En la convención de notables de 1903, convocada por Roca, surgió su nombre como compañero de la fórmula presidencial que encabezaba el doctor Manuel Quintana; representaba una buena experiencia de gobierno y, además, reflejaba los intereses de las provincias frente al predominio porteño.
Una vez triunfante la fórmula Quintana-Figueroa Alcorta, fue consagrado vicepresidente de la República y asumió la presidencia del Senado desde el 12 de octubre de 1904, al cual había sido enviado por su provincia. Pudo desde allí gravitar sobre la armonía en la gestión de ambos poderes: el ejecutivo y el legislativo.
Aprovechando un receso parlamentario, se trasladó a Córdoba en el verano de 1905 y se instaló con su familia en Capilla del Monte , cuando estallo la revolución del 4 de febrero de 1905 estaba de vacaciones en Córdoba
La revuelta estaba bajo la dirección del coronel Daniel Fernández y del doctor Aníbal Pérez del Viso que derrocaron a las autoridades constituidas.
Al conocerse en Córdoba el fracaso de la revolución en Buenos Aires, cundió el desaliento y, para ampararse, los revolucionarios se apoderaron de la persona del vicepresidente y lo mantuvieron en rehén para presionar de ese modo sobre el ánimo del primer magistrado.
Figueroa Alcorta fue conducido desde Capilla del Monte a Córdoba con una fuerte vigilancia, se le facultó para que se comunicara telegráficamente con el doctor Quintana.
El general Vinter avanzaba entonces sobre Córdoba para batir a los revolucionarios y considerándose éstos ya vencidos, el doctor Pérez del Viso tuvo la idea de sustituir a Figueroa Alcorta en la conferencia telegráfica con el presidente y pedir a Quintana garantías de vida para los rebeldes, el mantenimiento de éstos en sus grados militares y la supresión de todo proceso por sedición.
El que simulaba ser Figueroa Alcorta en la conversación telegráfica, dijo que se hallaba en poder de los revolucionarios y que estos lo amenazaban con ponerlo en la línea de fuego tan pronto como se aproximasen las tropas del general Vinter.
Quintana creyó que era el vicepresidente el que le hacía aquella proposición y la desechó, manteniendo desde entonces un resentimiento contra Figueroa Alcorta por su acto de debilidad. Sólo después autorizó a Figueroa Alcorta a revelar la verdad de lo ocurrido y aparecieron los testigos que la corroboraron. Dominada la revuelta, Figueroa Alcorta recuperó la libertad y volvió a Buenos Aires, reanudando su labor en el Senado.