Fue uno de los siete hijos de Manuel Namuncurá, un célebre líder del pueblo mapuche que luchó en la batalla del 5 de mayo de 1883 contra las fuerzas del Ejército Argentino comandado por Julio Argentino Roca, y de la cautiva chilena Rosario Burgos.1 Ceferino era nieto del caudillo mapuche Calfucurá.
En 1887, al año de edad, Ceferino se salvó de perecer ahogado en el Río Negro, mientras jugaba en sus orillas. Ese mismo año, el 24 de diciembre, en vísperas de Navidad, fue bautizado por el misionero salesiano padre Domingo Milanesio, un importante cristianizador de los pueblos originarios. A los 11 años le pidió a este salesiano que lo llevara a estudiar para luego regresar y así poder enseñar a los de su pueblo.
Su padre, cacique de la nación mapuche, fue elevado al rango de coronel de la Nación y lo llevó a Buenos Aires, donde fue recibido por el general Luis María Campos, su amigo y entonces ministro de Guerra y Marina.
Ceferino ingresó en los talleres que la Armada tenía en la localidad de Tigre y permaneció allí por tres meses; posteriormente, sin embargo, le pidió a su padre que lo sacara porque no le gustaba ese ambiente ni esa profesión. El coronel Manuel Namuncurá recurrió a su amigo, el Dr. Luis Sáenz Peña, expresidente argentino, quien recomendó a Ceferino a los salesianos. El 20 de septiembre de 1897 Ceferino fue inscrito como alumno estudiante interno.
Paulatinamente, Ceferino se adaptó al ambiente, dedicándose al estudio, aprendió el idioma castellano y el catecismo. El 8 de septiembre de 1898 Ceferino recibió la primera comunión y, el 5 de noviembre de 1899, el sacramento de la confirmación de manos de monseñor Gregorio Romero en la Iglesia Parroquial de San Carlos, donde luego se construyera la actual Basílica María Auxiliadora y San Carlos.
A principios de 1902, su salud se deterioró; por los estudios que le realizaron, se determinó que había contraído tuberculosis. Monseñor Juan Cagliero decidió trasladarlo a Viedma, con la esperanza de que los aires nativos ayudaran a recuperar su salud.
A comienzos de 1903, en el colegio San Francisco de Sales de Viedma, comenzó su estudio secundario como aspirante salesiano. El sacerdote médico Evasio Garrone, junto con el enfermero del hospital, el beato Artémides Zatti, cuidaron de Ceferino. El 19 de julio de 1904, con 17 años, Ceferino fue trasladado a Turín (Italia), por monseñor Cagliero. Los salesianos pensaron que en ese lugar recuperaría la salud y podría continuar sus estudios de sacerdocio.
Estudió en el colegio salesiano de "Villa Sora", en Frascati, Roma. En Turín, el beato Miguel Rúa, el primer sucesor de San Juan Bosco, conversó varias veces por semana con Ceferino.
El 27 de septiembre de 1904, Ceferino visitó al papa Pío X, luego san Pío X, junto con monseñor Cagliero, los sacerdotes José Vespignani y Evasio Garrone y otros salesianos. A Ceferino le encomendaron la tarea de pronunciar un breve discurso y obsequió al pontífice un quillango mapuche. A su vez, Pío X le obsequió la medalla destinada a los príncipes.
En marzo de 1905, la tuberculosis volvió a afectar su salud. Fue internado en el Hospital de los Hermanos de San Juan de Dios, donde fue atendido por el Dr. José Lapponi, médico personal de los papas León XIII y Pío X. El 11 de mayo de ese mismo año, a los 18 años de edad, Ceferino Namuncurá murió acompañado por monseñor Cagliero. Según la mayor parte de sus biógrafos sus últimas palabras fueron:
¡Bendito sea Dios y María Santísima!; basta que pueda salvar mi alma y en los demás que se haga la santa voluntad de Dios.
La oración, sin embargo, aparece recogida en su correspondencia y según algunos autores fue desplazada a ese momento para subrayar su manera piadosa de morir.
Fue enterrado al día siguiente de su fallecimiento en el cementerio popular de Roma, en Campoverano, con la presencia de pocos salesianos y compañeros de estudio bajo el amparo de una cruz de madera con su nombre. En 1924 los restos de Ceferino Namuncurá fueron repatriados por orden del presidente Marcelo T. de Alvear y llevados a la capilla reconstruida del antiguo Fortín Mercedes, situado frente a la vecina localidad de Pedro Luro.
En 1930 el sacerdote Luis J. Pedemonte comenzó a propagar las virtudes y la devoción al «indiecito santo» con lo cual recogió y publicó testimonios de gracias recibidas por aquellos que lo rezaban y lo conocieron. También publica las cartas de Ceferino,7 documentos que sirvieron para conocer el espíritu de este joven mapuche. El 2 de mayo de 1944, se inició la causa de beatificación y el 3 de marzo de 1957 el papa Pío XIIaprobó la introducción de la causa de beatificación de Ceferino Namuncurá. Quince años más tarde, el 22 de junio de 1972, el papa Pablo VI lo declaró venerable, transformándose en el primer argentino que llegó a esa altura de santidad.
La devoción popular a Ceferino Namuncurá se fue difundiendo desde mediados del siglo XX por toda la Argentina. Es así que, a fines de los 1960s, ya era muy común encontrar «estampitas» dedicadas a san Ceferinoen plena ciudad de Buenos Aires,8 de este modo, su foto se hizo tan popular que muchas papeletas de propaganda en las cuales ofrecían, y aún ofrecen, sus servicios los plomeros, albañiles y trabajadores de oficios afines tienen impresas el rostro del beato.
En 1992 sus restos fueron trasladados a una sala contigua del Santuario de María Auxiliadora de Fortín Mercedes, por razones de mayor seguridad.
El 7 de julio de 2007, el papa Benedicto XVI firmó el decreto que declaraba a Ceferino Namuncurá como beato. El pontífice recibió al cardenal José Saraiva Martins, el por entonces prefecto de la Congregación para la Causa de los Santos, y autorizó a la Congregación a promulgar una serie de decretos, entre los cuales el que declara beato al «siervo de Dios Ceferino Namuncurá».
El 11 de noviembre de 2007, el enviado papal, el cardenal Tarcisio Bertone, proclamó beato a Ceferino Namuncurá, ante más de 100 000 personas en una ceremonia de beatificación en Chimpay, Río Negro, ciudad natal del joven salesiano. La fiesta religiosa se fijó para el 26 de agosto, fecha de su nacimiento.
Una junta médica del Vaticano consideró que la curación de Valeria Herrera, una joven madre de la Córdoba, Argentina, de 24 años en el año 2000 y afectada por cáncer de útero, fue un milagro por la intercesión de Ceferino Namuncurá. La mujer llegó a poder concebir con posterioridad. Este fue el antecedente que se tuvo en cuenta para su beatificación.
El día 4 de marzo del año 2008, algunos vecinos de la localidad de El Trébol (provincia de Santa Fe), aseguraron haber visto en un fresno una imagen de Ceferino Namuncurá. Por iniciativa municipal se cercó el lugar y se erigió un improvisado "altar" en homenaje al beato.