El gobierno nacional había desaparecido, las provincias reasumieron su soberanía interior y exterior y comenzaron a delegar en el vencedor de Pavón, gobernador de Buenos Aires, la facultad para la convocación de un nuevo Congreso, atribuyéndole sucesivamente el ejercicio del poder ejecutivo nacional, aunque las provincias de Corrientes y La Rioja se limitaron a delegar el mantenimiento de las relaciones exteriores, y Entre Ríos redujo su delegación a la convocación e instalación del Congreso.
Mitre se dirigió a la legislatura de su provincia haciendole saber que se había cumplido la misión de remover los obstáculos que se oponían a la incorporación definitiva de Buenos Aires al resto de la República, que la mayoría de las provincias se había adherido a la política de Buenos Aires y quería la organización de la República de conformidad con la Constitución reformada, y que la caducidad de los poderes nacionales había puesto al gobierno de Buenos Aires al frente de la situación y que se le habían delegado los poderes necesarios para convocar e instalar el Congreso nacional, habilitándosele también para dirigir la nación, y solicitaba por ello la lega-lización de esa situación para proceder a la reorganización nacional en concurrencia con la provincia, a cuyo fin presentaba dos proyectos de ley.
La legislatura aprobó la manera de ver de Mitre y se le autorizó para aceptar y ejercer los poderes que le hubiesen delegado o le delegaran las demás provincias para convocar e instalar el Congreso nacional en el punto que se designe y facultándolo para invitar a las provincias que aún no hubiesen delegado dichos poderes. Una segunda ley facultó a Mitre para mantener las relaciones exteriores de la República y para atender, hasta la reunión del Congreso, y dentro de las atribuciones constitucionales del poder ejecutivo, los problemas urgentes de carácter nacional y aceptar las delegaciones que le habían conferido algunas provincias y las que le hicieren las demás en relación con esas finalidades.
Fijó Mitre por decreto el alcance de los poderes que le habían sido conferidos y estableció que la autoridad delegada por las provincias se ejercería bajo el nombre de Gobernador de Buenos Aires', Encargado del poder ejecutivo nacional; duraría hasta la reunión del Congreso y se limitaría a la conservación del orden, a la observancia de la Constitución y al mantenimiento de las relaciones exteriores con las naciones amigas (12 de abril de 1862).
Cuando Mitre se hizo cargo de las funciones del ejecutivo nacional, su gabinete tuvo una crisis con la renuncia de Pastor Obligado, porteriista tradicional. Le acompañaron sin embargo Norberto de la Riestra en el ministerio de hacienda y el general Juan Andrés Gelly y Obes en guerra y marina. El financista del gobierno fue de la Riestra, que había sido ministro del ramo en Paraná, a pedido de Santiago Derqui, el cual rindió tributo a sus grandes cualidades; suscitado el estado de guerra entre Buenos Aires y la Confederación, supo organizar los recursos para facilitar el movimiento de los ejércitos y después de la victoria halló medios para subvencionar a las provincias. Posteriormente fue agente oficioso en Inglaterra y luego agente oficial y afirmó el crédito argentino en Europa, logrando un arreglo ventajoso de la deuda que contrajo en 1824 Bernardino Rivadavia con la casa Baring de Londres. En reemplazo de Obligado, Mitre incorporó a su gobierno a Eduardo Costa como ministro de relaciones exteriores, hombre a quien se atribuyó la introducción en la gran aldea que era Buenos Aires de los gustos más refinados de Francia. Organizado el gobierno provisional después del 12 de octubre de 1862, pasó a formar parte del mismo como ministro de justicia e instrucción pública. Fue el encargado de rebatir a los oradores que se oponían a que el futuro Congreso nacional se reuniese en Buenos Aires, siendo secundado por Rufino de Elizalde.
En ejercicio de sus nuevas funciones nacionales, convocó Mitre el 15 de marzo a elecciones para el Congreso nacional, que se realizarían los días 12, 13 y 14 de abril, fijando el 25 de mayo como fecha para la apertura del mismo.