Como habían fracasado los intentos paraguayos sobre el ala derecha de los aliados, el mariscal López llevó la ofensiva sobre el ala izquierda, cuyos bosques próximos no estaban vigilados, y esa circunstancia le permitió establecer fortificaciones avanzadas que cerraban el boquerón norte con una trinchera. Otra trinchera cerraba el boquerón al sur de la isla o bosque Carapá, pero el 16 de julio esta última no estaba terminada.
El 15 de agosto en los mandos aliados se produjo un cambio el mariscal Osorio, muy querido y respetado, entregó el mando de sus tropas al mariscal de campo Polidoro Fonseca Quintanilla Jordáo y efectuado ese cam¬bio se decidió desalojar a los paraguayos del boquerón norte.
Los días 16 y 17 de julio de 1866, tropas paraguayas lideradas por el coronel Elizardo Aquino se enfrentaron en escaramuzas en los montes y esteros de Punta julio Ñaró y Boquerón del Sauce a los ejércitos de la Triple Alianza. Varias bajas por ambos bandos se dieron en las grescas.
El 16 de Bartolomé Mitre, comandante en jefe de las tropas aliadas, ordenó atacar a la plaza fuerte enemiga que se hallaba atrincherada en la zona y encomendó al experimentado mercenario español León de Palleja para derrotar a las defensas paraguayas. La orden de Mitre era de «tomar a toda costa las baterías del enemigo».
Fotografía del mercenario español José Pons Ojeda (que se hacía llamar «León de Palleja»), segundo al mando de las tropas del uruguayo Venancio Flores
Las tropas de la alianza estaban compuestas casi en su totalidad, en esta acción, por los uruguayos leales a Venancio Flores y las tropas mercenarias de Palleja. Unos batallones brasileños y argentinos se acoplaron a la operación, por orden de Mitre y avanzaron hasta el frente. 6 El plan de Palleja era atrevido pero factible: las tropas brasileñas y argentinas avanzarían frontalmente para retener al enemigo en su trinchera, mientras los uruguayos rodearían la posición por el flanco más débil lanzando una carga sorpresa a la bayoneta. Los defensores guaraníes eran ligeramente superiores en número, pero el ataque era atrevido y prometedor.
Sin embargo, Elizardo Aquino, quien era conocido como el «León de la Vanguardia» por su osadía y por encontrarse siempre «muy al frente de sus tropas» se percató del plan de los aliados e hizo apuntar todos los cañones, sin cambiarlos de posición, hacia el «flanco débil» paraguayo en dirección oeste, cruzando de lado a lado en complicados tiros el frente de batalla.
La trinchera del batallón sur fue ocupada por un batallón brasileño al mando del brigadier Souza; pero los contraataques paraguayos paralizaron la persecución hecha por los brasileños antes de llegar al final del boquerón. La trinchera inconclusa quedó en poder de Souza y los ensayos para avanzar más allá fueron contenidos por los paraguayos, que opusieron una resistencia encarnizada y diezmaron varias unidades aliadas.
Fotografía del entonces coronel Elizardo Aquino, «León de la Vanguardia» de los paraguayos.
Se reanudó el combate el 18 de julio, esta vez por la trinchera de Punta Naró, que tenía más importancia militar que la del boquerón sur. Desde la isla Carapá avanzaron varias unidades argentinas hacia Punta Naró; los paraguayos fueron replegándose hasta la trinchera de Sauce, en el fondo del boquerón norte. La trinchera había sido construida con troncos y tierra y un foso, y fue provista de artillería liviana y pesada. El general Flores, que había vencido fácilmente en Punta Naró, ordenó al coronel Palleja que atacase la posición fortificada. Los atacantes llegaron a la trinchera, pero fueron contenidos por el foso y esperaron la llegada de tropas de ingenieros para cegarlo y abrir una brecha en el parapeto enemigo, por el que luego entraron. Llegaron oportunamente refuerzos a los paraguayos y reconquistaron la trinchera; en la acción murió el coronel Palleja; los atacantes, no habiendo recibido refuerzos, se retiraron por el boquerón perseguidos por los paraguayos; pero atacados éstos por contingentes procedentes de Carapá, tuvieron que refugiarse otra vez en la posición de Sauce. La jornada del 18 de julio terminó con un considerable saldo de bajas. Menna Barreto, que operó en el potrero de Pins, no tuvo tampoco éxito.
Aunque los efectivos comprometidos en las operaciones fueron reducidos, las bajas totales de los aliados fueron superiores a las de la batalla de Tuyutí con todos los combatientes en acción. Sumadas las bajas del día a las del 18 de julio, dieron cerca de 5.000; las pérdidas paraguayas no han debido bajar de 2.500 en los combates de Boquerón y Sauce.
El 18 de julio de 1866, habiendo dejado 30 kilómteros sur el caudaloso río Paraná, efectivos del Ejército Aliado, avanzaron hacia el Norte, por el camino de la margen oriental del río Paraguay, en busca del enemigo, con la intención de desalojarlo de sus posiciones, en el Boquerón del Sauce, donde se hallaban fuertemente atrincherados. Las vanguardia del Ejército Paraguayo, al mando del Mariscal Solano López, para llegar a ese lugar, se había internado por sinuosos senderos selváticos que sólo ellos conocían, confluyendo hacia un punto de emboscada donde el camino torcía al Este conformando un “boquerón” (una abertura grande en la espesura del monte), vía que tenía unos cuarenta metros de ancho, encajonada entre muros de árboles enmarañados que le daban un aspecto sombrío y premonitorio de desastre. Allí esperaban a los aliados protegidos por un foso en una trinchera resguardada con un alto parapeto y defendida por un gran número de fusileros paraguayos, que contaban además, con el apoyo de 3 piezas de su Artillería.
Los aliados procuraron proteger su frente oeste después de las operaciones sangrientas« de Boquerón y Sauce realizando obras de defensa en todos los caminos y huellas que podían servir para avances y sorpresas desde las posiciones enemigas. Y el mariscal López hizo pro-longar las fortificaciones hasta la gran laguna de Chichi, acumuló efectivos y elementos de guerra en los pasos obligados del Estero Bellaco y proporcionó más artillería a Curupaytí. En Curuzú estableció una posición fortificada con 2.500 hombres y 12 cañones, dos kilómetros y medio al sur de Curupaytí.
A mediados de agosto reiteró el general Mitre un plan que ya había presentado en mayo; consistía en un movimiento envolvente del ala izquierda de la posición enemiga, la única operación que podía dar a los aliados un resultado decisivo, sin exponerse a una contramaniobra del adversario sobre el flanco de las fuerzas comprometidas en el movimiento. Asistieron a la junta de guerra el mariscal Polidoro, el general Flores, el almirante Ta-mandaré y el barón de Porto Alegre. Todos estuvieron de acuerdo menos el almirante, que mantuvo la conveniencia de una campaña mixta a lo largo de la costa del Paraguay, a fin de apoderarse de Curuzú y Curupaytí, para lo cual pedía 6.000 hombres y 8 días.
Mitre escribió en su memoria sobre el plan de operaciones relativo al paso de Humaitá:
"Aunque cuando esta operación no entraba en mi plan, la acepté como auxiliar, le di 8.000 hombres al almirante, en vez de 6.000 que pedía, y le dije que podía disponer, para el efecto, de toda la columna del Alto Paraná (la del barón de Porto Alegre), y además le di quince días en vez de los ocho que pedía, pues antes de aquel término no estarían completados los medios de movilidad que estábamos recibiendo."
De tener éxito en esa operación, se abrirían posibilidades de acción al oeste de la posición de Estero Bellaco. Tomó el mando de las operaciones terrestres el barón de Porto Alegre, con el segundo cuerpo de ejército brasileño que se hallaba en Itapirú; sus efectivos sumaban 8.300 hombres, de ellos .4.500 infantes. La escuadra remontó el río, reforzada con dos acorazados, el Río de Janeiro y el Lima Barrios, y dos cañoneras.
Los acorazados abrieron el fuego sobre Curuzú y silenciaron a las cuatro horas la artillería paraguaya; entonces desembarcaron dos batallones brasileños y se posesionaron de la orilla para llamar la atención del enemigo desde allí. El 2 de setiembre la escuadra se encontraba frente al Palmar, lugar elegido para el desembarco. El fuego de las cañoneras hizo retirar a un destacamento paraguayo que defendía el lugar y que incendió el bosque tras él. La escuadra bombardeó intensamente Curuzú y Curupayti ese día, pero el acorazado Río de Janeiro chocó contra un torpedo flotante y se fue a pique inmediatamente; otros dos barcos menores sufrieron grandes averías.
La posición de Curuzú se extendía desde el río hasta una laguna y contaba con tres batallones y trece piezas de artillería con abundante número de fusiles.
Después de Curuzú, el barón de Porto Alegre adelantó sus avanzadas hacia Curupaytí y fortificó el campo de Curuzú, en previsión de un contraataque paraguayo para recuperar la posición. Para cooperar en un ataque a Curupaytí, prometido para el 4 de setiembre, que no se realizó, Mitre hizo una demostración contra el ala izquierda de las posiciones paraguayas por Yataytí-Corá, con toda la caballería aliada a las órdenes de Flores y algunos batallones argentinos a las órdenes de Rivas.
El reconocimiento hecho por el general Flores con las agrupaciones de Hornos y Cáceres en setiembre sobre la izquierda de la posición paraguaya en Estero Bellaco Norte o Rojas, dio suficientes elementos de juicio para elaborar el siguiente plan de operaciones:
1) Se formaría sobre el río Paraguay: sobre la base del cuerpo de ejército del barón de Porto Alegre, un ejército de 18.000 a 20.000 hombres para atacar a Curupaytí en combinación con la escuadra y amenazar después la retaguardia de las fuerzas principales enemigas de las líneas de Estero Bellaco Norte o Rojas.
2)Se movilizaría toda la caballería a las órdenes del general Flores para que, rodeando por la izquierda la posición enemiga, avanzase hasta donde le fuese posible para reunirse con las tropas de Curuzú.
3) Se mantendría mientras tanto en el campo de Tuyutí la defensiva con su guarnición de 20.000 hombres, pudiendo luego esas fuerzas concurrir a operar por la derecha o por el frente de las líneas fortificadas enemigas.
4) El mariscal López, después de la pérdida de Curuzú, se dedicó a fortificar Curupaytí con diversas obras, entre ellas una nueva trinchera de 500 metros y algunos fosos en lagunas que no eran bastante profundas para impedir el paso de las tropas. Y al mismo tiempo invitó a Mitre a una conferencia, que se celebró en Yataytí-Corá, para tratar de las posibilidades de paz.
Soldados uruguayos arrastran a su jefe, el mercenario español José Pons de Ojeda ―que se hacía llamar León de Palleja―, caído en la batalla de Boquerón.