Nació en mayo de 1787 en la Villa Matará (no confundir con la moderna Matará), antiguo pueblo de indios sometidos y baluarte de defensa contra los indios del Chaco. Hijo del estanciero y militar santiagueño Felipe Matías Ibarra y Argañarás y de María Antonia de Paz y Figueroa Luna, estudió su bachillerato en artes en el Colegio de Monserrat de la ciudad de Córdoba.
A fines de 1810, después de la Revolución de Mayo, se incorporó al ejército que hizo la 1.ª expedición al Alto Perú. Luchó en la batalla de Huaqui en el regimiento a órdenes de Juan José Viamonte y después en las batallas de Las Piedras (donde fue ascendido a Capitán), Tucumán (después de la cual fue ascendido a Sargento Mayor) y Salta. Hizo también la 3.ª campaña al Alto Perú, luchando en el desastre de Sipe Sipe.
A fines de 1816, el brigadier Manuel Belgrano lo nombró, ya con el grado de Teniente Coronel, comandante del Fuerte de Abipones, en el sudeste de su provincia natal, eje de la defensa contra el ataque de los indios chaqueños. Allí adquirió prestigio entre los soldados, los gauchos y los hacendados de su provincia; no participó en ninguna de las dos revoluciones autonomistas dirigidas por el teniente coronel Juan Francisco Borges.
Se reincorporó al Ejército del Norte poco antes del motín de Arequito, del cual no participó, pero apoyó al cabecilla del movimiento, coronel mayor Bustos en su retroceso a Córdoba. De allí regresó al fuerte de Abipones, apoyado por un refuerzo enviado por el caudillo y gobernador santafesino, teniente coronel Estanislao López.
Para ese momento, la República de Tucumán (que entonces incluía Tucumán, Catamarca y Santiago del Estero) se había pronunciado por el federalismo, bajo el mando del gobernador, coronel Bernabé Aráoz, el cual confirmó a Ibarra como comandante del fuerte de Abipones con el grado de coronel. Pero como Aráoz condenó a Santiago a un papel secundario, los partidarios de la autonomía provincial llamaron en su ayuda a Ibarra, que ocupó la capital. A falta de otro mejor, la flamante legislatura lo nombró gobernador de la provincia el 31 de marzo de 1820 y lo ascendió a coronel mayor, grado equivalente al de general. Todos los políticos con experiencia de la ciudad creyeron que lo iban a poder controlar, pero terminó siendo su jefe y los sobrevivió a todos.
Inicialmente, Aráoz busco una alianza con Bustos, gobernador de Córdoba, para deponer a Ibarra, pero fallo.
Al comenzar 1821, empezó a conspirar con el capitán de milicias Celedonio Alderete y al comandante López para que acordaran con Gregorio Iramain deponer al santiagueño. Las conversaciones se realizaron en Ardiles, en el hogar de Juan Nepomuceno Paz, pero fueron descubiertos por Juan Ermenegildo Vargas y denunciados el 16 de enero. Ibarra rápidamente puso fin a la intentona.
Después de esto, Aráoz invadió abiertamente Santiago; Ibarra pidió ayuda al coronel mayor Martín Miguel de Güemes. En consecuencia, el salteño invadió Catamarca, obligando a su rival tucumano a retirarse. Tras esto, casi la mitad del Ejército del Norte, dirigido por Alejandro Heredia, y las milicias santiagueñas, bajo el mando personal de su caudillo, se unieron e invadieron Tucumán. Poco después se les sumaban los salteños, sumando 3.000 combatientes. En el Rincón de Marlopa, el 3 de abril, fueron vencidos por el coronel Abraham González y forzados a firmar el Tratado de Vinará el 5 de junio, en el que Aráoz reconocía la autonomía de la provincia de Santiago.
Formó una división que puso al mando del coronel José María Paz, destinada a formar parte de la expedición al Alto Perú que había proyectado Güemes, pero ésta sólo se haría cuatro años más tarde y sería inútil. Más tarde aún, esas mismas tropas participarían en la guerra contra el Imperio de Brasil.
El suyo no fue un gobierno "ilustrado": es decir, no fomentó la educación, ni el comercio, ni las instituciones públicas, ni hizo casi obra pública. Se limitó a administrar lo que tenía, defender a la provincia de sus enemigos (sobre todo de los indios chaqueños), mantener los caminos y poco más. Sólo alcanzó a fundar una escuela en la capital.
Envió sus diputados al Congreso Nacional reunido en Buenos Aires: eran los más destacados juristas y burócratas de Santiago; cuando éstos se unieron al partido unitario de Rivadavia, eligió a otros cuatro, entre ellos, al coronel porteño Manuel Dorrego, que lideraría las posturas federales en el Congreso. Cuando, de todos modos, ese congreso sancionó una constitución unitaria, la rechazó.
En 1825, el coronel Gregorio Aráoz de Lamadrid (enviado por orden de Rivadavia al interior para levantar un nuevo contingente de tropas para la guerra de Brasil) ocupó por la fuerza el gobierno tucumano (también de tendencia unitaria) e invadió Catamarca para colocar en el gobierno un gobernador unitario. El caudillo y comandante riojano Facundo Quiroga llamó en su ayuda a Ibarra. Pero justamente por eso, el gobernador salteño, coronel mayor Juan Antonio Álvarez de Arenales mandó un ejército a invadir por el norte a Santiago. Ibarra aplicó una estrategia que repetiría varias veces, siempre con éxito: evacuó la capital y el campo circundante y cerró los accesos de agua a la ciudad, mientras realizaba una guerra de guerrillas contra el invasor, que tuvo que retirarse.
El coronel salteño Francisco Bedoya salió de San Miguel de Tucumán el 5 de diciembre de 1826 con 3.000 soldados, el día 31 ocupó Santiago del Estero, pero Ibarra enveneno los pozos alrededor, quemo las cosechas y destruyó el forraje, forzándole a retirarse cinco días más tarde.
Quiroga de todos modos atacó a Lamadrid y lo derrotó, pero retrocedió hacia San Juan, de modo que Lamadrid recuperó el poder. El 30 de mayo de 1827, con un tercio de sus 3.000 soldados, Lamadrid salió de Tucumán y entró en Santiago del Estero, pero no pudo mantener la posición y se retiró.
Esta vez, fue atacado por un ejército al mando de Quiroga e Ibarra y fue derrotado nuevamente el 6 de julio en Rincón de Valladares.
Caído Rivadavia, apoyó al gobierno de Dorrego en Buenos Aires, al que reconoció carácter nacional. Pero en diciembre de 1828, éste fue derrocado y fusilado por el coronel mayor Juan Lavalle (jefe de las fuerzas veteranas que volvían del Brasil y de la Banda Oriental), y poco después el ahora coronel mayor (general) José María Paz invadía Córdoba y derrocaba al general Bustos. Ibarra creyó en las promesas de paz de Paz, pero después de la derrota de las fuerzas riojanas y cuyanas del brigadier Facundo Quiroga en Oncativo, Paz envió a las provincias aliadas de Facundo intervenciones militares que instalaron gobiernos unitarios. En mayo de 1830, fuerzas tucumanas del gobernador, coronel, Javier López y salteñas del gobernador, coronel, Gorriti invadieron Santiago, con permiso de Paz, y ocuparon la capital. Ibarra no quiso llevar a cabo su táctica de tierra arrasada, y perdió todo. Aprendería la lección, pero, mientras tanto, tuvo que huir hacia Santa Fe. Su hermano Francisco Antonio Ibarra logró reunir 3.000 santiagueños en Departamento Loreto donde fue alcanzado y derrotado por el coronel Juan Balmaceda.
En su lugar fue nombrado el coronel Román Deheza, que firmó el pacto que fundaba la Liga del Interior, dirigida por Paz. Varios grupos santiagueños comenzaron una guerra de guerrillas y terminaron expulsando a Deheza en abril de 1831, casi al mismo tiempo que Paz caía en poder del brigadier Estanislao López (quien, como general en jefe de las fuerzas del Pacto Federal en guerra contra la Liga del Interior, había invadido el este de Córdoba con fuerzas santafesinas y porteñas en febrero de 1831). Ibarra no se apuró a regresar, y dejó gobernar a un hacendado llamado Santiago del Palacio, mientras el diezmado ejército unitario (que había retrocedido de Córdoba a Tucumán al mando del ya coronel mayor Lamadrid) era derrotado cuatro veces por Quiroga (el cual, tras el desastre de Oncativo y el forzado exilio en Buenos Aires, había regresado, con un puñado de presos porteños, a la acción, asolando el sur de Córdoba, reconquistando Cuyo y La Rioja y, posteriormente, avanzando al norte argentino con un nuevo ejército de riojanos, cuyanos y catarmaqueños). En la última y más importante de esas batallas, la de La Ciudadela, del 4 de noviembre de 1831, Ibarra (unido con sus fuerzas santiagueñas a Quiroga) mandó parte de la caballería federal; esta batalla dio fin a la guerra civil por un tiempo.
En febrero de 1832, Ibarra fue elegido gobernador con el grado de Brigadier. Intentó forzar la sanción de una constitución nacional (federal, por supuesto), pero el nuevo gobernador porteño, brigadier Juan Manuel de Rosas, convenció a todos los gobernadores federales de postergarla.
Al término de su mandato de dos años se hizo elegir gobernador vitalicio con la "suma del poder público" y disolvió la legislatura. Cuando en 1834 estalló una guerra entre Tucumán y Salta (la cual Ibarra apoyó discretamente), recibió en su provincia al mediador enviado por Buenos Aires, general Facundo Quiroga. Ibarra quiso persuadirlo de no regresar a Buenos Aires por Córdoba, pues le habían llegado comentarios de su posible asesinato, y mientras permaneció en tierras santiagueñas lo protegió con un gran ejército hasta el límite con Córdoba. Pero Quiroga fue a Córdoba y fue asesinado en Barranca Yaco. Indirectamente, este hecho llevó al poder a Rosas en su provincia y a su dominio del interior del país, con lo que Ibarra pasó a ser una dependencia política de Rosas. Durante la guerra contra la Confederación Peruano-Boliviana (liderada por el mariscal Andrés de Santa Cruz), a pesar de su muestra de apoyo a Rosas en el conflicto, Ibarra no envió ningún contingente: el motivo era que el general en jefe del ejército argentino en ese frente era el caudillo y gobernador de Tucumán, coronel mayor Alejandro Heredia, el cual aparte de dominar su provincia, dominaba, indirectamente, las de Catamarca, Salta y Jujuy y era enemigo del caudillo santiagueño. A fines del conflicto en el norte, Ibarra apoyó con tropas a una revolución en Catamarca contra el caudillo tucumano. La situación hubiese terminado en una guerra de no haber sido por el asesinato de Heredia en Lules en 1838.
La paz no fue duradera: tras el asesinato del gobernador tucumano, se iniciaron varias revueltas en todo el país contra Rosas. Tras la expulsión del efímero gobernador santafesino Domingo Cullen (sucesor de Estanislao López), éste se refugió en Santiago; allí organizó una alianza de gobernadores que se inició con una invasión a Córdoba. El fracaso de ésta hizo que Ibarra arrestara a Cullen y lo entregara a Rosas, que lo hizo fusilar sin más trámite.
Varios gobernadores del noroeste, que si no eran unitarios estaban dispuestos a aliarse a ellos para enfrentar a Rosas, formaron una alianza en abril de 1840, conocida como la Coalición del Norte. Ibarra fue invitado a unirse a ella e incluso le ofrecieron la dirección política de todo el bloque, pero permaneció fiel a Rosas; principalmente, por aversión a la actitud soberbia de los “doctores” que la dirigían.
De modo que el general Lamadrid (enviado desde Buenos Aires a retirar el armamento utilizado por Heredia en la guerra contra el mariscal Santa Cruz) inició operaciones contra Santiago, una columna de 500 hombres al mando de José Luis de Cano salió de Catamarca y otra de 1.000, mandada por Manuel Solá, partió de Salta, el objetivo era una ofensiva conjunta en contra de la provincia, a las que se les sumaria el avance de las fuerzas de Lamadrid; pero cuando Ibarra se vio amenazado por una invasión simultánea por tres puntos de su provincia, se puso en campaña al frente de 2.500 hombres. A fines de octubre de año, una de sus divisiones mandada por su sobrino, Manuel Ibarra, chocó en las márgenes del río Salado con la columna de Solá, derrotándola y persiguiéndola hasta los límites de Salta. Suerte análoga sufrió la columna catamarqueña, y en cuanto a la columna del general Lamadrid, tampoco pudo llevar a cabo su cometido operativo, tuvo que regresar cuando una división importante, al mando del coronel tucumano Celedonio Gutiérrez, se pasó a las fuerzas de Ibarra.
Pero, combinada con la invasión, estalló una revuelta en la ciudad, de la que resultó la muerte del hermano de Ibarra, Francisco. La revolución fracasó y el gobernador la ahogó en sangre: persiguió física y económicamente a sus opositores, castigándolos con destierros, prisiones y muchas ejecuciones. Aprovechó un fuerte en el medio del monte chaqueño, el Bracho, como campo de concentración, del que nunca nadie pudo escapar; una famosa heroína santiagueña, Agustina Libarona, acompañó voluntariamente a su esposo en el Bracho, hasta que éste murió.
En medio de esta represión, fue nuevamente atacado por fuerzas unitarias venidas desde Catamarca y Salta y el coronel Mariano Acha ocupó la capital. Pero tuvo que evacuarla cuando Ibarra lo cercó en ella.
Participó, bajo el mando del brigadier uruguayo Manuel Oribe, en la batalla de Famaillá (1841) como jefe del ala izquierda del dispositivo federal, y aprovechó para colocar en el gobierno tucumano a Gutiérrez. También ayudó a su cuñado, Saravia, a hacerse elegir gobernador de Salta. Pero eso no le dio poder sobre las provincias vecinas: apenas le garantizó una década de paz.
Desde el final de esta guerra hasta la muerte de Ibarra, en realidad no pasó nada en Santiago. No hubo guerras civiles, ni se hicieron obras públicas, ni reformas políticas; el crecimiento económico fue bajo, y no hubo avances en la frontera con el indio. Aunque, igualmente, la acción de este último recrudeció a partir de 1840.
Con motivo del bloqueo anglo-francés del Río de la Plata, Ibarra elevó una proclama al pueblo santiagueño fechada el 13 de abril de 1845.
Enfermó de gota hacia 1849, y cuando supo que su muerte estaba cerca hizo su testamento, en el que no sólo nombraba albaceas testamentarios para sus bienes, sino también para el gobierno de su provincia, que colocó bajo la protección de Rosas. Pero éste tenía problemas mucho más serios, como el Pronunciamiento de Urquiza que terminaría con su largo gobierno.
Murió en la ciudad de Santiago del Estero el 15 de julio de 1851. Tras una corta guerra civil entre sus herederos, uno de ellos, Manuel Taboada, pasó a dominar la política de Santiago por los siguientes veinticuatro años. Pero se alineó con los unitarios.
Había contraído enlace con Buenaventura Saravia Arias, hija del gobernador salteño Manuel Alejandro Saravia, pero la envió de regreso a su casa al poco tiempo. No volvió a casarse, ni tuvo descendencia legítima. No obstante, tuvo un hijo extramatrimonial: Absalón Ibarra, hijo de Cipriana Carol Lezana, el cual sería criado como un hijo por Leandro Taboada, padre de Antonino y Manuel Taboada, caudillos unitarios en los años siguientes. Los tres serían gobernadores de Santiago del Estero.
Ibarra fue el primer gobernador de su provincia y fue también el gobernante argentino que más tiempo ocupó un gobierno: treinta y un años, con una interrupción de poco más de uno (sólo Urquiza se le acercó, gobernando desde 1842 hasta 1870, con una interrupción de cuatro años).