José Manuel Estrada nació el 13 de julio de 1842 y fue bautizado con el nombre de su padre. Al morir su madre Rosario Perichón en 1851, quedando junto a sus hermanos a cargo de su abuela, Carmen de Liniers, hija del conde de Buenos Aires.
Su primer maestro fue Manuel Pintos, y su educación formal la desarrolló en el Colegio de San Francisco, donde aprendió filosofía, teología, religión y humanidades. A través de esta enseñanza, Estrada se formó como un férreo católico, al punto que sería la defensa de este dogma la que lo llevaría a destacar como político.
En 1858, cuando finalizó con sus estudios primarios, recibió un premio en el concurso de historia del Liceo Literario, por su obra relativa al descubrimiento de América.
Este estímulo fue suficiente para que orientara su formación autodidacta a los asuntos históricos, que a la postre lo convertiría en uno de los más destacados historiadores argentinos.
Por esa época, además, Estrada comienza su actividad como periodista, como redactor de La Guirnalda, Las Novedades y La Paz.
En 1859 publicó Signum Foederis - efectos sociales y religiosos de la armonía, obra en la que Estrada, con 17 años, urgía al Estado de Buenos Aires a unirse a la Confederación Argentina para restablecer la armonía nacional.En octubre de 1865 el director de Escuelas de la Provincia de Buenos Aires, Luis José de la Peña, lo convocó para dictar un curso de Historia argentina en la nueva Escuela Normal de Profesores que funcionaba en una habitación de la Escuela de Catedral al Norte.
Estrada diseñó un curso de 30 lecciones en dos conferencias nocturnas públicas por semana: inmediatamente captó el interés de los vecinos ilustrados ya que en ese momento no era común que se estudiara la Historia del país.
En 1868, dado el éxito de sus cursos, publicó el libro Lecciones de Historia argentina, en el que se incluyen 21 de las 30 lecciones, desde la conquista hasta el gobierno de Rosas: más de la mitad de ellas tratan el período anterior a la Revolución de Mayo.
El presidente Domingo Faustino Sarmiento tenía aprecio por Estrada, aún cuando discreparan en algunos aspectos ideológicos: «del joven Estrada he gustado mucho de sus lecturas sobre historia».
Por eso, cuando en 1869 el presidente fundó una cátedra de Instrucción Cívica en el Colegio Nacional de Buenos Aires, lo designó titular.
En ese año también Emilio Castro, gobernador de Buenos Aires, lo designó jefe del Departamento de Escuelas, cargo que antes había tenido el renunciante Luis José de la Peña y que Estrada ocuparía hasta 1870.
En esa época los maestros no tenían título ni se los evaluaba: Estrada organizó un ciclo de conferencias y cursos para su desarrollo profesional y propuso remover a quienes fueran menos competentes o tuvieran un injustificado ausentismo. El gobernador puso en práctica estas reformas de manera parcial, por lo que Estrada renunció al año siguiente.
Comenzó su actividad política en 1871 cuando fue electo para la convención constituyente de la Provincia de Buenos Aires por la Quinta Sección de Campaña, que comprendía los partidos de Luján, Mercedes y Chivilcoy. La constitución provincial se había escrito en 1854 cuando todavía estaba separada del resto de la Confederación, y debía adecuarse al nuevo contexto. encargado de redactar y sancionar la Constitución provincial de 1874.
Estrada hizo su aporte en la regulación del derecho de enseñar, favoreciendo una redacción del artículo 33 que permitiese el funcionamiento de universidades con la facultad de otorgar grados académicos y poseer bienes.
Además defendió el sistema electivo proporcional, pero no logró que se impusiera el voto secreto.
En ese mismo año también publicó un artículo titulado La Iglesia y el Estado, que recibiría críticas por parte de otros católicos, notablemente Félix Frías y Fray Mamerto Esquiú. Ese fue el período más liberal de Estrada, en el que sostuvo la tesis de Montalambert: «Iglesia libre en el Estado libre».
En 1873, fue elegido diputado por Buenos Aires. En ese año, además, fundó el periódico El Argentino, en el que publicaría varios estudios históricos.
En 1874, Estrada se hizo cargo de la Dirección de Escuelas Normales, y del Decanato de la recién creada Facultad de Filosofía y Letras de la Universidad de Buenos Aires. Es de destacar este altísimo honor, teniendo en cuenta que Estrada no tenía título profesional alguno, pese a ser un intelectual de primer orden dentro del panorama del pensamiento argentino de la época.
Dictó, también, clases de Derecho Constitucional y Administrativo en la Facultad de Derecho. Algunos de estos cursos, sobre el sistema federal argentino, el régimen municipal o la libertad de sufragio, fueron magistrales. Las versiones taquigráficas de dichas clases fueron posteriormente compiladas en la obra Curso de Derecho Constitucional.
En 1874 fue nombrado jefe de la Dirección General de Escuelas Normales, y en 1875, aunque no contaba con un título universitario, a pedido del presidente Nicolás Avellaneda tomó la cátedra de Derecho constitucional y administrativo en la Facultad de Derecho de la Universidad de Buenos Aires que había quedado vacante tras la muerte de Florentino González.26 Estrada puso mucho empeño en su labor docente y escribió una serie de artículos sobre la materia, dado que no había manuales y se usaban libros de derecho estadounidense. Se destacan su artículos Sufragio y Representación de las minorías.21
Estrada aceptó el ofrecimiento del presidente Avellaneda de ocupar el cargo de rector del Colegio Nacional de Buenos Aires como sucesor de Alfredo Cosson, y fue designado el 16 de julio de 1876.27 Como rector emprendió una serie de reformas en el currículo: agregó temas de Historia argentina para hacer brotar en los alumnos un sentimiento de sano patriotismo, e incorporó el estudio de las instituciones del federalismo. Además impulsó un aumento en el salario de los profesores, ya que «la vocación del profesor no se confunde con la del mártir, ni con la del penitente».2829 Entre sus muchos discursos —que mostraron su capacidad docente y su oratoria engalanada y apasionada— se conservan aquellos que tuvieron por audiencia a los alumnos del Colegio Nacional, entre ellos, el efectuado con motivo de la muerte del exgobernador Juan Manuel de Rosas, a quien presentó como «dos hombres: el caudillo y el tirano».
Entre fines de la década de 1870 e inicios de la de 1880, Estrada cambió radicalmente su relación con el liberalismo: manteniendo las ideas de la libertad individual y la democracia, rechazó de plano el nombre de liberal, ya que consideraba que el liberalismo político estaba intrínsecamente unido al relativismo moral y al laicismo.
En 1880 decidió volver a editar la Revista Argentina, que había desaparecido en 1872. En su primer número, la nota editorial afirmó que la revista «será cristiana», y el lema elegido para la publicación era la frase de San Pablo: instaurare omnia in Christo (Efesios 1:10).
Fue especialmente importante su actuación en el Congreso Pedagógico de 1882 donde sostuvo que la escuela pública común debía ser católica, manteniendo un duro debate con Leandro N. Alem. La masonería proponía una prohibición de las escuelas religiosas, y la estricta laicidad de todas las escuelas del país.
En ese momento, en un sistema que no generaba controversias, se exceptuaba de la enseñanza religiosa en las escuelas públicas a los alumnos cuyos padres así lo solicitaran.
El 1 de agosto de ese año se fundó el diario La Unión con la colaboración, entre otras personalidades, de Estrada y de su hermano Santiago. Este diario se publicaría durante ocho años y tenía por objetivo mitigar la ausencia de periódicos de tendencia no liberal.
En 1883 se fundó La Asociación Católica, que presidió Estrada y en cuya dirigencia participaron: Tristán Achával Rodríguez, Miguel Navarro Viola, Emilio Lamarca, Apolinario Casabal, Pedro Goyena, Tomás de Anchorena, y Enrique Lezica, entre otros.
La Asociación buscó impactar en el debate público acerca de la laicidad o catolicidad de la enseñanza. Un año más tarde, tras una concurrida Asamblea de Católicos, la Asociación transmutaría en un partido político, Unión Católica, con el que Estrada sería electo diputado nacional.
En julio de ese año el presidente Julio Argentino Roca y su ministro de educación Eduardo Wilde relevaron a Estrada por Amancio Alcorta en el rectorado del Colegio Nacional, antecedente de la escalada de hechos que enfrentaría al gobierno con la Iglesia católica al año siguiente.
A principios de 1884, el gobierno contrató a un grupo de maestras norteamericanas seleccionadas especialmente para que fueran de religión protestante y las destinó a la nueva Escuela Normal de Córdoba.
El sacerdote vicario de la diócesis, Gerónimo Clara, instó a los católicos a que no mandaran sus hijos a esa escuela, y el gobierno contestó acusándolo de desestabilizador y subversivo.
Un grupo de católicos, entre ellos tres profesores universitarios, firmó un manifiesto en defensa del religioso y por esta razón los profesores fueron dejados cesantes de sus cátedras. Estrada y otras personalidades intercedieron por esos profesores ante el gobierno nacional, y así también un decreto presidencial expulsó a Estrada de su cátedra de Derecho constitucional y administrativo en la Universidad de Buenos Aires.
Además se expulsó al nuncio apostólico, y se intervino las diócesis de Salta, Jujuy y Santiago del Estero.
Fue entonces cuando, ante los numerosos alumnos que acudieron a su domicilio para desagraviarlo, Estrada pronunció uno de sus discursos más famosos, en el que aludió a Julio A. Roca y sus colaboradores:
Recibí la misión de enseñaros el Derecho. Gobernantes abortados de los campamentos y de la descomposición de las oligarquías, no son jueces de mi enseñanza; pero la sociedad entera es testigo de lo que ahora os enseño: a ejercerlo sin mirar a los que fraguan despotismos desde arriba, derribando la justicia, y desde abajo, acomodando el cuello para recibir el yugo [...]
En 1886 fue electo diputado por la Unión Católica, junto a Pedro Goyena y desde su banca trató de impedir que el gobierno nacional asignara tierras sobre el canal del Beagle a un súbdito de la corona británica, cosa que fue aprobada y llevó a la fundación de la ciudad de Ushuaia.
En diciembre de ese año la provincia de Tucumán había elegido de gobernador a Juan Posse, que no era partidario del presidente Juárez Celman.
Por este motivo se organizó una columna armada que partió de Córdoba y ocupó el cabildo provincial. El congreso nacional, en vez de mandar que se restituyera en el poder a las autoridades legales, ordenó la intervención federal de la provincia, designando interventor al oficialista Salustiano Zavalía.
A estos manejos se opuso Estrada, aunque sin resultados positivos como también se opuso y representó la opinión del pensamiento católico, contra la ley de matrimonio civil sancionada en 1888 y adjetivada como una intromisión del estado en un rol social que no le corresponde.
Además se opuso a la Ley de enseñanza 1420 porque estableció la escuela laica.
Pese a toda su oposición y lucha, no pudo evitar que se promulgaran las leyes de educación laica, el matrimonio civil y el pase del Registro civil a manos del Estado.
En 1890, terminado ya su mandato como diputado, fue uno de los oradores en el célebre mitin del 13 de abril en el Frontón Buenos Aires donde se fundó la Unión Cívica de la Juventud, que se transformaría en la Unión Cívica Radical.54
El día del acto, a la noche, Estrada sufrió un desmayo y vómitos, lo cual preocupó a sus médicos, quienes le recomendaron un tiempo de reposo. Desde entonces su participación en la vida política y periodística fue disminuyendo: la Unión Cívica llevó a cabo una revolución en julio de 1890, pero Estrada fue totalmente ajeno a los hechos porque se encontraba en la ciudad de Rosario de la Frontera reponiendo su estado físico.
En octubre de 1893 el presidente electo Luis Sáenz Peña lo llamó para ocupar un lugar en su gabinete, pero Estrada rechazó el ofrecimiento. En cambio, aceptó ser designado ministro plenipotenciario ante el gobierno de Paraguay, donde pensaba encontrar un clima más adecuado para su salud.
En ese país era ministro de Relaciones Exteriores un ex alumno suyo: Venancio López, lo cual facilitó su trabajo. La salud de Estrada no mejoró, y murió en la tarde del 17 de septiembre de 1894.
Sus restos llegaron a Buenos Aires a bordo de la fragata La Argentina. Por disposición presidencial fue velado en la Catedral Metropolitana con los honores de un general de división; y el canónigo Juan Nepomuceno Terrero, muy amigo de Estrada, pronunció la oración fúnebre. A su funeral asistieron miles de personas, incluyendo el presidente Luis Sáenz Peña.
Sus restos descansan en el cementerio de la Recoleta.
El sepulcro fue declarado monumento histórico por decreto 12806 del 2 de octubre de 1946, e identificado con el número 419.
En conmemoración de su muerte el día 17 de septiembre en la República Argentina se conmemora el día del Profesor.