del capitán (destituido) Héctor Pedro Vergez. En septiembre de 1975, Ítalo Luder, a cargo de la Presidencia, removió a Lacabanne como interventor, designando en su lugar a Raúl Bercovich Rodríguez y como comandante del III Cuerpo, al general (destituido) Luciano Menéndez. Aún en democracia, Menéndez mandó a construir el centro clandestino de detención La Perla, en las afueras de la ciudad de Córdoba, uno de los mayores centros de tortura y desaparición de personas del país, utilizado como tal desde fines de 1975; entre los restos humanos encontrados en La Perla, se encuentran los de Lila Rosa Gómez Granja, Ricardo Saibene y Alfredo Felipe Sinópoli Gritti, estudiantes de Medicina y militantes de la FUP, que habían sido secuestrados el 6 de diciembre de 1975, en el Parque Sarmiento de Córdoba Capital.

Menéndez sería uno de los líderes del golpe de Estado de 1976 y se desempeñaría al frente del III Cuerpo hasta 1979. En 2008 sería condenado a cadena perpetua por crímenes de lesa humanidad.

Intervención de Santa Cruz

El 7 de octubre la presidenta de la Nación decretó la intervención del Poder Ejecutivo de la provincia de Santa Cruz, a cargo del gobernador Jorge Cepernic. Cepérnic había sido acusado de ser un "infiltrado marxista" por el propio interventor del Partido Justicialista de Santa Cruz y venía siendo objeto de acoso por las fuerzas conservadoras, desde 1973. Había tomado medidas contra el latifundio y autorizado la filmación de la película La Patagonia rebelde. Perón personalmente intervino para evitar que tanto el Ejército, como los sectores ortodoxos del PJ, desestabilizaran a Cepernic. Pero tres meses después de fallecido Perón y pocos días después de que finalizaran las sesiones ordinarias del Congreso Nacional, María Estela Martínez de Perón decidió intervenir el Poder Ejecutivo provincial y desplazar al gobernador electo en 1973. Dos interventores se sucedieron hasta el golpe de Estado: Augusto Pedro Saffores y Orlando Ludovico Parolin. Una vez producida la intervención, se multiplicaron las detenciones de militantes y exfuncionarios provinciales. El propio Cepernic fue amenazado por el interventor con ser detenido, si se hacía presente en la ciudad de Río Gallegos. Luego del golpe de Estado, Cepernic sería encarcelado durante cinco años, debido a su autorización de filmar La Patagonia rebelde.

Intervención de Salta

En Salta el gobernador Miguel Ragone y los integrantes de la Lista Verde del PJ a la que pertenecía, venían siendo sistemáticamente acusados de encubrir la "infiltración marxista" en el gobierno y la universidad. El 13 de octubre de 1974 la presidenta Martínez de Perón visitó la provincia de Salta para concurrir al VII Congreso Eucarístico Nacional, ocasión en la que decidió no compartir el palco con el gobernador. El 22 de noviembre de 1974 la presidenta dispuso por decreto la intervención federal de los tres poderes del Estado salteño.
El 11 de marzo de 1976, siempre bajo el gobierno de Isabel Perón, Ragone fue secuestrado y asesinado cuando se dirigía a su trabajo de médico en el Hospital San Bernardo, por orden de las autoridades militares del III Cuerpo, comandado en ese momento por el exgeneral (destituido) Luciano Menéndez, con participación de la policía de Salta, que integraban la Alianza Anticomunista Argentina. Sus restos permanecen desaparecidos desde entonces. En 2011 un tribunal condenó a cadena perpetua a algunos de sus autores: Carlos Alberto Mulhall, exjefe del Ejército en Salta; Miguel Gentil, exjefe de la Policía de Salta, y Joaquín Guil, exjefe de Seguridad de la Policía de Salta.