El gabinete ministerial fue varias veces alterado en los cuatro años de gobierno de Figueroa Alcorta. En julio de 1906 dimitieron el general Luis María Campos y Quirno Costa, ministros de guerra e interior, respectivamente, siendo reemplazados por Rosendo M. Fraga y Manuel A. Montes de Oca, este último con carácter interino en el interior; en setiembre fue designado en propiedad Joaquín V. González, que renunció dos meses después y entonces pasó a ocupar la cartera Manuel A. Montes de Oca. En el mes de noviembre fue llamado a ocupar la vacante en relaciones exteriores Estanislao S. Zeballos; el ministro de hacienda Norberto Pifien, renunció en setiembre y le sucedió en el cargo Eleodoro Lobos.

En julio de 1907 hubo tres renuncias: la de Federico Pinedo en justicia e instrucción pública, la de Rosendo M. Fraga en guerra y la de Ezequiel Ramos Mejía en obras públicas; las vacantes pasaron a ser llenadas por Juan A. Bibiloni, Rafael M. Aguirre y Carlos Maschwitz, respectivamente.

A fines de setiembre de 1907 renunciaron los ministros del interior y de hacienda, Montes de Oca y Lobos; en el puesto del primero fue designado Marco Avellaneda, y en el del segundo Manuel M. de Iriondo. La cartera de obras públicas quedó vacante por la muerte de Maschwitz en octubre de 1907 y fue desempeñada desde el mes de noviembre por Ramos Mejía; Pedro Ezcurra reemplazó a éste en agricultura.

En enero de 1908 renunció Bibiloni y lo reemplazó interinamente Zeballos, pero en junio del mismo año renunció a ambas carteras y entonces fue designado Victorino de la Plaza en relaciones exteriores y Rómulo S. Naón en justicia e instrucción pública.

En marzo de 1910 dimitió el ministro del interior Marco Avellaneda y su puesto fue ocupado por José Gálvez; el mismo mes fue reemplazado el ministro de guerra Rafael M. Aguirre por el general Eduardo Racedo. Como Victorino de la Plaza había sido proclamado candidato a la vicepresidencia para el nuevo período, renunció en agosto de 1910 y ocupó la vacante Carlos Rodríguez Larreta. En el mismo mes falleció José Gálvez, y Carlos Rodríguez Larreta atendió el despacho de ese ministerio con carácter interino.