Estanislao Severo Zeballos nació en la villa de Rosario el 27 de julio de 1854. Fue el hijo mayor del teniente coronel Estanislao Zeballos y de Felisa Juárez.
Su padre fue ayudante del general Juan Pablo López, herido en 1838 en lucha contra los indios; en 1850, con el grado de mayor, fue capitán del puerto de Rosario y se plegó al avance del Ejército Grande de Justo José de Urquiza en 1851, ascendiendo a teniente coronel. Se desempeñó como Juez de Policía de Rosario en 1853 y efectuó la primera nomenclatura de las calles de la ciudad.
Ambos progenitores estaban emparentados con familias históricas e influyentes de Rosario, lo que facilitó el ascenso profesional, social y político de Estanislao. Su madre provenía del tronco familiar de los López Jordán y Francisco Ramírez, y durante su juventud fueron importantes los vínculos sociales y políticos con el urquicismo, especialmente a través de Martín Ruiz Moreno, abogado del general Urquiza.
En su juventud, mientras acompañaba a su padre cerca de la posta de Arequito, sufrió el ataque de un malón de indios ranqueles, del que lograron salvarse huyendo al galope.
Estudió en la Escuela de Artes y Oficios de su ciudad natal, y por mediación del gobernador mitrista Nicasio Oroño, a los doce años de edad fue becado para proseguir sus estudios iniciados en el Colegio Nacional de Buenos Aires.
Entre 1870 y 1871 la ciudad fue atacada por el flagelo de la fiebre amarilla. Se había constituido una Comisión Popular de Salubridad, presidida por José C. Paz, y Zeballos –entonces estudiante– colaboró como auxiliar de la misma, dando asistencia o trasladando los cadáveres de la tragedia. Zeballos contrajo la enfermedad, aunque salvó su vida.
Estudió en la Universidad de Buenos Aires, cursando en la Facultad de Derecho y en la de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales.
Dirigió la protesta estudiantil de 1871, causada por el suicidio del estudiante Roberto Sánchez, que había sido injustamente reprobado en un examen. La protesta inició importantes cambios en la formación académica de la universidad porteña, primer antecedente de la Reforma del 18.
Fue uno de los fundadores de la "Junta Revolucionaria pro Reforma Universitaria", junto a Pedro N. Arata, Francisco y José Ramos Mejía, Lucio V. López, Juan Carlos Belgrano, José María Cantilo (h), Francisco B. Pico y otros. Zeballos fue elegido secretario de la Junta Directiva, de la que Belgrano fue presidente.
Se graduó en jurisprudencia en 1874, comenzando a ejercer como profesor inmediatamente en el Colegio Nacional. Ese mismo año, José C. Paz lo empleó como cronista del diario La Prensa, al que estuvo ligado toda su vida; llegando a ser su redactor en jefe y director. Cuando el 24 de septiembre de ese mismo año José C. Paz cerró el diario La Prensa para unirse a la revolución mitrista, Zeballos se unió a la misma y fue secretario de campaña de Bartolomé Mitre. La revolución fue vencida en la batalla de La Verde y pasó algún tiempo en prisión.
Sus tres nombramientos como ministro de Relaciones Exteriores y su actuación en Estados Unidos de Norteamérica como representante diplomático, el alcance poco común de sus energías, sus intereses, su talento y la fuerza y el volumen de sus escritos sobre asuntos de interés público provocaron un fuerte impacto en la vida de la nación y en especial en sus aspectos internacionales.En 1877, Zeballos se rehusó a aceptar el plan de conciliación ideado por los lideres políticos, incluidos Mitre y Alsina; y, si bien sólo consiguió el apoyo de unos pocos, en 1879 llegó a ser legislador en la Cámara de Diputados de Buenos Aires.
En 1880 representó a la Capital Federal en el Congreso de la Nación y en 1854 a Santa Fe y nuevamente en 1912-1916.
Durante doce años en la Cámara de Diputados, fue dos veces su presidente; a lo largo de su carrera como legislador, demostró un activo interés por casi todos los temas relacionados con el bienestar y el progreso de la Nación, entre los asuntos que le preocupaban figuraba la reforma de los Códigos de Comercio y de Procedimientos, el desarrollo efectivo de nuevos territorios nacionales y todos los temas relacionados con la economía (la agricultura, los ferrocarriles, los estudios económicos, la política monetaria, el mercado de Carnes).
Zeballos era un importante estanciero y fue presidente de la Sociedad Rural (1888-1894); se ocupó, además, de la legislación sobre ordenamiento sanitario, de la confección de mapas topográficos de la provincia la de La Rioja con el fin de poner de manifiesto su potencial geológico y sus recursos hidrográficos, de la creación de la Universidad Federal de Rosario, del desarrollo y el ordenamiento de la industria vitivinícola, de la construcción de caminos, de la expansión de la flota mercante argentina y de la ley de matrimonio civil, con la que estaba de acuerdo.
Las contribuciones más importantes de Zeballos, como funcionario de gobierno, fueron probablemente en el campo de las relaciones internacionales; renunció al Congreso para aceptar el nombramiento de ministro de Relaciones Exteriores del presidente Juárez Celman en 1889; fue el primer ministro argentino forzado a crear una política nacional con relación a la nueva organización panamericana que el gobierno norteamericano estaba patrocinando.
La posición de Zeballos fue firme: la Argentina iba a cooperar, en lo posible, siempre que el predominio norteamericano sobre la organización no violara la soberanía de las naciones latinoamericanas; se negó a aceptar todo tipo de acuerdo económico hemisférico que obstaculizara los fuertes lazos que unían a la Argentina con Europa; el gobierno de Juárez Celman cayó en 1890 y en octubre de 1891 Zeballos fue ministro de Relaciones Exteriores en el gabinete del presidente Carlos Pellegrini.
Durante la difícil crisis económica que atravesaba el gobierno, Zeballos apoyó las medidas financieras de Pellegrini y, por su relación con Roque Sáenz Peña y con otras figuras políticas, ayudó a que se tuviera fe en la habilidad del nuevo gobierno para mejorar la situación sin necesidad de la intervención extranjera; además, dio instrucciones a los delegados argentinos a la Segunda Conferencia panamericana que tendría lugar en México; de 1893 a 1896, Zeballos fue ministro ante el gobierno norteamericano.
Continuó con la lucha que habían mantenido sus predecesores para conseguir que los Estados Unidos modificaran las tarifas de la importación de lana que tanto habían perjudicado a la Argentina; si bien no tuvo gran éxito, el comercio entre la Argentina y Norteamérica aumentó considerablemente en la década de 1890.
Estando en Washington, Zeballos se vio derrotado con respecto a los limites con el Brasil; los limites entre Brasil y el nordeste argentino no habían sido nunca trazados claramente; en 1889, ambas naciones aprobaron la intervención del presidente de los Estados Unidos como árbitro; poco después, antes de que se pronunciara la decisión, el gobierno imperial de Brasil fue reemplazado por otro republicano y el ministro de Relaciones Exteriores de Brasil y Zeballos llegaron a un acuerdo mediante el cual el área en disputa debería ser dividida entre ellos; el 10 de febrero de 1894, Brasil y Argentina presentaron la causa a Washington; a pesar del gran esfuerzo de Zeballos, el presidente Grover Cleveland otorgó toda el área en disputa a Brasil; el honor argentino se vio herido y Zeballos fue criticado en Buenos Aires.
En 1907 fue designado miembro argentino de la Corte Permanente de Arbitraje de La Haya; en 1907-1908 fue ministro de Relaciones Exteriores del presidente Figueroa Alcorta; en 1910 se lo nombró delegado al Cuarto Congreso Panamericano en Buenos Aires en el centenario de la Revolución de Mayo.
Con excepción de su último período en el Congreso, Zeballos dejó de ser funcionario del Estado; se dedicó a la enseñanza de derecho en la Universidad de Buenos Aires (1912-1918) y a escribir; su influencia continuó siendo grande a través de su trabajo de redacción en La Prensa y en su propia Revista de Derecho, Historia y Letras ya que era considerada una autoridad en las relaciones exteriores; en 1913, criticó la intención manifiesta del presidente Woodrow Wilson de hacer de los Estados Unidos el juez de la constitucionalidad de regímenes políticos en Latinoamérica; ese mismo año, sin embargo, presidió ceremonias que tuvieron lugar en Buenos Aires en las cuales la Universidad otorgó un cargo honorífico a Theodore Roosevelt que estaba de visita; elogió al Presidente norteamericano por su corolario a la Doctrina Monroe, limitándola principio al área del Caribe y consideró a esto un reconocimiento al hecho de la Argentina había alcanzado un grado de civilización tal que ya no era necesaria la protección de la Doctrina Monroe, pero agradeció a los Estados Unidos por haber ayudado otrora.
En 1917, Zeballos apoyó con firmeza la política de Yrigoyen de mantenerse neutral en la Guerra Mundial; una vez terminada la guerra, hubo un resurgimiento del latinoamericanismo animado por el nuevo programa americano de los Estados Unidos, tal como lo expresan Charles Evans Hughes y Sumner Welles.
En el ocaso de su vida Zeballos volvió a oponerse, la pluma, al predominio norteamericano; murió en Liverpool, el 5 de noviembre de 1923; a un mes de su muerte, Rodolfo Rivarola pronunció su panegírico en Buenos Aires. Zeballos fue escritor toda su vida; colaboró en varios diarios y revistas; su obra periodística más importante fue escrita para El Nacional, del cual fue fundador, y para La Prensa, al que estuvo vinculado muchos años.
Publicó sobre varios temas, como por ejemplo: Zálida (novela), Viaje al país de los Araucanos (diario de viajes), El escudo y los colores nacionales (historia), Misiones, Justicia internacional positiva (derecho), etc. Su Revista de Derecho, Historia y Letras (1898-1923) constituye un monumento a su persona; sus setenta y seis volúmenes (1898-1923), que contienen ensayos serios de interés académico o público escritos por Zeballos.