Durante la segunda presidencia Roca aprobó un monton de leyes de todo tipo sobre ferrocarriles , territorios nacionales , nacionalización , etc.
Una serie de leyes de este período muestran el sentido constructivo del gobierno: sobre conversión (1899); sobre explotación y conservación de los ferrocarriles nacionales (1900) ; creación del territorio nacional de Los Andes (1900) ; contratación de la construcción de elevadores de granos (1900) ; defensa de la ganadería contra las enfermedades infecciosas (1900) ; adquisición de un campo de maniobras para el ejército que se denominó Campo de Mayo (1901) ; autorización de la construcción del ferrocarril a Bolivia (1902) ; ley de quiebras (1902) ; abolición de la censura en las obras teatrales (1903) ; vacunación obligatoria (1903) ; fomento de los juegos atléticos (1904) ; nacionalización del puerto de La Plata (1904); proyecto de ley nacional del trabajo presentado al congreso por el poder ejecutivo en 1904, obra de Joaquín V. González.
El ministro González informa respecto de este proyecto: "Su génesis está en los movimientos de obreros de 1902 que dieron lugar al establecimiento del estado de sitio para restablecer el orden del comercio nacional y extranjero” su finalidad era “evitar agitaciones de que viene siendo teatro la República desde hace algunos años, pero muy particularmente desde 1902 , en que ellas han asumido caracteres violentos y peligrosos para el orden público". Primero se recurrió a la ley de residencia para contener el movimiento de las reivindicaciones obreras, y, como los hechos revelaron que la medida no había sido eficaz, se procuró encauzar de arriba abajo, por la ley, un hecho universal irreversible. Se quería legislar sobre las nuevas asociaciones obreras, de manera que su. existencia y desarrollo sólo pudiesen considerarse normales en la medida en que no afectasen los preceptos constitucionales, los fines del Estado y los principios de libertad y orden público. "La transgresión a este límite —decía González—,invade la jurisdicción de la ley, y las personas que asociadas la cometen, usurpan autoridad y perturban la armonía jurídica del Estado".
Joaquín Víctor González en 1901 el presidente Roca lo designó Ministro del Interior, para lo cual debió renunciar a su banca de diputado. Al mismo tiempo se hizo cargo en forma interina de los ministerios de Justicia e Instrucción Pública y de Gobierno y Relaciones Exteriores. No por esto abandonó su labor académica, dictando discursos magistrales recordados por años, como el pronunciado en la Facultad de Derecho en 1902 sobre El ideal de la Justicia y la vida contemporánea. Siendo ministro esbozó un proyecto de reforma electoral por circunscripciones, uninominal, el que convertido en ley, se tradujo en la descentralización comicial gracias a la cual fue electo Alfredo Palacios, primer diputado socialista de la Argentina y de Latinoamérica. González fue, en el aspecto político, de lineamiento sumamente conservador.