Avance paraguayo y fracaso de Paunero

El 4 de mayo desembarcó en Bella Vista una agrupación de 850 hombres de la guarnición de Buenos Aires, para cumplir una misión de protección de la concentración del ejército argentino en Goya; la tercera división de la escuadra brasileña estaba allí. 

Paunero llevaba además instrucciones para organizar un ejército en Corrientes, sobre la base de las tropas de línea que llevaba desde Buenos Aires y de las que le enviarían en lo sucesivo; conducía armamento para equipar a 2.000 hombres, entre otros 800 fusiles fulminantes y si el enemigo continuaba el avance, Paunero se subordinaría al general Urquiza, a quien le había comunicado en carta del 21 de abril: "En cumplimiento de un artículo de mis instrucciones, que me ordena ponerme de acuerdo con usted, le daré aviso del camino de las operaciones que emprenda. . ., siendo mi principal misión proteger la provincia de Corrientes y hostilizar al enemigo en cuanto sea posible".

Paunero decide marchar al norte, pero unos días después cambia de rumbo al ver que la vanguardia enemiga se retira de Empedrado en dirección al Riachuelo; embarcando a  sus tropas en la escuadra brasileña para llegar cuanto antes a situarse frente al enemigo, estando a bordo  es informado de que la vanguardia brasileña vuelve nuevamente hacia el sur. 

Robles se había puesto en marcha para Empedrado con 16.000 hombres y 19 piezas de artillería; su vanguardia rechazó fácilmente a los guardias nacionales correntinos. 

En vista de esa nueva situación, retrocede Paunero a Bella Vista en los buques de la escuadra y desembarca el 16 de mayo en Rincón de Soto, al norte de Goya, donde recibe refuerzos de infantería y artillería de Buenos Aires; dispone así de unos 1.200 infantes, alguna caballería y 12 cañones. 

Robles continuó su avance y el 20 de mayo llegó a Bella Vista en marcha hacia Goya. 

El mismo día, después de dejar los paraguayos la ciudad, desembarcó en ella Paunero, embarcado el día anterior en Rincón de Soto, después de planear con Cáceres un ataque combinado sobre Corrientes, base de las operaciones de los paraguayos. En Bella Vista se reunieron la segunda y tercera divisiones navales brasileñas, quedando ambas bajo el mando del vicealmirante Barroso.

Intentaba el jefe argentino obligar a Robles a paralizar su marcha hacia el sur y para ello se proponía amenazar su espalda y cortar sus comunicaciones; Nicanor Cáceres avanzaría por el flanco izquierdo y por la retaguardia de la columna paraguaya con parte de sus milicianos, sin comprometerse en acciones formales.

Paunero se dirigió por agua hasta la capital de la provincia, guarnecida por dos batallones paraguayos, unos 1.600 hombres, y tres piezas de artillería al mando del mayor Martínez.

El 25 de mayo por la tarde se inició el desembarque de las tropas de Paunero en el lugar denominado La Batería, al noroeste de la ciudad con una fuerza militar de 725 hombres, al mando del general Wenceslao Paunero. Los cuatro batallones estaban comandados por Juan Bautista Charlone, Ignacio Rivas, Adolfo Orma y Manuel Rosetti; también formaba parte de la división un escuadrón de artillería.

El batallón de Charlone atacó sin esperar la llegada de sus compañeros, y se interpuso entre la flota y los defensores paraguayos, impidiendo el uso de la artillería. Cuando los demás batallones desembarcaron, los argentinos avanzaron hacia la ciudad, luchando casa por casa y calle por calle. Tras una durísima lucha, los paraguayos fueron derrotados y expulsados de la ciudad con unos 400 muertos; los argentinos tuvieron 62 muertos, y decenas de heridos.3​

Los paraguayos — comandados por el mayor José del Rosario Martínez — se retiraron hacia Empedrado, reorganizándose y recibiendo a cada momento nuevos contingentes. Una poderosa división avanzaba también desde Paso de la Patria en dirección a la capital. Por otro lado, el general Cáceres se negó a avanzar en apoyo de los reconquistadores, a pesar de la insistencia del general Manuel Hornos, que se había incorporado a sus fuerzas con algunos hombres de caballería. Si bien esta decisión dificultó la resistencia de los hombres de Paunero frente al esperado contraataque, su permanencia en el sur de la provincia evitó que la división paraguaya que había ocupado Goya y Santa Lucía pudiera avanzar hacia el este, a apoyar a las columnas del río Uruguay.

Sin aviso previo, y sin haber hecho ningún uso de las ventajas de su posición militar, Paunero reembarcó toda su tropa en la madrugada del día 27 y abandonó la ciudad. Sólo a pedido del gobernador Lagraña y del general Hornos, Paunero accedió a desembarcar en el extremo sur de la provincia, en el pueblo de Esquina.