Al poco tiempo de asumir, llegó allí el coronel Juan Gregorio de Las Heras, que había comandado fuerzas argentinas en Chile, y que se había retirado por las desinteligencias de los patriotas chilenos. Lo envió de regreso, para intentar ayudarlos contra la ofensiva realista, pero este llegó poco después del Desastre de Rancagua, en el que se perdió la independencia chilena. Solo alcanzó a proteger el cruce hacia Mendoza de miles de refugiados chilenos.
Los chilenos venían divididos en dos bandos irreconciliables: los conservadores bajo el mando de Bernardo O'Higgins, y los liberales bajo el de José Miguel Carrera. San Martín decidió que debía tomar partido rápidamente, y se decidió por O'Higgins.
El plan de San Martín había sido pensado para ser llevado a cabo desde un Chile patriota; con la caída de este país en manos enemigas, el plan parecía destinado a ser desechado. Pero San Martín tomó la decisión de seguir adelante, solo que primero tendría que liberar Chile.
Los emigrantes cruzaron el macizo montañoso por el paso Punta de Vacas, guiados por arrieros experimentados que abrieron un camino relativamente seguro en un terreno cubierto de nieve. Tanta gente quería cruzar al mismo tiempo que no hubo mulas de remuda para todos y muchos debieron ir a pie.
Las noticias del desastre llegaron el 9 a Mendoza, donde el gobernador de la provincia de Cuyo, coronel José de San Martín, envió 1.000 mulas con víveres para ayudar a los soldados.
A diferencia de la cálida bienvenida que le dio el gobernador a O'Higgins, cuando San Martín y Carrera se encontraron en el paso de Uspallata, ambos siguieron su camino sin saludarse.
En la noche del 13 de octubre José Miguel Carrera entraba en territorio cuyano con 400 a 500 soldados; nunca volvería a ver su patria. Luego de un intento de desconocer la autoridad del gobernador de Cuyo, el general José Miguel Carrera fue arrestado, despojado de su mando y luego expulsado de Mendoza.
Bernardo O'Higgins y exilio en Mendoza
Bernardo O'Higgins luego de la derrota de Rancagua escapó con la mayoría de sus seguidores y cruzó los Andes hasta el actual territorio argentino. Los combatientes por la independencia chilena fueron vencidos por los ejércitos realistas, y el territorio chileno se mantuvo durante los tres años siguientes bajo dominio español.
José Miguel Carrera
José Miguel Carrera y sus hermanos llegan el 17 de octubre, a Cuyo, la disputa entre sus partidarios y los de O'Higgins el cual obtenía apoyo en José de San Martín, ya que ambos estaban unidos por la secreta Logia Lautarina para la liberación de América. San Martín no tenía confianza en los Carrera, por una variedad de motivos, incluyendo una serie de actitudes por parte de los hermanos que fueron consideradas por San Martín como una tentativa de desconocer su autoridad.29 Al mismo tiempo, los hermanos habían sufrido mucho desprestigio a consecuencia del desastre de Rancagua y muchos entre los refugiados en Mendoza los acusaban, erróneamente, de haberse robado el tesoro nacional y de traición. José Miguel Carrera viaja a Buenos Aires y se encuentra con Carlos María Alvear, amigo suyo desde los tiempos de Cádiz y enemigo acérrimo de San Martín. Los dos generales se encontraron y estrecharon nuevamente su amistad.