Las tensiones ocurridas durante 1905 por dos temas primero por la revolución radical de febrero de 1905 y luego en el mes de agosto un intento de asesinato en un atentado anarquista estos hechos causaron un deterioró la salud del presidente ya que Quintana era un hombre de más de 70 años.
A fines de 1905 el presidente Quintana tuvo que delegar el mando en el vicepresidente, atacado por la enfermedad que puso fin a su vida el 12 de marzo de 1906, un día después del triunfo de la confluencia de partidos opositores en las elecciones.
El mismo día del fallecimiento del presidente, juró el cargo el vicepresidente para terminar el período legal. En el sepelio de los restos mortales del extinto, dijo:
"Si la Constitución ha previsto la sucesión legal del funcionario que deja de existir, ningún precepto legislativo ha podido hacer reemplazables las condiciones propias del hombre que le llevaron a la más elevada investidura política que podían discernirle sus conciudadanos".
José Figueroa Alcorta fue única persona en ejercer la titularidad de los tres poderes del Estado: Vicepresidente de la Nación (Presidente del Senado), desde el 12 de octubre de 1904 hasta el 12 de marzo de 1906, Presidente de la Nación desde esa fecha y hasta el 12 de octubre de 1910; y presidente de la Corte Suprema de Justicia de la Nación Argentina, desde 1915 hasta su fallecimiento, en 1931.