En medio de la grave crisis causada por la matanza de la Rinconada de Pocito y el fusilamiento sin proceso de Antonino Aberastain en San Juan, a lo que se agregó la catástrofe de Mendoza, Mitre pensaba que la instalación del Congreso nacional con asistencia de los diputados de Buenos Aires podía ser un motivo alentador para centrar la atención en mejores perspectivas, pero la situación no era buena.
El gobernador Rolón, de Corrientes, apoyado por Pujol y por Urquiza, como se ha dicho, se negó a cumplir el decreto del presidente Derqui del 26 de octubre sobre reemplazo de legisladores que no llenasen las condiciones impuestas por la Constitución reformada y que se acababa de sancionar. Otros gobernadores de provincia imitaron al correntino. El distanciamiento entre Urquiza y el presidente de la Confederación fue en aumento y todo contribuía a ensancharlo.
El alejamiento de Norberto de la Riestra y de Francisco Pico fue tomado como un síntoma de que Derqui decidía volver a la influencia de Urquiza, pero Derqui no se puso nunca frente a Urquiza ni quiso tampoco someterse pasivamente a él y mantuvo su independencia. Sólo que como no disponía de fuerzas para hacer valer sus opiniones, tuvo que contemporizar y los hechos, con su lógica inflexible, le fueron apartando también del gobernador de Buenos Aires.
Mitre puso toda su fe para vencer las corrientes hostiles a la instalación del Congreso nacional con la presencia de Buenos Aires; creía que de ese modo se tendría la solución de las dificultades existentes y el gobierno nacional volvería a 'adquirir la autoridad de que entonces carecía; la libre discusión de las ideas ocuparía el puesto de la atmósfera asfixiante de la oposición personalista que favorecía las conspiraciones encubiertas y las persecuciones sangrientas.
Para Buenos Aires, el Congreso que iba a reunirse era la "primera legislatura". Procedió al acto electoral según la ley provincial, como se había convenido en el artículo 38 de la Constitución reformada. Los urquicistas propiciaron el rechazo de los electos de ese modo, con lo cual lograban que Buenos Aires y Derqui se encontrasen en situación desairada y enfrentados. Para Urquiza la actitud hostil respondía a una manera de ver que ya había testimoniado en su apoyo al gobernador Rolón, y Derqui trató en vano de oponerse a esa política que entrañaba el peligro de una nueva guerra civil.
Para integrar la primera legislatura, Buenos Aires eligió doce diputados, según lo establecido en el artículo 38 reformado; para la segunda legislatura se dictaría una ley nacional. No se le podía negar el derecho a realizar Ja elección a esa primera legislatura de conformidad con su ley propia; no podía regir para la provincia disidente la ley nacional de 1857 que no había contribuido a sancionar. Había inconciliabilidad entre el régimen representativo y la exigencia a Buenos Aires del cumplimiento de resoluciones de un Congreso en que no había estado representada.
La elección de los convencionales al Congreso que reformó la Constitución se hizo según la ley provincial y no hubo entonces ninguna objeción. Todo lo que se argumentó en Paraná y en San José contra la admisión de los diputados y senadores de Buenos Aires fueron meros pretextos para una nueva ruptura o para una humillación intolerable de la provincia disidente, que no quería renunciar a sus principios. También era un recurso para castigar a Derqui por su independencia ante el señor de San José.
Buenos Aires respondió a la convocatoria del presidente Derqui y realizó la elección en forma inobjetable; pero Urquiza tomó como bueno el pretexto de la aplicación de la ley provincial para oponerse a la validez de las elecciones bonaerenses. Hizo todo lo que estuvo en sus manos para que Derqui no vinculase su acción política y su futuro a Buenos Aires. Hasta el ministro inglés intervino para hacer ver a Urquiza la conveniencia de la admisión de los diputados de la provincia disidente y las consecuencias peligrosas de su rechazo.
El diplomático Edward Thornton se dirigió con ese propósito al palacio de San José y no obtuvo de su propietario una promesa positiva; a lo sumo consintió en no influir ante sus amigos para que rechazasen a los diputados bonaerenses, pero no pudo arrancarle la decisión de influir para que no los rechazasen.
Derqui se imaginó que su propia gravitación personal sería suficiente para resolver la cuestión satisfactoriamente y fracasó en toda la línea. El Congreso, integrado por miembros que no contaban con las condiciones establecidas por la Constitución reformada, por ministros y funcionarios que no estaban facultados para ser al mismo tiempo diputados, se negó a admitir en su seno a los electos de la provincia de Buenos Aires.
El Congreso fue convocado para el 1 de abril de 1861 en Paraná. Derqui comprendió antes que perdía la partida y el 18 de febrero escribió a Mitre:
"Creo que se realizan mis temores y que marchamos a una nueva división entre ésa y las demás provincias, y ya Vd. comprenderá el horrible efecto que hace en mí esta creencia. Sin embargo, nada omitiré para evitarlo. Creo que Vd. hará lo mismo. Si llegamos a instalar el Congreso, aun puede salvarse la situación".
Mitre responde con un aparente optimismo el 24:
"Creo que hemos de llegar al Congreso, y el Congreso será la tabla de salvación".
Sin embargo, en el Congreso predominó el sector de la oposición y Derqui fue derrotado. Los representantes de Buenos Aires fueron recibidos fríamente en Paraná y no les costó esfuerzo percibir la existencia de una confabulación contra ellos. José María Zuviría escribió a Mitre el 4 de abril:
"La situación política no puede ser peor. Los diputados de ésa han encontrado un cuerpo frío en esta ciudad, que no pueden ni podrán galvanizar; el general Urquiza, aparentando prescindencia, ha dado al oído su orden del día a todos sus amigos, y quiere postrar a la vez la influencia de esa provincia y los restos de vida moral que aun quedan al presidente".
Urquiza había trabajado activamente con su correspondencia a las provincias para que se resolviese el rechazo de los diputados de Buenos Aires. Mitre estaba informado de ello por Manuel Taboada, de Santiago del Estero; Salustiano Zavalía, de Tucumán; el general Rojo, de Salta, y José Posse, de Tucumán. El vencedor de Caseros se dejó llevar esta vez más de lo conveniente por la opinión de sus amigos y asesores, y, aunque no se apartó de la necesidad de proceder a la unión nacional, le faltó esta vez la visión del estadista para calcular las consecuencias que habría de tener el rechazo de los diputados de Buenos Aires. Impuso, pues, un agravio a la provincia disidente y se abrieron las puertas a la solución por las armas. En carta íntima al presidente Derqui, dice Mitre después del rechazo de los diputados bonaerenses: "Mejor es que alguno triunfe y alguno mande. Así no se puede vivir".