Las provincias, que no habían estado sumisas a la autoridad nacional más que aparentemente, crearon al gobierno de Derqui abundantes problemas. Ya en septiembre de 1860 el Congreso dictó la ley de intervención en La Rioja, nombrando para desempeñar esa misión a Plácido S. Bustamante; pero se hizo cargo de la intervención, en febrero de 1861, Ángel Vicente Peñaloza, el Chacho.
Ángel Vicente Peñaloza reunió a los diputados electos el 6 de mayo y les recomendó que aprobasen los diplomas a pesar de las deficiencias eventuales; al día siguiente juraron sus cargos y con ello terminó la intervención. El 8 de mayo fue electo gobernador Domingo S. Villafañe.
En octubre fue intervenida Santiago del Estero, y Salustiano Zavalía fue encargado de la misión.
La intervención a San Juan, confiada al coronel Juan Sáa, en noviembre de 1860, después del asesinato del gobernador Virasoro, tuvo funestos resultados en Rinconada de Pocito y en el asesinato de Antonino Aberastain.
Hallándose Derqui en Córdoba, declaró la intervención en esta provincia, donde el gobernador Félix de la Peña se había entendido con Mitre y asumió él mismo el gobierno para prevenir que desde allí irradiasen los peligros que amenazaban al país hacia las provincias de Cuyo en vista de los preparativos bélicos de Buenos Aires.
El decreto correspondiente fue refrendado por el ministro de guerra y marina general José María Francia. Oficiaba de secretario privado el poeta Olegario V. Andrade.
En Córdoba se habían dividido las opiniones y los aliados a Derqui tuvieron el predominio cuando el presidente Derqui se declaró interventor de la provincia.
Hombres adictos a Buenos Aires como Marcos Paz, fueron encarcelados y engrillados. Derqui abandonó Córdoba el 20 de julio, después de delegar el mando en Fernando Félix de Allende. Convocadas elecciones provinciales resultó electo gobernador el ministro nacional Olmos.
Ángel Vicente Peñaloza en enero de 1860 derrocó al gobernador Bustos, que se acercaba cada vez más a los unitarios de Buenos Aires, y nombró en su lugar al coronel Ramón Ángel. Poco después fue nombrado interventor federal de su provincia.
El vicepresidente Pedernera decretó el 31 de mayo de 1861 la intervención en Santa Fe, misión confiada a Nicanor Molinas.
La última intervención federal a las provincias durante el gobierno de Derqui, fue decretada por el vicepresidente Pedernera el 6 de julio, para reponer en el gobierno de Santiago del Estero a Pedro R. Alcorta, cuyo derrocamiento había provocado la primera intervención a esa provincia ocho meses antes; el decreto correspondiente confería la misión interventora al presidente Derqui, que se hallaba en Córdoba, pero éste la delegó en el coronel Octaviano Navarro, gobernador de Catamarca y jefe militar de la región noroeste, y ordenó que el comandante de las milicias salteñas, Aniceto Latorre, secundase a Navarro.
La participación de Latorre en la intervención decretada motivó la dimisión del gobernador de Salta, Rojo, en desacuerdo con la opinión dominante en su provincia. Los Taboada hicieron llegar emisarios a Paraná, en agosto de 1861, para hallar una solución pacífica. Antonino Taboada se entrevistó con Derqui en Córdoba.
Se propuso una fórmula de avenimiento consistente en la entrega del mando a Alcorta, que renunciaría una vez acatada su autoridad por todos. Había inclinación a aceptar esa actitud, pero entre tanto Alcorta se instaló en la frontera de Santiago y se declaró repuesto en el mando como gobernador.
La legislatura santiagueña declaró la provincia en estado de guerra y se ordenó la formación de tres cuerpos de tropas para resistir el avance de Alcorta. El coronel Octaviano Navarro invitó a Tucumán, donde Zavalía estaba al frente del gobierno, a participar con un cuerpo de milicias en el sometimiento de Santiago. Los liberales tucumanos, con el presbítero José María del Campo al frente, se levantaron en son de protesta y Zavalía presentó la renuncia, quedando a cargo del gobierno Benito Villafañe. La legislatura apoyó a Villafañe, en oposición a las fuerzas nacionales que incluían entre otros a Celedonio Gutiérrez, el antiguo caudillo federal; rehusó el contingente que había prometido Zavalía y se opuso a las fuerzas nacionales. El cura del Campo salió con unos dos mil hombres de campaña y fue derrotado por Navarro en el Manantial el 4 de octubre de 1861. El vencedor entró triunfalmente en Tucumán y una asamblea de vecinos declaró caducas a las autoridades y fue elegido gobernador provisorio Juan M. Terán, que al poco tiempo delegó el mando en Patricio Acuña y nombró a Celedonio Gutiérrez jefe militar de la provincia, siguiendo su marcha hacia Santiago del Estero. Los Taboada evacuaron la capital al aproximarse las tropas nacionales y se dispusieron a ofrecer resistencia en el sur. Navarro entró en Santiago el 19 de noviembre y nombró a Ramón Salvatierra gobernador interino hasta la llegada de Alcorta, saliendo las fuerzas nacionales en busca de las santiagueñas. Pero Navarro cambió repentinamente de rumbo y se retiró al tener noticias de la batalla de Pavón. La provincia volvió a manos de las autoridades depuestas.
El Congreso, a pedido del vicepresidente Pedernera, declaró a Buenos Aires rebelde a la Constitución nacional y se autorizo al poder ejecutivo a intervenirla, como se ha visto. Último gabinete del gobierno de Derqui. Cuando se produjo la ruptura entre el gobierno nacional y el de Buenos Aires, el gabinete de la Confederación estaba compuesto del siguiente modo:
Severo González, en interior; Nicanor Molinas, en relaciones exteriores; Vicente del Castillo, en hacienda; José Severo Olmos, en justicia, culto e instrucción pública; José María Francia, en guerra y marina.