El padre de José de San Martín fue, Juan de San Martín, era hijo de Andrés de San Martín e Isidora Gómez, había nacido en la villa de Cervatos de la Cueza, en la actual provincia de Palencia (antiguo Reino de León, en España) y era teniente gobernador del departamento Yapeyú.La madre de José de San Martín fue, Gregoria Matorras del Ser, hija de Domingo Matorras y María del Ser, también había nacido en la provincia de Palencia, el 12 de marzo de 1738, concretamente en Paredes de Nava. Era prima hermana de Jerónimo Matorras, gobernador y capitán general del Tucumán.
Juan de San Martín, padre del Héroe de la Patria, nació en Cervatos de la Cueza (España) el 3 de febrero de 1728, a los dieciocho años ingresó al ejército y sus primeras acciones militares transcurrieron en África.
En 1764, habiendo obtenido el grado de Teniente, fue destinado al Río de la Plata y sus primeras responsabilidades fueron el adiestramiento e instrucción del Batallón de Milicias de Voluntarios Españoles; luego participó en el bloqueo de Colonia del Sacramento y del Real de San Carlos (mayo de 1765).
En la Banda Oriental fue destinado a la administración de una extensa estancia llamada "Calera de las Vacas" que había sido propiedad de los jesuitas hasta el momento de su expulsión, varios hechos trascendentales ocurrieron en su vida de nuestro personaje durante su actuación en el Uruguay, entre ellos, su casamiento con Gregoria Matorras.
El matrimonio se realizó en el palacio episcopal, estando a cargo del obispo titular, Manuel Antonio de la Torre, el 1º de octubre de 1770, los nuevos esposos se reunieron en Buenos Aires el día 12 de octubre de ese año, trasladándose poco después a Calera de las Vacas.
Allí formaron su hogar y nacieron tres de sus hijos: María Elena, el 18 de agosto de 1771; Manuel Tadeo, el 28 de octubre de 1772 y Juan Fermín Rafael, el 5 de octubre de 1774. En diciembre de 1774, el Virrey Vértiz lo nombró teniente gobernador de Yapeyú, una de las reducciones más ricas en tierras y ganados, que habían fundado los jesuitas. En esta ciudad nacieron sus otros dos hijos:
Justo Rufino, nacido en 1776, y José Francisco, el 25 de febrero de 1778. Terminada su actuación en Yapeyú,el capitán San Martín embarcó con rumbo a Buenos Aires el 14 de febrero de 1781, desde donde pidió licencia para embarcarse con su familia con destino a la metrópoli. Le fue concedido lo solicitado por Real Orden, expedida el 25 de marzo de 1783 y en abril de 1784, Juan de San Martín llegaba a Cádiz, con su mujer y cinco hijos. Don Juan de San Martín murió en Málaga el 4 de diciembre de 1796.
Don Juan de San Martín y doña Gregoria Matorras tuvieron cinco hijos. Tres de ellos nacieron en la Calera de las Vacas (Banda Oriental): María Elena (18 de agosto de 1771), Manuel Tadeo (28 de octubre de l772) y Juan Fermín (5 de febrero de l774). Trasladada la familia a Yapeyú, nacieron los otros dos hijos: Justo Rufìno (l776) y José Francisco (25 de febrero de l778).