El gobierno instalado interinamente en San Juan después de la muerte de Virasoro, al frente del cual estaba Antonino Aberastain, envió una delegación para recibir al interventor nacional e invitarle a entrar en la capital sin fuerzas armadas para comprobar la legalidad o ilegalidad de las autoridades provisorias.
El gobernador de San Luis, coronel Juan Sáa, se dispuso a cumplir la misión encomendada; el 6 de diciembre se le reunió el coronel Paunero, que debía acompañarle.
Paunero informó a Mitre que Sáa estaba muy exaltado por los sucesos de San Juan, pero después de escucharlo se apaciguó y se mostró bien dispuesto hacia Aberastain y demás miembros del gobierno de la provincia. También escribió J. M. Lafuente a Mitre el 8 de diciembre dándole las mismas impresiones.
Respecto de la muerte de Virasoro se hará una información y se elevará al gobierno nacional para que resuelva. El propio Sáa escribe a Mitre el 11 de diciembre expresándole sus simpatías y la adhesión a su política.
Derqui, desde Paraná, reiteró al interventor sus instrucciones para que procediese con serenidad, evitando todo inútil derramamiento de sangre; no dudaba de que Sáa cumpliría las órdenes que se le impartieron.
En sus cartas a Mitre, del 24 y del 31 de diciembre, expresa su confianza de que el comisionado se ajustará a sus instrucciones.
Juan Sáa llegó a Mendoza, donde el coronel Laureano Nazar se hallaba irritadísimo contra los revolucionarios sanjuaninos y transmitió sus rencores al comisionado federal. En consecuencia deshechó las instrucciones recibidas y los consejos de Paunero, Conesa y Lafuente y no vio más que un enemigo a quien había que aplastar y destruir. Con ese estado de ánimo entró en San Juan el 11 de enero de 1861 al frente de la caballería de San Luis y del contingente mendocino y aniquiló en la Rinconada de Pocito a la masa popular, pues no eran tropas regulares, que había resuelto defender a las autoridades de la provincia que se había dado por propia decisión.
En un relato del agente Thorton enviado a Russel. El Foreign Office dice que Aberastain “fue obligado a ir a pie, sin calzado ni calcetines, sobre un terreno muy escabroso y después de andar tres leguas pidió un caballo o que le mataran en el acto. El oficial que estaba a cargo resolvió hacer lo último. La orden se cumplió inmediatamente. De un empujón hicieron arrodillar a Aberastain. Pretendieron vendarle los ojos.
Lo que siguió no fue una batalla, sino una carnicería; en el campo del intento de resistencia de los sanjuaninos quedaron 400 cadáveres; el gobernador Antonino Aberastain fue tomado prisionero y, después de sufrir todos los suplicios, fue fusilado sin proceso alguno.
Aberastain era uno de los jóvenes talentosos de su tiempo, una promesa para el porvenir, muy amigo de Sarmiento y respetado y querido por su ilustración y su carácter. La condenación del hecho bárbaro fue ilimitada después del primer momento de estupor; y se creó así un clima pasional capaz de producir la barbarie de la represalia.
Derqui se dispuso a viajar a las provincias convulsionadas para hacer allí todo lo que estuviese a su alcance para aplacarlas y someterlas a la ley. Mitre contuvo la exaltación porteña y trató de inspirar confianza en el gobierno nacional. Sarmiento se sintió profundamente afectado por los hechos de su provincia; Aberastain era uno de sus grandes amigos; sus arrebatos y su excitación contra Derqui no tenían límites.
Cuando Derqui recibió la noticia del fusilamiento de Aberastain, escribió a Mitre, desolado: "Luego sabrá Ud. lo que haremos en esta horrible situación. Ahora sólo puedo decir a Ud. lo que no haré, que es autorizar el asesinato de Aberastain. Si no tengo los medios de castigarlo, dejaré el puesto, aun en la perspectiva de la disolución de la Nación".
El gabinete nacional se desintegró; Norberto de la Riestra se alejó a consecuencia de la polémica suscitada por los sucesos de San Juan. "Estoy en el período más desesperante — escribía Derqui —: ya he quedado sin gabinete, y no sé quién querrá venir a servirme que pueda yo aceptar".
El fusilamienyo del Gobernador sanjuanino repercute en el gobierno, ya que figuras de peso político repudian el hecho, entre ellos Justo José de Urquiza y Domingo Faustino Sarmiento (quien era amigo íntimo del fallecido Aberastain) Las disputas recrudecerán hasta llevar a la denominada Batalla de Pavón, con la consecuente unificación del país. La heroica lucha de Aberastain será tenida en cuenta luego, para la reafirmación de las autonomías provinciales como pilar fundamental para el federalismo.
Mitre le tendió una mano amiga para ayudarle a enfrentar el temporal; confiaba en que se podía llegar al Congreso, al que acudirían los diputados de Buenos Aires.
La prensa en Paraná y en Buenos Aires mantenía un estado de guerra. Mitre escribió a Derqui.
"mi posición en el gobierno, si bien no es de flores, no es difícil, y me considero muy superior a ella. Excuso entrar en reflexiones sobre cosas que son para tiempos más tranquilos, y ahora sólo le diré que deploro el que los sucesos nos hayan lanzado, en cierto modo, por vías opuestas; no pertenezco a los que le hacen fuego, porque comprendo y he comprendido lo difícil de su posición, debiendo contar Ud. que tiene siempre un amigo particular en mí, que no desespera de continuar unidos por los vínculos de esa misma religión política".
Como no se logró que se tomaran medidas contra el interventor Juan Sáa, los ministros Norberto de la Riestra y Francisco Pico renunciaron a sus cargos y se fueron a Buenos Aires , y por el otro lado, Urquiza y su partido no apoyaron tampoco al presidente mientras los hombres de Buenos Aires le hostilizaban.
Cuando Derqui desistió de ir personalmente a las provincias convulsionadas y, después del alejamiento de Paraná de los ministros porteños, Mitre hizo llegar una nota de reclamo al gobierno nacional en relación con los sucesos de San Juan y su condenación. Y en carta particular expresaba su confianza en la incorporación de los diputados de Buenos Aires al Congreso para afrontar juntos las amenazas contra la paz pública.
Urquiza conoció la protesta de Buenos Aires, y desistió entonces dc enviar en carácter de comisionado a su hijo Diógenes, como había convenido a pedido de Mitre y Gelly y Obes. El gobernador de Buenos Aires había adoptado ya públicamente actitudes con las que Urquiza no podía estar conforme y en esa situación las conferencias privadas de su hijo Diógenes serían inútiles y no conducirían a nada.
Entretanto engrosaban por todas partes, en Santiago, Córdoba, Corrientes, San Juan, Salta y Tucumán los núcleos activos de la opinión liberal; había un despertar democrático, aunque con impulso beligerante; Buenos Aires había ensanchado su influencia en las provincias. En las elecciones presidenciales, frente a Derqui habían levantado la candidatura de Mariano Fragueiro y lograron tener de su parte a los electores de Córdoba, Santiago del Estero y Jujuy.
Los sucesos de San Juan y la actitud diversa ante los mismos, llevo a un distanciamiento entre Mitre, por un lado, y Urquiza y Derqui, por otro, si bien estos últimos no tenían una línea política solidaria. Derqui, sin embargo, no quiso romper los vínculos con Buenos Aires, y Mitre también trató de conservarlos con Paraná y con Urquiza, pues le interesaba mostrar "que Si me he creído digno de gobernar a los demás sé también gobernarme a mí mismo", según decía.