Después del ensayo de Rivadavia para dotar a Buenos Aires de un puerto, a cuyo efecto hizo llegar de Inglaterra al ingeniero Santiago Bevans proyecto malogrado por la guerra con el Brasil, que absorbió las 500.000 libras esterlinas contratadas por Manuel J. García con la casa Baring Brothers de Londres.
Eduardo Madero volvió a resucitar el proyecto después de Caseros. La segregación de Buenos Aires y su lucha contra la Confederación no permitieron tomar en consideración esa iniciativa. Lograda la reunificación nacional, Madero, en colaboración con ingenieros hidráulicos ingleses, presentó un nuevo proyecto de puerto y organizó una sociedad para su construcción, pero esta vez la guerra de la Triple Alianza volvió a marcar un compás de espera. Cuando Sarmiento asumió la presidencia de la República en 1868, dio todo su apoyo a la propuesta de Madero, y la Cámara de Diputados le dio su aprobación, pero en el Senado se opuso Mitre a que obras de tanta trascendencia se entregasen a una sociedad privada. La batalla librada por el gobierno de Sarmiento con los opositores del Senado dio origen a duelos oratorios apasionados, pero Sarmiento fue vencido.
Recien en 1882 vio Madero convertido en ley el proyecto de construcción del puerto de Buenos Aires, durante la primera presidencia de Roca, para permitir el atraque de los buques de ultramar.
Pero esta vez intervino Pellegrini, en defensa del proyecto en el Senado y contó también con la opinión favorable del ingeniero Emilio Mitre. El 23 de octubre de 1882 fue sancionada al fin la ley 1.257 y las obras fueron adjudicadas a Madero mismo. El poder ejecutivo la promulgó inmediatamente y lleva las firmas de Roca, Bernardo de Irigoyen y Federico Pinedo, estos últimos ministro y secretario de hacienda, respectivamente.
En diciembre de 1884 fueron aprobados los planos presentados y Roca firmó el contrato definitivo, siendo designados como testigos Bartolome Mitre, Domingo F. Sarmiento y Nicolás Avellaneda, tres ex presidentes que habían deseado iniciar esas obras del puerto. Se iniciaron los trabajos en 1886 y el 29 de enero de 1889 se inauguró oficialmente la primera sección del puerto en la dársena sur.
En 1885, en plena presidencia del general Julio A. Roca, comenzó la construcción de Puerto Madero, zona donde habían estado el primitivo muelle y la Aduana, en el predio donde los habitantes del viejo Buenos Aires lavaban la ropa. Se lo destacaba como el barrio más nuevo de Buenos Aires. Al construirse el Puerto Madero a fines del siglo XIX, se rellenó una franja costera llevando al río un kilómetro afuera con lo que rompió su relación directa con la ciudad. Hacia 1910 Puerto Madero era el lugar por donde ingresaban al país, desde el Occidente europeo,máquinas, gente, moda y cultura". Y también era el punto de salida de los "granos y la carne que producían nuestras pampas, todavía a medio conquistar". El puerto diseñado por Madero a los 14 años no era tan útil ya que no se podían albergar buques del porte que se estaba construyendo. Por eso se aprueba en 1914 la ampliación del puerto que se le denomina Puerto Nuevo que comienzan las obras en 1914 pero se terminan en 1926. igualmente con esa transformación el Puerto se fue degradando