Su padre era el alcalde Álvarez de Condarco. Se adhirió a la Revolución de Mayo, y en 1812 era oficial de artillería. Su gran conocimiento en materia de explosivos, le valió ser nombrado director de la fábrica de pólvora de Córdoba y también de cartografía.

En 1813 fue enviado a Chile para que dirigiera el arsenal patriota. Se hizo amigo allí de Marcos Balcarce, quien envió por su intermedio importantes mensajes a San Martín, entonces en Mendoza. El Libertador apreció su patriotismo y decidió retenerlo a su lado. Lo nombró director de polvorín y lo envió luego en misión confidencial a Buenos Aires, ante el Director Supremo Pueyrredón. Debía establecer con este la cantidad y tipo de artículos de guerra necesarios para la campaña de los Andes.

A fines de 1816, San Martín lo envió a Chile, con el encargo aparente de llevar cartas al gobernador realista Marcó del Pont. Lo que San Martín quería, en realidad, era que la gran memoria visual de Alvarez Condarco retuviera los accidentes de la cordillera, para marcar luego el camino del ejército. Así cruzó por Los Patos y, ni bien llegado, Marcó del Pont lo despachó de vuelta por el paso más corto, que era Uspallata. Los mapas que trazó luego de este viaje, fueron fundamentales para el cruce que el ejército libertador realizó a Chile por esos dos pasos.

Actuó como ayudante de campo de San Martín. Combatió heroicamente en Chacabuco. Fue enviado a Londres para comprar barcos para la primer escuadra chilena. Persuadió a Lord Cochrane que aceptara la comandancia de ella. Retornó a Chile y una vez lograda la independencia, prestó servicios en Bolivia, luego en Mendoza y vivió en Chile enseñando matemática. Rosas lo persiguió y tuvo que refugiarse en Chile donde murió en la miseria enseñado matemáticas. Falleció en 1855 tan pobre que sus amigos debieron costearle el entierro.