El primer problema que debía resolver el gobierno nacional después de la aprobación de las reformas propuestas Por Buenos Aires, era la organización del Congreso nacional en el que estuviesen representadas todas las provincias.
El texto de 1853 se modificó por el art. 40, según el cual los diputados debían tener, además de las condiciones fijadas, cuatro arios de ciudadanía en ejercicio y ser naturales de la provincia que los eligiera, con dos arios de residencia inmediata en ella. El artículo 38 reformado estableció que a la primera legislatura Buenos Aires enviaría doce diputados, y para la segunda se realizaría el censo general y el número de diputados se ajustaría a él.
Con la firma del ministro del interior, Juan Pujol, y la propia, Derqui promulgó el 1º de octubre la Constitución reformada y convocó extraordinariamente al Congreso federal para el 1 de abril de 1861. A los gobernadores de provincia se les recomendó que procedieran "a la brevedad posible a la elección de los diputados y senadores que debían reemplazarse a mérito de la reforma hecha en el art. 40 de la Constitución nacional a fin de que pudieran concurrir a la sesión extraordinaria el día prefijado para ella".
El gobernador de Corrientes, canónigo Rolón, una hechura de Pujol, protestó sobre la inconstitucionalidad del decreto de convocatoria; alegaba que por el art. 56, cap. 3 de la Constitución, se establecía como atribución exclusiva del Congreso el juicio sobre la validez de las elecciones y títulos de sus miembros y por consiguiente era el Congreso y no el gobierno el que tenía que aclarar cuáles eran los diputados y senadores que debían cesar en sus mandatos.
Benjamin Victorica era un hombre de confianza de Urquiza fue diputado del Congreso Federal de Paraná como representante de Entre Ríos entre 1856 a 1860 también el general Urquiza lo llamó a su lado en calidad de secretario privado hasta que expiró su mandato presidencial. En 1860 fue Ministro de Guerra y Marina del presidente Derqui. En 1861 actuó nuevamente como Secretario de Guerra del General en Jefe del Ejército de la Confederación Argentina, Justo José de Urquiza, asistiendo en ese carácter a la Batalla de Pavón. Posteriormente fue elegido senador nacional desde 1862 a 1870.
El mismo día del envío de esa nota por Rolón, delegó el mando Derqui en el general Pedernera para reunirse en Concepción del Uruguay con el gobernador de Buenos Aires, Mitre, y con el de Entre Ríos, Urquiza, en el palacio de San José. Derqui acudió acompañado por el general Francia y el coronel Victorica, y mientras ocurría eso, Pedernera confió a Pujol una misión en Corrientes, con la que estuvo conforme Urquiza, informado por Francia y Victorica a espaldas de Derqui.
Al regresar a Paraná, Derqui, con fecha 22 de noviembre, dejó sin efecto la misión de Pujol en Corrientes, lo cual motivó la renuncia del comisionado al ministerio.
El gobernador Rolón, al objetar el decreto de convocatoria de las elecciones de diputados y senadores como inconstitucional, obraba por consejo de Pujol, apoyado por Urquiza. Derqui reflejó esa situación en su carta a Urquiza del 19 de enero de 1861:
"El doctor Rolón me dice que su resistencia es acordada por Ud. y que por ella le ha ofrecido, sin él solicitarlo, su apoyo moral y material. Ud. mismo en su carta a que contesto, hace cuestión de seguridad para su persona y su partido, que revela claramente su decisión de sostenerla. Es decir que la palabra de rebelión y de disolución está dada desde Corrientes con el apoyo moral y material de Ud., pues no pudiendo yo consentir en la primera, tiene que venir la guerra civil que traerá la segunda."
El gobierno federal recordó al de Corrientes que los gobernadores de provincia eran sus agentes naturales y que la actitud de Rolón pondría al ejecutivo nacional en la necesidad de hacer él mismo la convocatoria si se negaba a ella el agente natural.
Rolón intentó argumentar en favor de su actitud y Derqui recordó que la Constitución había sido reformada de acuerdo con un pacto entre las partes y que según el texto del pacto y de la Constitución reformada no podían ser convocados como legisladores quienes carecían de las condiciones establecidas para serlo. De ese modo se quiso asegurar que la representación nacional fuese expresión auténtica de la voluntad de las provincias.
Se objetó que Derqui y Pujol no señalaron en su decreto del 26 de octubre quiénes eran los legisladores afectados por la reforma, pero ello no justificaba el alzamiento de Corrientes, una actitud imitada por otras provincias al sentirse respaldadas por Urquiza.
Es comprensible la irritación de Derqui; había hablado con Urquiza en San José sobre el decreto y le recordaba en una carta del 19 de enero de 1861:
"He dado el decreto del 26 de octubre en plena meditación y convencimiento de su legalidad y conveniencia pública; sobre una y otra hablé a usted detenidamente en ésa, y usted se mostró satisfecho diciéndome que antes de oírme a mí había sostenido lo contrario a los doctores del Carril y Victorica."
También le hizo saber que estaba dispuesto a sostener su autoridad y que contaba con los medios para hacerlo y le pidió que aconsejara a Rolón que saliera de la vía revolucionaria en que iba a perderse. A Mitre le explicó:
"Yo tomo con autoridad las medidas necesarias para dar en la cárcel con el canalla Pujol y el rudo monigote Rolon, pues no me queda duda que van a sostenerse en su resistencia. En tal caso declararé al gobernador de Corrientes en rebelión contra la ley nacional y la autoridad creada por ella, etc., etc. Esto hace cesar de pleno derecho la protección constitucional del gobierno general. Entonces será derrocado, y derrocado se perderá."
Pero mientras se ventilaba este grave conflicto del alzamiento de Corrientes, cuyo gobernador se sentía protegido por Pujol y por Urquiza, el país entró en. convulsión a raíz de los sucesos de San Juan.