Encontrábase profundamente consciente de las desavenencias políticas, económicas y sociales que allí se desarrollaban, así como también de los problemas que debería afrontar (la legitimidad de su designación fue impugnada); a pesar de su falta de fuerza militar en comparación con la de los orgullosos grupos militares criollos que recientemente habían derrotado a los ingleses, de su necesidad de contar con mayores ingresos -a lo cual se oponían los comerciantes españoles- y del creciente malestar existente entre los españoles y los criollos, y entre Montevideo y Buenos Aires (pugnando por la supremacía política y comercial), luchó por lograr una senda realista y moderada, probando ser un administrador capaz.
Cisneros autorizó la represión de la revolución patriótica en La Paz (1809); concedió la amnistía a aquellos que habían participado en la rebelión en Buenos Aires el l° de enero; confirmó las acciones tomadas por la Junta de Montevideo, pero más tarde la disolvió.
Estableció la enseñanza primaria obligatoria; convocó a una junta especial de residentes a fin de pedir consejo sobre la mejor política con respecto a la legalización del comercio con los británicos y para la adopción de una justa política liberal.
Cisneros conformó un tribunal de vigilancia política; en abril de 1810 llegaron noticias sobre la caída de Sevilla en manos francesas -siendo confirmada a comienzos de mayo- como así también del establecimiento de la regencia y completo control de Napoleón sobre toda la península.
Permitió que estas noticias llegaran a conocimiento público, pero no efectuó ninguna confirmación; cuando los patriotas exigieron la convocatoria de un cabildo abierto a fin de decidir las medidas a ser adoptadas en esta crisis de legitimidad política.
Convocó el famoso cabildo abierto del 22 de mayo de 1810 y el 24 de mayo se llegó a un acuerdo a fin de constituir la autoridad dentro de una Junta compuesta por líderes de diversas agrupaciones, teniendo a Cisneros como presidente.
Los líderes criollos, con el apoyo de la fuerza militar y la opinión pública, se rehusaron a aceptar el nombramiento de Cisneros y el 25 de mayo, cuando en votación formal se decidió en su contra, Cisneros presentó su renuncia.
La Primera Junta Patriótica fue establecida, siendo su presidente Cornelio Saavedra.
Cisneros se retiró para vivir tranquilamente en la residencia virreinal hasta que cambios en el gobierno de España le permitieran regresar a su función; en cambio, la Junta, alarmada por las conspiraciones leales que estaban desarrollándose en el interior y sabiendo que la residencia de Cisneros se había convertido en el nido de dichas conspiraciones, así como también en virtud de los rumores que circulaban de erigir a Montevideo como capital de un restaurado virreinato, envió a Cisneros de regreso a España; después de ocupar diversas e importantes funciones navales en ese lugar, regresó a su tierra natal, Cartagena, donde permaneció como capitán general hasta su fallecimiento.