La escuadra brasileña decidió dar un golpe sobre Carmen de Patagones, como medio para disminuir las acciones de los corsarios argentinos. Los brasileños consideraban que esa población debía estar desguarnecida, pero la captura a fines de 1825 de cuatro oficiales brasileños desembarcados en sus cercanías en misión de espionaje buscando alianzas con los indígenas fieles a los hermanos Pincheira, ex soldados realistas devenidos bandoleros y caciques, el gobierno había llevado al Comandante de Frontera de la Provincia de Buenos Aires, coronel Juan Manuel de Rosas, a fortificar la plaza y dotarla de tropas y armamento adicional.
Fuerzas imperiales (brasileñas)
Con el fin de cumplir el objetivo de la toma del poblado, la Marina Imperial envió una división al mando del capitán de fragata inglés James Shepherd. Esta fuerza estaba compuesta por los siguientes buques:
La fuerza estaba compuesta por un poco más de 600 hombres, de los cuales 250 no eran brasileños.
Fuerzas argentinas
Al encontrarse Carmen de Patagones demasiado lejos del teatro principal de operaciones, no se disponía de tropas en buen número para defender la plaza. El comandante del fuerte Martín Lacarra contaba con un centenar de infantes, y consiguió reclutar unos 80 hombres a caballo, en su mayoría gauchos, más los corsarios y un piquete de artillería de uno de los buques en reparación, el Chacabuco.
Al no poder atacar la flota brasileña se dispuso a desembarcarr y atacar por tierra, el 7 de marzo de 1827, eso resultó ser un error debido a que el camino era espinoso, y por la epoca del año hacía muchísimo calor y al ser de noche, acabaron desviados del río, lo que provocó que cuando llegaron al cerro de la Caballada, los soldados estuvieran no sólo exhaustos por el esfuerzo de la caminata ademas también sedientos porque no pudieron beber agua en horas. Las tropas argentinas les esperaban y comenzó una dura batalla para los brasileños, que llegaban sin fuerzas, los brasilero quisieron retirarse a sus naves pero éstas ya estaban ocupadas por las tropas argentinas. Tras unas horas de batalla, finalmente, Guillermo Eyre, se rindió. Y las fuerzas argentinas obtuvieron la victoria.
A esto se sumó luego un grupo de negros voluntarios y un escuadrón de vecinos. Además se proveyó a los pobladores de Patagones, la mayoría mujeres, con palos, gorros y vestimentas de milicianos, procurando simular una columna en retaguardia.
Esa "retaguardia" ocupó puestos visibles en el fuerte, aparentando que las fuerzas argentinas resistirían en ese lugar, sin salir a dar batalla. Esto coadyuvó de modo fundamental al efecto sorpresa utilizado por las tropas argentinas en la batalla, ya que los espías enviados por los imperiales informaron de esta situación a sus jefes, que fueron sorperendidos al querer superar el pequeño cerro de la Caballada, bautizado así por la carga de a caballo con que los argentinos derrotaron al invasor.
En cuanto a la flota, estaba compuesta por:
En total, el número de hombres embarcados era de 330, aproximadamente.
Primeras acciones
En la mañana del 28 de febrero de 1827, el bergantín Escudeiro ingresó al río Negro enarbolando otra bandera para engañar a los defensores. A la entrada del estuario se ubicaba una batería de 4 cañones al mando del coronel Felipe Pereyra, comenzando el intercambio de disparos. Luego de superar las defensas en la escaramuza, el Escudeiro franqueó la entrada, seguido por la corbeta Itaparica.
El 3 de marzo se perdió la Duqueza de Goyas, que había quedado varada días antes debido a la naturaleza del río y el gran calado de la nave. Esto produjo 38 bajas entre los invasores.
El 6 de marzo de 1827 los brasileños desembarcaron en la margen sur una partida de hombres y reclamaron carne fresca a un grupo explorador criollo, pero el juez de paz Fernando Alfaro dio órdenes de negarles apoyo.
Desembarco brasileño
Debido a las dificultades para navegar el río, el comandante brasileño decidió atacar Patagones por tierra. A la madrugada se produjo el desembarco general de las fuerzas brasileñas, alrededor de 350 hombres, con el objeto de marchar sobre la población para tomarla en forma definitiva.
La columna brasileña inició la marcha en la calurosa noche del día 7, debiéndolo hacer por terrenos arenosos y cubiertos de espesos matorrales espinosos, que obligaban a transportar a los oficiales sobre los hombres de sus soldados. Además tuvieron la dificultad adicional de no contar con un guía competente, lo que llevó a que la columna, compuesta por más de 400 efectivos, se extraviara durante la marcha, alejándose del río y las fuentes de agua. Este hecho, sumado al calor asfixiante y el terreno desértico, comenzó a minar las fuerzas y resistencia de los soldados imperiales.
Las fuerzas invasoras llegaron a las 6:30 al cerro de la Caballada, completamente extenuados y sin haber podido beber agua por 24 horas, con el agravante de que el único alimento que pudieron consumir fue carne salada.
Combate en cerro de la Caballada
Los defensores, que desconocían la ubicación e intenciones de la columna imperial, descubrieron las huellas de la avanzada brasileña y aprestaron los preparativos para la defensa. En el cerro de la Caballada las milicias republicanas conducidas por el subteniente Sebastián Olivera y los gauchos del baqueano José Luis Molina los alcanzaron y presentaron batalla inmediatamente. Con los primeros disparos cayó muerto el comandante brasilero Shepherd, quien fue suplantado por Guillermo Eyre. Pronto se vieron rodeados por guerrillas que procedieron a cercar a los imperiales incendiando la vegetación, hecho que obligó a Eyre a ordenar la retirada hacia los navíos, sin advertir que los mismos ya se encontraban copados por los argentinos.
Toma de la flota y fin de la batalla
En efecto, la flotilla de naves corsarias al mando de Santiago Jorge Bynon abrió fuego sobre el Escudeiro, que resistió hasta el momento en que su esforzado capitán cayó mortalmente herido. Tomado ese buque, los argentinos atacaron la goleta Constanza, que se había separado del Escudeiro para unirse a la corbeta Itaparica, nave a la cual no se tardaría en reducir.
Esta última nave fue hundida frente a la población de Carmen de Patagones. Restos de su casco aún permanecen enterrados en el lecho del río Negro en ese lugar, y su enorme bandera fue expuesta durante más de un siglo y medio, siendo en los últimos años en un lateral del atrio de la iglesia de la ciudad. En la década de 1990 el gobierno argentino decidió devolver al del Brasil ese pabellón perteneciente a la Itaparica, en señal de buena voluntad, pero el pueblo "maragato" (gentilicio de los habitantes de Carmen de Patagones) se opuso enérgicamente, y aún se exhiben ésta y otra bandera capturada en esa misma batalla, en la iglesia colonial del pueblo, frente a la plaza 7 de marzo.
Ante la confirmación de la rendición de su escuadra, Eyre finalmente se rindió a Alfaro, quien fue elegido junto con otros hombres para llevar la noticia de la victoria a Buenos Aires.
Como resultado de los combates, quedaron en poder de los argentinos 3 buques, 28 cañones y numerosas armas. La tropa de desembarco perdió 40 de los suyos y se rindieron en las naves 10 oficiales y 306 hombres de tropa. En total, las fuerzas brasileras sufrieron 100 bajas y se tomaron 579 prisioneros, entre los cuales 200 británicos, que pasaron a engrosar las filas patriotas.
Los buques capturados fueron renombrados y pasaron a integrar la escuadra del almirante Brown. El Itaparica se denominó Ituzaingó, el Escudiero se convirtió en el Patagones y la Constanza pasó a llamarse Juncal.
En la iglesia Nuestra Señora del Carmen se conservan dos de las 7 banderas imperiales brasileñas que se conquistaron el 7 de marzo de 1827.