Completando la conquista del desierto.

Para terminar la ocupación territorial de la Patagonia la expedición contra los indios en 1879, se elaboró el llamado plan de campaña de los Andes, con la división de Río Negro y Neuquén al mando de Conrado E. Villegas, el cual fue secundado por los coroneles Winter, Bernal y el teniente coronel Rufino Ortega. 


Se completa la conquista del desierto

En marzo de 1881 partió esa fuerza, en tres columnas, hacia el lago Nahuel Huapi, una operación que limpió una vasta zona patagónica de todo peligro por parte de los indios.

Quedó todavía el Chaco, con sus matacos y mocovíes, que seguían amenazando a Santa Fe, Santiago del Estero y Córdoba. Una expedición militar hacia aquella vasta zona fue dirigida por el ministro de guerra, general Benjamín Victorica, en 1884. También se logró el sometimiento o el alejamiento de los indios. Con la expedición militar coincidieron los primeros proyectos de colonización en lo que luego fueron las gobernaciones del Chaco y Formosa. El presidente Roca pudo decir en su mensaje de 1885: 

"Como La Pampa, el territorio de Limay, la Patagonia y Tierra del Fuego, el Chaco entran ahora con sus hermosos campos y bosques seculares a ser posesión real y positiva de la Nación"...

En ese período se realizan también exploraciones científicas y otras, como la de Santiago Boye y la expedición al Atlántico Sur al mando del comodoro Laserre, en el transcurso de la cual se estableció la subprefectura de Ushuaia (1884), en las proximidades de la misión protestante de Mr. Bridges.

La Patagonia comenzó a ser recorrida con fines de estudio y de colonización; el capitán Moyano realizó viajes por los ríos Gallegos, Coyle, Santa Cruz; Jorge Fontana explora gran parte de Chubut; Ramón Lista hizo lo propio en Santa Cruz, desde las costas del Atlántico hasta la cordillera, y llevó a cabo la primera exploración terrestre en Tierra del Fuego.

En octubre de 1884 se dictó la ley de territorios, que dividió las nuevas tierras conquistadas a los indios en cinco circunscripciones o territorios: Neuquén, Río Negro, Chubut, Santa Cruz y Tierra del Fuego, que fueron puestos bajo la administración de conocedores como Fontana, Moyano y Lista, que iniciaron la colonización patagónica. 

Surgieron pueblos como Acha y Victorica en La Pampa; Pringles, Conesa y Choele-Choel en Río Negro, Junin de los Andes en Neuquén; Trelew y Puerto Madryn en Chubut, con la llegada de colonos galeses; Río Gallegos, Santa Cruz y Puerto Deseado en Santa Cruz; Ushuaia en Tierra del Fuego. 

general Villegas

El general Villegas quedó al mando de la frontera sur despues de la conquista del desierto y cona la idea de afianzar el lugar previamente conquistado comandó las campañas de 1881 y 1882 .
A principios del año 1881, con mil setecientos soldados distribuidos en tres brigadas bajo su mando, conquistó el «País de las Manzanas» —territorio meridional de la actual provincia neuquina— y el 3 de abril del mismo año llegaría, por primera vez al lago Nahuel Huapi —en el noroeste de la Patagonia oriental— la 3ª brigada de la División de Río Negro y Neuquén. En esta campaña posibilitó a las tropas conocer extensas zonas del territorio nacional hasta entonces negadas al hombre blanco.