Política judicial y de derechos humanos

Renovación de la Corte Suprema de Justicia

Desde el 19 de junio de 2003, por decreto presidencial, todos los candidatos a integrar la Corte Suprema deben pasar una etapa de exposición pública que tiene que presentar el Poder Ejecutivo en los principales medios de comunicación de todo el país. El currículum del nominado (o los nominados) debe ser publicado y promocionado en el sitio web del Ministerio de Justicia y puede ser discutido por las ONG, las asociaciones de Derecho, las universidades, las organizaciones de derechos humanos, y cualquier ciudadano que así lo desee. Luego de un período de tres meses, el presidente, sopesando los apoyos y rechazos a la candidatura, queda habilitado para presentar la nominación al Senado, que debe decidir si aprueba o no que la persona propuesta por el presidente forme parte de la Corte, necesitándose una mayoría de dos tercios para dicha aprobación.

En materia judicial el Presidente Néstor Kirchner toma la medida de autolimitarse en materia de nombramiento de jueces, fiscales, defensores, a través del Decreto 222 y del 558 del 2003, en cuanto a dar a publicidad las candidaturas para designar jueces, para que todas las personas e instituciones interesadas pudieran formular sus observaciones, limitó aún más el rol que en la selección de estos magistrados tiene el Poder Ejecutivo, después de la reforma del 94. La renovación de la Corte Suprema de Justicia durante los primeros años del Gobierno de Kirchner, con la designación del Dr. Eugenio Zaffaroni en 2003, y de las Dras. Elena Highton de Nolasco y Carmen María Argibay en 2004, fue vista y es usualmente reconocida por la oposición como un paso positivo,​ que brinda más independencia al Poder Judicial, equilibra la Corte ideológicamente y le otorga una mayor paridad de género. Argibay era feminista, atea militante, y apoyaba la despenalización del aborto, mientras que Zaffaroni (el primero en ser designado a través del método público de nominación), es catalogado políticamente como de centro izquierda.

Ley de unificación electoral y  Ley de Financiamiento de Partidos Políticos

El 15 de diciembre de 2004 se sanciona la Ley 25.983 que unificaba las elecciones legislativas nacionales y pone como fecha de los comicios el cuarto domingo de octubre inmediatamente anterior a la finalización de los mandatos. De esta manera se buscaba transparentar los comicios y evitar manejos electoralistas de las fechas y excesos de quienes tienen el poder de convocar a comicios. Durante 2005 se produjo la Reglamentación de los DNU. En 2006 mandó una nueva Ley de Financiamiento de Partidos Políticos, aprobada en diciembre de 2006 por el Congreso de la Nación que establecía la prohibición de contratar publicidad para terceros. Esto significa que para la contratación de publicidad electoral es excluyente la participación de los responsables políticos o económicos de los partidos y alianzas y establece un tope máximo de recursos privados que los partidos o alianzas pueden recibir. La ley, que lleva el N° 26.215, se establece la prohibición de contribuciones o donaciones anónimas, e impedía la contribuciones o donaciones de empresas concesionarias de servicios u obras públicas de la Nación, las provincias, los municipios o la Ciudad de Buenos Aires.

Luego de 12 años de mora por incumplimiento del mandato constitucional de 1994, el Congreso sancionó la ley que reglamenta los decretos de necesidad y urgencia del Ejecutivo. Tras un arduo debate,el Congreso sancionó que los decretos deben ser aceptados o rechazados por mayoría absoluta de los presentes de ambas cámaras, pero continuarán vigentes mientras no reciban tratamiento parlamentario. Hasta la reglamentación del control parlamentario en 2006, marca una diferencia con el periodo anterior. Su incorporación a la carta orgánica le confirió una mayor legitimidad pero también implicó una serie de restricciones: Se explicitó la reserva de su utilización a situación de necesidad y urgencia; se prohibió la emisión de DNU en cuatro áreas de política pública: legislación tributaria, penal, electoral y de partidos políticos; se dispuso un mecanismo para el control parlamentario de los DNU, pero se difirió su reglamentación a una ley del Congreso. Su gobierno se caracterizó por una política estatal activa en relación con los derechos humanos, que incluyó las anulaciones de las leyes de Obediencia Debida y Punto Final, que permitieron que se retomen los juicios contra los represores de la última dictadura militar.

Derechos humanos

Durante el gobierno de Néstor Kirchner su gobierno incorporó reconocidos integrantes de organismos de Derechos Humanos, además, impulsó el enjuiciamiento a los responsables por crímenes de lesa humanidad ocurridos durante los años setenta, realizados por la Triple A y por el Proceso de Reorganización Nacional. Para conseguirlo, sus partidarios apoyaron en el Congreso Nacional las anulaciones de las leyes de Obediencia Debida y Punto Final,​ las cuales mantenían frenados dichos juicios desde el Gobierno de Raúl Alfonsín. Dicha medida fue posteriormente ratificada por el Poder Judicial , también impulsó la reparación a familiares de las víctimas del atentado a la AMIA.

Descuelgue de cuadros

El 24 de marzo de 2004, en el marco del primer aniversario del golpe de Estado de 1976 que le tocaba vivir como presidente, Kirchner ordenó descolgar los cuadros de los dictadores Jorge Rafael Videla y Reynaldo Bignone que aún exhibían las paredes del Colegio Militar. 

Espacio Memoria y Derechos Humanos

El 24 de marzo de 2004 el presidente, Kirchner encabezó un acto  en la ex ESMA donde el presidente pidió perdón de parte del Estado nacional "por la vergüenza de haber callado durante 20 años de democracia tantas atrocidades", y firmó el traspaso de la ESMA a los organismos de derechos humanos.
La ESMA a partir del golpe cívico militar de 1976, funcionó uno de los centros clandestino de detención,tortura y exterminio más grande de la última dictadura. Sin perder su funcionamiento como escuela. Una de las particularidades de este centro fue el funcionamiento de una sala clandestina de maternidad, donde nacieron al menos 34 bebés de detenidas-desaparecidas. La mayoría fueron posteriormente apropiados.
A partir de 2004 los organismos de derechos humanos realizaron la creación del Espacio para la Memoria y para la Promoción y Defensa de los Derechos Humanos, que se hizo efectiva una vez desocupadas las instalaciones por parte de la Armada, el 20 de noviembre de 2007. El espacio es administrado por un ente público del mismo nombre integrado por el gobierno nacional, el Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires y organismos de Derechos Humanos. En agosto de 2008 la totalidad del predio fue declarado «monumento histórico nacional» por el decreto 1333/2008.

Anulación de  leyes de la impunidad

Ese año, luego de la anulación de las llamadas leyes de la impunidad, los diferentes fiscales involucrados comenzaron con las investigaciones de los hechos, pero las causas que involucraban a los indultos presidenciales se vieron frenadas hasta el año 2006.
En 2005 comenzaron a formularse los pedidos de elevación juicio de las diferentes causas. Los diferentes juicios, que se llevan a cabo desde el año 2007, se realizaron a través de todo el país. Las causas más conocidas son: el Caso Simón, Batallón 601, Von Wernich, Etchecolatz, Centro clandestino ESMA, Primer Cuerpo, Plan Cóndor, Masacre de Margarita Belén, Masacre de Trelew, Tercer Cuerpo y Barreto, Gonçalves y D’Amico (desprendimiento de la causa Riveros).
En 2005 firma un nuevo decreto que reconoce la necesidad de la reparación, y reconocimiento en el caso de las víctimas de la Embajada de Israel. Meses después Kirchner envió proyecto de ley para reparar a familiares de víctimas de la represión policial del 19 y 20 de diciembre de 2001. En el acto correspondiente, pidió este que «se aceleren» los juicios «para todos los que violaron los derechos humanos», y solicitó al Congreso un pronto tratamiento.
A fines de la gestión de Néstor Kirchner había 898 imputados en las investigaciones de causas vinculadas con delitos de lesa humanidad: 350 de ellos se encontraban procesados y 8 habían sido condenados. 

Segunda desaparición Jorge Julio López

Jorge Julio López declaró como testigo en la causa contra Echecolatz el 28 de junio de 2006. Sus hijos, que nunca lo habían oído contar lo que le había sucedido, estuvieron presentes y lloraron. Dos meses y medio después, el 18 de septiembre de 2006 era el día de los alegatos. López había arreglado con su sobrino Hugo Savegnago que lo pasara a buscar por su casa, con el fin de asistir al tribunal. Ese día desapareció por segunda vez.​ Al día siguiente, Etchecolatz fue condenado a cadena perpetua por los delitos de lesa humanidad cometidos contra López y otras personas.
Luego de treinta años del último golpe de Estado, durante la presidencia de Néstor Kirchner, el Congreso de la Nación anuló las leyes de Punto Final y Obediencia Debida. La causa por delitos de lesa humanidad contra Miguel Etchecolatz fue la primera en ser reabierta y Jorge Julio López fue uno de los testigos directos que declaró en el juicio sobre los crímenes que se le imputaban al represor.

El día 18 de septiembre de 2006 ―el día antes de la condena de Etchecolatz― López desapareció sin dejar rastros, en la ciudad de La Plata.10​ Ese día había quedado con su sobrino Hugo Savegnago, para que lo pasara a buscar por su casa en Los Hornos para asistir al tribunal a escuchar los alegatos del juicio contra Etchecolatz. Sin embargo, salió de su casa sin esperar a su sobrino. Caminó varias cuadras y fue visto por varios testigos. La última persona que lo vio fue un vecino suyo, Abel Horacio Ponce, parado en la calle 66, “entre la verdulería y el local de Edelap”
El 24 de octubre de 2014, Etchecolatz y otros catorce represores fueron condenados por delitos cometidos en el centro de detención clandestino de La Cacha. Mientras se leía la sentencia, el fotógrafo Leo Vaca del portal Infojus, tomó varias fotografías a Etchecolatz sosteniendo un papel, donde se leía escrita a mano la siguiente anotación: "Jorge Julio López"

Políticas hacia la mujer

En febrero de 2006, lanzó un programa para evaluar el tema de la trata de personas en Argentina y para preparar un protocolo de atención de mujeres víctimas de violación. En ese mismo marco, se preparó una tarea que incluyera Brigadas especializadas en atacar la prostitución infantil.

Programa "Las Víctimas contra las Violencias"

El objeto del Programa consiste en atención a las víctimas de abusos o malos tratos, causados por ejercicio de violencias cualquiera fuese su naturaleza, en un ámbito de contención, seguridad y garantía de sus derechos. Asimismo el presente objeto incluye la lucha contra el maltrato, explotación y prostitución infantil. El programa tiene como objetivo principal la atención, acompañamiento y asistencia a las víctimas de violencia familiar y sexual. Posicionamiento de las mismas en un lugar activo que implique su decisión de colaborar en tanto responsabilidad ciudadana y tiene los siguientes objetivos específicos:

1. Creación de una Brigada Móvil para la atención y asistencia a víctimas de delitos contra la integridad sexual.
2. Redacción de una nueva Ley Nacional contra la Violencia Familiar.
3. Intervención en la lucha contra la Explotación Sexual Comercial Infantil y redacción de una Ley de Trata de Personas. Creación de la Brigada Niñ@s.
4. Creación de un Brigada Móvil para atención y asistencia a víctimas de violencia familiar en emergencia (calle y domicilio).
5. Redacción de una Ley contra el Tráfico con Niñ@s

Políticas para inmigrantes

El Plan Patria Grande fue un programa de regularización migratoria en Argentina, que entró en vigencia el 17 de abril de 2006, siendo lanzado por el entonces presidente Néstor Kirchner basado en el concepto de la "patria grande". Con el objetivo de reducir la cantidad de personas en situación de irregularidad documental, estuvo destinado a los ciudadanos nativos de países miembros del Mercosur y de los estados asociados al mismo, lo que incluye a Bolivia, Brasil, Colombia, Chile, Ecuador, Paraguay, Perú, Uruguay y Venezuela.​ Hasta agosto de 2010, se habían inscrito en el programa 423.697 inmigrantes. De esa cantidad, 248.144 eran paraguayos, 104.984 bolivianos, 47.455 peruanos, 10.785 uruguayos, 5.349 chilenos, 4.603 brasileños, 1.247 colombianos, 914 ecuatorianos y 216 venezolanos.