José Gabriel Condorcanqui fue hijo de Miguel Condorcanqui y Rosa Noguera, por su condición de indígena noble realizó sus estudios con los jesuitas del Colegio San Francisco de Borja o Colegio de Caciques del Cusco.
Dominaba el quechua, castellano y latín, destacando entre sus lecturas los Comentarios Reales del Inca Garcilaso de la Vega, las Siete Partidas de Alfonso el Sabio, las Sagradas Escrituras, el drama quechua Apu Ollantay, así como posterior y clandestinamente textos de Voltaire y Rousseau, en aquella época censurados.
El 25 de mayo de 1758, contrajo matrimonio con Micaela Bastidas Puyucahua con quien tuvo tres hijos: Hipólito, Mariano y Fernando (todos apellidados Condorcanqui Bastidas); seis años después de su matrimonio fue nombrado cacique de los territorios que le correspondían por elemental herencia. Condorcanqui fijó su residencia en la ciudad del Cuzco, desde donde viajaba constantemente para controlar el funcionamiento de sus tierras.
Debido a sus prósperas actividades económicas, Condorcanqui empezó a sufrir la presión de las autoridades españolas, en especial por presión de los arrieros que vivían en la región de la cuenca del Río de la Plata, quienes intentaban tener el monopolio del tránsito de mineral por el Alto Perú. Las autoridades españolas sometieron a Condorcanqui al pago de prebendas.
Vivía la situación típica de los curacas: tenía que mediar entre el corregidor y los indígenas a su cargo. Sin embargo, se vio afectado, como el resto de la población, por el establecimiento de aduanas y el alza de las alcabalas. Realizó reclamos sobre estos temas pidiendo también que los indígenas fueran liberados del trabajo obligatorio en las minas, reclamos dirigidos por las vías regulares a las autoridades coloniales en Tinta, Cusco y después en Lima, obteniendo negativas o indiferencia.
Además, buscó que se le reconociera su linaje real inca, siguiendo por años un proceso judicial en la Audiencia de Lima y siendo este finalmente rechazado.
Sublevación
El 4 de noviembre de 1780 se inicia la rebelión de José Gabriel Condorcanqui contra la dominación española, adoptando el nombre de Túpac Amaru II, en honor de su antepasado el último Inca de Vilcabamba. Túpac Amaru se autodeclara Inca, Señor de los Césares y Amazonas, y jura con el siguiente bando su coronación: «... Don José Primero, por la gracia de Dios, Inca Rey del Perú, Santa Fe, Quito, Chile, Buenos Aires y Continentes de los Mares del Sur, Duque de la Superlativa, Señor de los Césares y Amazonas con dominio en el Gran Paititi, Comisario Distribuidor de la Piedad Divina, etc...».
Al comienzo el movimiento reconoció la autoridad de la corona, ya que Túpac Amaru afirmó que su intención no era ir en contra del rey sino en contra del «mal gobierno» de los corregidores. Más tarde la rebelión se radicalizó llegando a convertirse en un movimiento independentista.
Su esposa Micaela Bastidas así como familiares de ambos tuvieron una participación de primer orden en el movimiento, tanto en el reclutamiento, abastecimiento y hasta cierto punto en la toma de decisiones.
Con el apoyo de otros curacas, mestizos y algunos criollos, la rebelión se extendió, llegando a tener tropas de decenas de miles de combatientes. Entre sus ofrecimientos se hallaban la abolición tanto del reparto como de la alcabala, la aduana y la mita de Potosí.
La convocatoria de Túpac Amaru II buscó integrar a indígenas, criollos, mestizos y libertos negros en un frente anticolonial, pero no pudo evitar que la masificación del movimiento convirtiera el accionar en una lucha racial contra españoles y criollos (en general en el Virreinato los criollos no tenían en su actuar antagonismos con los españoles, siendo como mucho contrarios a las reformas borbónicas pero fieles a la corona en los demás aspectos).
Su movimiento tuvo dos fases:
Primera fase o fase tupacamarista, donde destaca la hegemonía de José Gabriel Túpac Amaru y continuada tras su muerte por su primo Diego Cristóbal Túpac Amaru.
Segunda fase o fase tupacatarista, donde destaca el protagonismo de Julián Apaza Túpac Katari.
Juicio y ejecución
Tras ser capturado el 6 de abril de 1781, fue llevado a Cuzco encadenado y montado en una mula. Ingresó a la ciudad una semana después, «con semblante sereno» mientras las campanas de la Catedral repicaban celebrando su captura. Apresado en el convento de la Compañía de Jesús, fue sucesivamente interrogado y torturado al límite del fallecimiento, con el objetivo de arrancarle información acerca de sus compañeros de rebelión en Cuzco y otras ciudades, y de sus ejércitos que aún conservaban grandes territorios. Torturas que fueron inútiles ya que no dio confesión alguna.
Más bien trató de enviar mensajes escritos con su propia sangre, pero estos fueron interceptados. La madrugada del 29 de abril a causa de los rigores del tormento le fracturaron el brazo derecho.
Un día durante el encierro cuando el visitador José Antonio de Areche, autoridad del interrogatorio y ejecución enviado por el rey Carlos III de España, entró intempestivamente al calabozo para exigirle, a cambio de promesas, los nombres de los cómplices de la rebelión, Túpac Amaru II le contestó: «Solamente tú y yo somos culpables, tú por oprimir a mi pueblo, y yo por tratar de libertarlo de semejante tiranía. Ambos merecemos la muerte».
El 18 de mayo de 1781, en acto público en la Plaza de Armas de Cuzco, se cumplió la ejecución de Túpac Amaru II, su familia y sus seguidores. Los prisioneros fueron sacados de sus calabozos, metidos en zurrones (un tipo de costal) y arrastrados por caballos todos a la vez, uno tras otro, hasta llegar a la plaza. Ya al pie del cadalso, Túpac Amaru II fue obligado, tal y como señalaba la sentencia, a presenciar la tortura y asesinato de sus aliados y amigos, su tío, sus dos hijos mayores y finalmente su esposa, en ese orden.
Después, al igual que hicieron con varios de sus lugartenientes, con su tío y su hijo mayor, le cortaron la lengua.
Luego se intentó descuartizarlo vivo, atando cada una de sus extremidades a caballos para que estos tirasen de aquellas y las arrancaran. Un testigo describió los hechos:
Atáronle a las manos y pies cuatro lazos, y asidos estos a la cincha de cuatro caballos, tiraban cuatro mestizos a cuatro distintas partes: espectáculo que jamás se había visto en esta ciudad. Intentaron por mucho tiempo pero no pudieron absolutamente dividirlo después que por un largo rato lo estuvieron tironeando, de modo que lo tenían en el aire, en un estado que parecía una araña.
Al ser la acción infructuosa sus verdugos optaron por decapitarlo y posteriormente despedazarlo. Su cabeza fue colocada en una lanza exhibida en Cuzco y Tinta, sus brazos en Tungasuca y Carabaya, y sus piernas en Livitaca (actual provincia de Chumbivilcas) y en Santa Rosa (actual provincia de Melgar, Puno). De igual forma despedazaron los cuerpos de su familia y seguidores, y los enviaron a otros pueblos y ciudades. Todo ello descrito en el documento español Distribución de los cuerpos, o sus partes, de los nueve reos principales de la rebelión, ajusticiados en la plaza de Cuzco, el 18 de mayo de 1781.
El hijo menor de Condorcanqui, Fernando, al ser un niño de 10 años, no fue ejecutado, mas se le obligó a presenciar el suplicio y muerte de toda su familia (incluyendo las patadas y pena de garrote a la madre así como el descuartizamiento del padre) y a pasar por debajo de la horca de los ejecutados, para luego ser desterrado a África con órdenes de prisión perpetua. No obstante el navío zozobró y acabó en Cádiz, siendo encarcelado en las mazmorras de dicha ciudad (el virrey Agustín de Jáuregui sugirió que no fuera enviado a África sino a España por temor a que alguna potencia enemiga lo rescatara). Falleció en España en 1798