Mientras permanecían Derqui y Mitre de visita en San José, invitados por Urquiza para celebrar el aniversario del pacto de unión del 11 de noviembre, se habló de diversos problemas de orden nacional, entre ellos de la situación insostenible de San Juan.
Después del asesinato de Nazario Benavídez, se entronizó en la gobernación el coronel José Antonio Virasoro, de la familia correntina de ese apellido, vinculado a Derqui, que contribuyó a su elección. En el gobierno se caracterizó por sus excesos, no puso límite a su arbitrariedad, carecía de condiciones para el puesto que desempeñaba y tropezó al fin con resistencias invencibles. Su permanencia en el gobierno ponía en riesgo la paz pública. Los medios de gobierno de la tiranía depuesta fueron renovados por Virasoro, y Mitre planteó el asunto y se convino en que el gobernador debía alejarse del gobierno de
San Juan para evitar males mayores; se resolvió indicarle esa solución en una carta colectiva, firmada por Urquiza, Derqui y Mitre el 16 de noviembre. Se decía allí:
"Con perfecto conocimiento del estado en que se encuentra la provincia de San Juan, a cuyo frente V. E. se halla y consultando las altas conveniencias públicas, a la vez que las exigencias de la opinión, de la cual podemos considerarnos intérpretes en esta ocasión, nos permitimos aconsejarle un paso que lo honraría altamente y que resolvería de una manera decorosa para todos la crisis por qué está pasando esa desgraciada provincia. Este paso que le aconsejamos amistosamente es que, meditando seriamente sobre la situación de la provincia de San Juan, tenga V. E. la abnegación y el patriotismo de dejar libre y espontáneamente el puesto que ocupa en ella, a fin de que sus aptitudes militares puedan ser utilizadas en otra parte por la nación, con la mayor honra para el país y para V. E. mismo."
La carta no llegó al destinatario, ya que el mismo día en que se firmaba en Concepción del Uruguay estalló en San Juan un movimiento revolucionario y José Antonio Virasoro, su hermano Pablo, Tomás Hayes y cinco más fueron muertos por los rebeldes. El pueblo eligió gobernador interino a Antonino Aberastain.
El asesinato del gobernador de San Juan llevó al presidente Derqui, a pesar de los esfuerzos del gobernador de Buenos Aires, a intervenir aquella provincia. El encargado de normalizar la situación interna sanjuanina fue el gobernador de San Luis, coronel Juan Saá. El interventor desconoció la autoridad del nuevo gobernador, Antonino Aberastain, quien intentó resistir, pero fue vencido y tomado prisionero. La situación se complicó aún más cuando, al marchar Saá a ocupar la capital sanjuanina, uno de sus jefes pasó por las armas a Aberastain, temiendo una posible rebelión de los prisioneros.
Las instrucciones de Derqui, que habían autorizado el uso de la fuerza, y la insistencia de Urquiza en vengar la muerte de Virasoro llevaron a este desenlace a pesar de que Derqui había dado seguridades a Buenos Aires de que se protegería al grupo liberal. La resolución drástica de la situación sanjuanina mereció la repulsa del gobierno de Buenos Aires e incluso del propio gobierno nacional. Los ministros de la Riestra y Pico renunciaron con lo cual terminó la cooperación porteña con el gobierno nacional. Mitre exhortó al resto de los gobernadores a condenar el asesinato de Aberastain, pero casi todos le contestaron que el asunto era de incumbencia de la autoridad nacional. No obstante, los intercambios de notas y discusiones entre el gobierno de la Confederación, los provinciales y el de Buenos Aires respecto del fusilamiento de Aberastain, con los cuales la prensa contribuía, lograron exacerbar las pasiones hasta el extremo de considerar nuevamente un enfrentamiento entre las fuerzas del gobierno de Buenos Aires y el de la Confederación. La política de acercamiento de Derqui había fracasado rotundamente. En consecuencia, el presidente buscaría nuevamente el apoyo de Urquiza, quien, desde su gobierno en Entre Ríos y cansado de disputas internas, criticó el papel rector que se arrogaba el gobierno de Buenos Aires.
Derqui y Mitre regresaron desde San José a Paraná, para embarcar el último hacia Buenos Aires, cuando se enteraron de los sucesos de San Juan y del asesinato del gobernador Virasoro. Derqui resolvió intervenir la provincia y nombró interventor al coronel Juan Sáa, gobernador de San Luis, a quien acompañarían hombres de Buenos Aires: Wenceslao Paunero, Emilio Conesa y José M. Lafuente. Con esas designaciones se quería llevar a la provincia intervenida un espíritu de justicia, no un castigo ni una venganza. Derqui comunicó a Urquiza esas decisiones en carta particular; el gobernador de Entre Ríos vio en los nombramientos hechos la influencia de Mitre sobre el presidente y eso le causó alarma y fue interpretado como indicio de que se desviaba de su tutela.
El 3 de diciembre, Derqui rebatió los recelos de Urquiza y explicó su proceder imparcial para lograr el castigo de los culpables de los asesinatos. No consideró conveniente la indicación de Urquiza de que se nombrase interventor en San Juan a Benjamín Virasoro, hermano del muerto, que habría dado a la intervención un carácter de venganza. Y explicó que Mitre no le hizo la más leve indicación ni directa ni indirectamente.
En noviembre de 1860, Virasoro fue también asesinado, y el gobierno lo ocupó el unitario Antonino Aberastain. El presidente Santiago Derqui nombró interventor federal a Juan Saá, acompañado por dos unitarios, los coroneles Wenceslao Paunero y Emilio Conesa, que se dedicaron a boicotear la intervención. Saá los expulsó.
Desde la frontera de San Luis, en diciembre, exigió el mando de la provincia y la entrega de los asesinos. Pero Aberastain le negó del derecho de entrar en la provincia, y menos con tropas, mientras formaba apuradamente un pequeño ejército. Saá entró en la provincia con toda la División Sur y venció a Aberastain en la batalla de Rinconada del Pocito el 11 de enero de 1861 . Aberastain fue llevado prisionero hacia San Juan, pero sus conductores lo acusaron de querer escapar y lo fusilaron. No es seguro que Saá haya ordenado su muerte, pero tampoco es imposible.
El parte de la batalla declaraba que la victoria se había conseguido "a lanza seca", que puede ser interpretado como la mayor parte de su caballería no llegó a utilizar sus lanzas sobre el enemigo. Sobre la base de ello le aplicaron desde entonces el mote de "Lanza Seca".
Marco Aurelio Avellaneda escribió en marzo de 1899 sus recuerdos sobre la intervención a San Juan durante la presidencia de Derqui.
Juan Sáa, gobernador de San Luis, hizo llegar al presidente Derqui un informe por un paisano de San Luis, que había estado en San Juan en ocasión del asesinato de Virasoro y de la revolución que se había producido en la ciudad. Derqui se sentía entonces hostilizado por Urquiza y como pocos días antes se le había hecho saber el viaje a San Juan de un personaje afamado como masón, creyó que iba a aquel destino encargado por Urquiza de hacer la revolución contra Virasoro, amigo político y personal de Derqui.
Pensó Derqui que la revolución de San Juan era la que se le había anticipado; mandó llamar a Mitre, que se encontraba en Paraná, y que llegó poco después a la casa de gobierno con toda la comitiva. Después de conferenciar se redactó el decreto de intervención a San Juan y se nombró una comisión compuesta por Paunero, Conesa y Sáa. El señor Lafuente, secretario privado de Mitre, actúaría como secretario de la comisión. Las instrucciones fueron dictadas por Mitre con autorización del presidente y escritas por Lafuente. Las instrucciones tendían a contener a Urquiza en sus presuntos planes de conspiración, y pedían la entrega de los asesinos de Virasoro; en el caso de negativa se entraría en San Juan a sangre y fuego.
A la mañana siguiente el edecán del presidente se presentó en el domicilio del doctor Emilio de Alvear, ministro de relaciones exteriores, con el libro de los "Acuerdos", para que firmase el decreto de intervención. El doctor Alvear, que no había sido informado previamente, se negó a firmar indignado. Fue luego a increpar al ministro del interior, Olmos, por lo resuelto, y Olmos lo ignoraba también.
Alvear renunció el mismo día a la cartera, partió para Montevideo y no volvió a Paraná.
Llegada la comisión interventora a San Luis, se enteró de que la revolución no era urquicista, sino una revolución porteñista, hecha por amigos políticos de Mitre y de Sarmiento y resolvieron renunciar a la misión y regresar a Buenos Aires. Juan Sáa se dirigió solo a San Juan y penetró en la provincia a lanza seca. La versión de los hechos que dio Marco Avellaneda fue la relatada por Emilio de Alvear.
Derqui perseguía el sometimiento del pueblo de San Juan, pero Buenos Aires juzgó favorablemente. el movimiento que había puesto fin al gobierno de Virasoro, aunque no aplaudiese el asesinato perpetrado. Fue aquélla una dualidad de interpretación que debilitaba la solidez de la colaboración. Mitre escribió a Urquiza:
"Ud. que conocía bien al coronel Virasoro, y que me decía en San José que era un hombre con instintos de tigre que no podía mandar pueblos sin cometer violencias y provocar resistencias; Ud., repito ... , no podrá menos de convenir conmigo en que el sufrimiento del pueblo de San Juan había llegado a un extremo que si bien era prudente prevenir, no nos obliga a canonizar hoy la memo ria de Virasoro, ni nos permite sujetar a interpretaciones siniestras un hecho que está explicado por sí mismo y que Ud. pudo llegar a sospechar cuando me hablaba en aquel sentido".
Se acusó por la prensa y la murmuración a Buenos Aires de haber provocado los hechos de San Juan, y Sarmiento, a causa de su vehemencia, fue señalado expresamente como instigador. Mitre escribió el 5 de enero a Urquiza:
"No me cabe ya duda alguna de que se cree que la revolución de San Juan y la muerte de Virasoro es obra directa de Buenos Aires, ordenada desde aquí y preparada con nuestro oro y hasta con el apoyo de mi gobierno. De Buenos Aires no ha ido un solo peso, ni un consejo directo o indirecto, ni una esperanza siquiera que pudiese autorizar la revolución de San Juan, ni siquiera ha existido la idea en ninguno de sus hombres, incluso el señor Sarmiento, de faltar a este sistema de política. Ésta es la verdad, y declaro calumniador infame y desafío a que pruebe lo contrario al que repita las calumnias que le han ido a contar a usted" ...
Una muestra del estado de ánimo de los hombres de aquella época fue el acuerdo de la legislatura de Mendoza, bajo la influencia del gobernador Laureano Nazar, que concedió un voto de gracias al coronel Sáa "por haber destruido en San Juan la demagogia y la anarquía".
Años después, cuando Sarmiento y Urquiza se habían reconciliado, en carta del 7 de julio de 1869, ya superado el viejo conflicto, Sarmiento explicó a Urquiza: "Para su tranquilidad le diré que en las provincias del Norte no he tenido ni he querido tener influencia. Dígoselo en nombre de recuerdos terribles para ambos, lo que le aseguré cuando Sáa fue a San Juan. Yo no tenía parte ni influencia en los actos de aquella provincia".
La independencia con que quería proceder el presidente Derqui no fue del agrado de su antecesor y de la aquiescencia del círculo que lo rodeaba. No quiso servir a intereses personales o de facción y escribió a Urquiza en carta del 19 de enero de 1861:
"Habla Ud. de concesiones exageradas a uno de los partidos beligerantes en la pasada lucha; o bien a Buenos Aires; de predominio de éste en el poder y de la exclusión en los negocios públicos de todos los hombres que le fueron opuestos. Pero yo puedo decir en voz alta a la faz de la Nación que no he hecho concesión alguna; que no existe en el poder predominio de partido alguno, y que a nadie he excluido de los negocios públicos por sus antecedentes políticos" ... "Desde que fui elevado a la presidencia de la República, el primero de mis propósitos fue mantener mi completa independencia, cual corresponde a un alto poder público: lo he conservado y lo conservaré mientras me halle investido de él. He procurado conocer la opinión pública y la individualidad de las personas más competentes, he aceptado las que he creído acertadas, y he administrado como he creído conducente a satisfacer las necesidades de orden, progreso y unión. Puedo haber cometido errores administrativos, porque no soy infalible, ni son incompatibles con mis sanos deseos, pero que tampoco reconozco, pues que también niego esa misma infalibilidad a los que combaten los actos de mi administración."
Los hechos que se sucedieron sobrepasaron la capacidad del presidente para afrontarlos y reducirlos; a cualquier otro que hubiese estado en su puesto le habría ocurrido lo mismo, pero Derqui no era caudillo de un partido y ésa fue su debilidad. Se sintió atraído por los hombres de Buenos Aires, más cultivados, más capaces que los caudillos del interior; quiso llevar a la práctica el olvido de los partidos del pasado y llamó a colaborar a hombres del otro sector, como Norberto de la Riestra, a quien confió la cartera de hacienda, y después de la jura de la Constitución de Buenos Aires, había deseado formar un gabinete en el que tuviesen mayor participación los hombres de Buenos Aires. Chocó en ello con los seguidores de Urquiza y con Urquiza mismo, y no logró apoyo ni comprensión en el bando porteño, aunque sus relaciones con Mitre fueron muy cordiales e íntimas. Decía a Urquiza en la carta citada:
"He creído y creo que el principio de autoridad legal es la base del orden público, y lo he sostenido y lo sostengo. Así me ha visto Ud. intervenir a La Rioja y desconocer constantemente la autoridad revolucionaria establecida en ella, contra la opinión de Ud. que tanto valor tiene para conmigo, y aun contra sus repetidas instancias. Me ha visto Ud. intervenir en los últimos acontecimientos de Santiago del Estero contra la opinión de las personas del gobierno de Buenos Aires y contra la de Ud. mismo, y me verá Ud. seguir igual conducta en los sucesos de San Juan. Yo no aprobaré ni reprobaré la revolución según aproveche a tal o cual partido, y seguiré como hasta aquí los principios inevitables de la justicia y del derecho. Ninguna exigencia se me ha hecho de Buenos Aires, sea dicho en honor de la verdad y de todos; se me ha dado opinión cuando la he pedido a los hombres competentes de allí como la he pedido muchas veces a Ud.; pero siempre con la mesura y la delicadeza que corresponde, y sin ofenderse cuando con tanta frecuencia me he apartado de ellas ... No acepto ni aceptaré cargo alguno por llamar a la administración a hombres del partido de Buenos Aires como lo haré cada vez que lo juzgue útil a la Nación."
Pocos entonces se habrían atrevido a hablar a Urquiza con tal tono de independencia; para salvar la dignidad de ni investidura y de su persona no habría vacilado en abandonar el gobierno.