Al ver la inacción de Urquiza, Mitre reunió sus tropas. Mientras tanto, parte de la caballería federal avanzó hasta Pergamino, ocupando el pueblo. Sólo cuando una reacción de la caballería porteña obligó a los federales a regresar a Santa Fe, Mitre inició el avance hacia esa provincia. Habían pasado varias semanas desde la batalla.
En los meses siguientes, el avance de los porteños y sus aliados fue imparable; y el único ejército federal que podrían haberles opuesto resistencia, el de Urquiza, fue prácticamente desmantelado por orden de éste.
Pudo haberse retrogradado al período de la desintegración nacional con un jefe vencedor menos firme en su visión del futuro. Mitre resistió la presión de los localismos, comenzando por el de los porteños, y enarboló la bandera de la Constitución nacional y de la unión.
Los núcleos liberales que se habían ido cohesionando en las provincias y que simpatizaban con Buenos Aires, aprovecharon la nueva situación para entrar en escena y determinar cambios de gobierno en las provincias.
Solamente Entre Ríos quedó en manos del federal Urquiza y en Buenos Aires se habló de convocar una nueva convención nacional constituyente para elaborar una nueva Constitución, y fue Mitre el que logró que los porteños se atuvieran a la ley de la legislatura provincial, que había autorizado a remover los obstáculos que retardaban la incorporación de Buenos Aires al resto de la República.
Su plan fue negociar con Urquiza, hacerse fuerte en Santa Fe, imponerse en Córdoba, llave del interior, para realizar desde allí una política de pacificación que evitase la guerra civil.
Mitre, en su carácter de gobernador de Buenos Aires y de jefe del ejército triunfante, y en nombre de ocho provincias que se habían declarado en favor de la política de Buenos Aires, y que se consideraban constituidas de hecho en cuerpo de nación, habiendo caducado las autoridades nacionales, desconoció a Entre Ríos el derecho a incautarse del territorio federalizado y a convertirse en depositario de los bienes de la Nación situados en el mismo lugar y a retener las aduanas establecidas en su territorio hasta que arreglase la deuda pendiente con la provincia; y también reclamó la entrega de la escuadra nacional el 14 de diciembre de 1861.
Entre Ríos se avino: entregó la escuadra, admitió que se considerara en suspenso lo relativo al territorio federalizado, puso a disposición de comisionados nacionales los archivos y entregaría las aduanas situadas en su territorio a la primera autoridad nacional que se instalase. Entre Buenos Aires y Entre Ríos se estableció la paz con motivo de esas negociaciones entre Mitre y Urquiza.
Dueño militarmente de la provincia de Santa Fe, Mitre designó gobernador interino a Domingo Crespo el 26 de noviembre, en sustitución de Pascual Rosas; y en Corrientes, una revolución liberal derrocó al canónigo José María Rolón y llevó al gobierno a José Pampin el 6 de diciembre, con lo cual también esa provincia se alineó en la política de Buenos Aires.
En Santiago del Estero, los Taboada recuperaron el mando en la provincia, después de retirarse de ella Octaviano Navarro hacia Catamarca. Los Taboada eran un grupo de cuatro hermanos, uno de los cuales, Felipe, se distinguió como pintor; mezcla de caudillos criollos y de hombres de progreso, no obstruyeron la obra de Urquiza, aunque uno de ellos, Antonino, simpatizaba más con los hombres de Buenos Aires. De tradición católica, sobrinos de sor Ana María, fundadora en Belén de una orden monástica, enviaron al Congreso constituyente de Santa Fe a un sacerdote liberal, Benjamín Lavaysse, con mandato para defender la libertad de cultos.
Sarmiento condeno a los con su virulencia habitual, pero éstos miraban al progreso de su provincia; hicieron llegar de los Estados Unidos a un técnico para canalizar el río Salado, obra no realizada todavía y en previsión de esa realidad adquirieron en Gran Bretaña un "yacht" que había pertenecido a la reina Victoria, para navegar por el río. Antonino, jefe de milicias aguerridas, tenía las dotes del caudillo, pero era un hombre de orientación moderna y hablaba inglés con la misma perfección que el quichua. Los Taboada fueron un sólido punto de apoyo para la política mitrista.
En Tucumán, el presbítero José María del Campo, unido con Antonino Taboada, derrotó en El Ceibal a Celedonio Gutiérrez el 18 de diciembre y asumió el mando como gobernador de la provincia, vinculándola al partido liberal. En Salta pudo mantenerse en el gobierno José María Todd, pero en Jujuy el gobernador Pedro José Portal se adhirió a la causa de Buenos Aires; Todd abandonó el gobierno de Salta en marzo de 1862, quedando en manos del general Anselmo Rojo también liberal.
Importaba disponer de la adhesión de Córdoba, llave estratégica de las provincias de Cuyo, del centro y del norte. El gobernador Allende, fiel a la Confederación, delegó el mando en Tristán Achával y salió a la campaña a reclutar fuerzas para resistir a Buenos Aires y durante su ausencia se sublevó el comandante Manuel Olascoaga y proclamó gobernador a José Alejo Román.
La campaña no secundó el movimiento de Olascoaga y el coronel Francisco Clavero marchó sobre la capital para reponer a Allende y le puso sitio. El comandante Luis Álvarez acudió en auxilio de los sitiados y obligó a Clavero a levantar el asedio. Mitre resolvió secundar el movimiento liberal de Córdoba y envió hacia ella un cuerpo de ejército al mando del general Wenceslao Paunero, a quien acompañaba Domingo Faustino Sarmiento como auditor.
Los liberales cordobeses se hallaban divididos entre los adeptos de Peña y los de Román. La legislatura designó el 16 de diciembre gobernador a Marcos Paz, el mismo que había estado prisionero y engrillado en tiempos de la intervención de Derqui, cuando fue enviado por Buenos Aires como comisionado oficioso del partido liberal. Mitre le escribió desde Santa Fe el 10 de enero de 1862:
"Aplaudo su conducta en Córdoba: deje Vd. que murmuren de ella algunos que han de gozar más adelante de sus beneficios. El gobernante, como en el verso justo de Horacio, no debe intimidarse «ni ante el ceño del tirano ni ante la gritería de la plebe». Gobierne Vd. (como lo dije en mi programa) con su partido, pero para todos, haciendo justicia hasta a los enemigos. Esto es lo único digno del partido de la libertad y lo único que puede justificar su triunfo y consolidar su influencia. Hace Vd. bien en no hacerse el instrumento de odios y venganzas que, por muy justificadas que sean, no deben ser la norma de la nueva política". Pero los altos conceptos de gobierno, cuando habían de aplicarlos los hombres de guerra y de pasiones, se traducían en venganzas irritantes; en Santiago del Estero fue azotado Francisco Achával en presencia de su familia hasta dejarle desmayado, sufriendo la misma suerte tres de sus hijos; en Tucumán se impusieron contribuciones forzosas a los vencidos; etc., etc.”
Mitre exhorta a Marcos Paz a "evitar tales actos de verdadero vandalaje que más que a nuestros enemigos nos deshonran a nosotros mismos que nos llamamos partidarios de la libertad y de la civilización"...
En seguridad Córdoba, Paunero envió a Cuyo fuerzas de su división al mando del coronel Ignacio Rivas, a quien acompañó Sarmiento. Ante esa amenaza, Sáa decidió expatriarse renunciando al gobierno de San Luis; la legislatura nombró el 7 de diciembre gobernador inte-rino a Justo Daract. El nuevo gobierno se adhirió a la política liberal y apoyó el programa de reorganización nacional de Mitre.
En Mendoza, cuando se supo el avance de tropas de Buenos Aires, un movimiento encabezado por el coronel Juan de Dios Videla obligó a renunciar al gobernador Laureano Nazar el 16 de diciembre y la legislatura nombró gobernador provisional a Videla; Sarmiento no quiso reconocer esa designación y Nazar y Videla se expatriaron. Una asamblea popular nombró gobernador a Luis Molina el 2 de enero de 1862, y Mendoza quedó así en la línea liberal mitrista. Al aproximarse la división de Rivas a San Juan, el gobernador Francisco D. Díaz pasó a Chile y una asamblea popular eligió gobernador a Ruperto Godoy, el cual restableció la legislatura sanjuanina que existía en la época de Aberastain, y esa legislatura lo nombró gobernador interino el 3 de enero. Las fuerzas al mando del coronel Rivas entraron en San Juan, y Sarmiento, nombrado gobernador interino, fue electo el 16 de febrero de 1862 gobernador propietario.
El caudillo federal Ángel Vicente Peñaloza disfrutaba de un prestigio incontrastable en La Rioja. En apoyo de los federales fue llamado desde Catamarca y Salta y marchó hacia el norte con sus milicias; el presbítero del Campo lo contuvo en Tucumán y le causó pérdidas en el río Colorado, obligándole a regresar a su provincia. El general Paunero envió contra él al coronel Pedro Echegaray, que no pudo hacer nada, aunque el caudillo riojano tenía en su contra al gobernador Villafañe, afecto a la política mitrista. Peñaloza ocupó La Rioja el 4 de marzo, pero el coronel Ambrosio Sandes consiguió derrotarlo en Salinas de Moreno.
Sandes dio cuenta, el 12 de marzo de 1862, de su lucha contra el Chacho, el "bandido Peñaloza", al jefe de la división expedicionaria, Ignacio Rivas, y le informó que en el encuentro hubo 38 muertos, 80 prisioneros, etc. Entre los prisioneros se encuentran el sargento mayor don Cicerón Quiroga, capitán don Policarpo Lucero, ayudante mayor Carmelo Rojas, teniente don Nemoroso Moliné, don Ignacio Bilbao y don Juan M. Vallejo, y alféreces don Ramón Gutiérrez y don Juan de Dios Videla. Todos ellos han sido pasados por las armas, según la orden de V. S. y la necesidad de hacer ejemplar el castigo de la ley con los que osados se arman contra la tranquilidad pública".
Los federales puntanos acudieron a Peñaloza para que les auxiliara en su lucha contra los liberales; Peñaloza marchó sobre San Luis y puso sitio a la ciudad, y no lo levantó hasta después de un convenio con el gobierno local el 23 de abril.
Vuelto Peñaloza a La Rioja, Paunero le envió un comisionado, Eusebio de Bedoya, que firmó con el caudillo el tratado de La Banderita el 30 de mayo, tratado que dio momentáneamente alguna paz a la provincia, quedando reconocido como general de la Nación, nombrado con tal jerarquía por el gobierno de la Confederación.
Gobernaba en Catamarca Samuel Molina y después de la retirada de Otaviano Navarro se vio amenazada, lo mismo que Salta, por Santiago del Estero y Tucumán, que no habían olvidado la victoria militar de los catamarqueños. Conocedor Peñaloza de la marcha de los Taboada sobre Catamarca, acudió en ayuda de la provincia amenazada y los atacantes retrocedieron. Navarro, de acuerdo con el gobernador Molina, para salvar a la provincia de la guerra, se dirigió a Mitre, el cual designó comisionado nacional en las provincias del norte a Marcos Paz, que desempeñaba la gobernación de Córdoba y delegó el mando en Wenceslao Paunero. Paz se dirigió a Catamarca, Molina abandonó su cargo y la legislatura designó gobernador a Francisco R. Galíndez, que no fue reconocido por el comisionado y delegó el mando en Moisés Omill, liberal. Paz entro el 3 de marzo en Catamarca y bajo su influencia se llegó a un acuerdo entre los gobiernos de Catamarca, Tucumán, Salta y Santiago del Estero, con lo cual quedó pacificado todo el norte y dispuesto a contribuir así, a la reorganización nacional.
El gobernador Todd dimitió en Salta en marzo de 1862 y la provincia pasó a manos de Anselmo Rojo, a quien pronto reemplazó Juan Nepomuceno de Uriburu.