Durante el gobierno constitucional de Urquiza hubo intervenciones a varias provincias, pero fue casi siempre para restablecer el orden perturbado por luchas civiles.
La primera y más amplia de esas intervenciones fue la enviada a La Rioja el 5 de marzo de 1857 para restablecer el régimen constitucional alterado por una asonada; el vicepresidente del Carril encomendó la tarea al general Nazario Benavídez, comandante de la división del oeste, que no pudo cumplir el encargo por haber sido absorbido al mismo tiempo por acontecimientos subversivos en el propio San Juan; en su lugar fue designado Nicanor Molinas.
El general Juan Pablo López, gobernador de Santa Fe, pidió la intervención del gobierno federal para defenderse contra el hostigamiento de la legislatura y en octubre de 1856 fue a mediar en el conflicto el ministro del interior Santiago Derqui, que dejó allanados los problemas pendientes en pocos días, pero en abril de 1857 la provincia fue intervenida nuevamente para mantener el orden y evitar una lucha armada.
Después de muchas vacilaciones y escollos, San Juan se dio una Constitución en 1856, la última de las provincias cuyanas en esa ruta, a pesar de haber sido la primera en 1825; Mendoza había tenido por inspirador de su primera Constitución a Alberdi; San Juan no tuvo ninguna y la carta constitucional que gestó le llevó un año y nueve meses.
Laspiur creó una Guardia Nacional, es decir, milicias urbanas, dirigida por oficiales liberales. Benavídez se negó a entregar las armas provinciales en su poder, escudándose en que era el comandante del Ejército del Oeste de la Confederación Argentina. Gómez ordenó su arresto y enseguida comenzó a circular la versión de que lo iban a matar. Urquiza decidió rescatar a Benavídez y mandó una intervención federal que, por el momento, debía limitarse a lograr la libertad del general de la Confederación. Pero, antes de que la comisión llegara, un grupo de sus partidarios intentó liberar a Benavídez; sus carceleros lo asesinaron. La muerte de Benavídez fue festejada en Buenos Aires, y el gobierno de Gómez se negó a entregar a sus asesinos a la justicia. En respuesta, los comisionados – Santiago Derqui, José Miguel Galán y Baldomero García – depusieron a Gómez e intervinieron el gobierno de la provincia. Pero éste tuvo una consecuencia de más peso, ya que llevó a la guerra entre la Confederación y el Estado de Buenos Aires; guerra que culminó en la batalla de Cepeda, y se dio por terminada con el Pacto de San José de Flores
Se reunieron al efecto 34 constituyentes; la convención fue presidida por el general Benavídez; la mayoría de los convencionales eran del partido liberal y gobernaba la provincia Francisco D. Díaz, que sancionó la carta constitucional, aprobada por el Congreso nacional en setiembre de 1856.
El primer gobernador constitucional fue Manuel José Gómez Rufino (8 de setiembre de 1857), que pertenecía al partido unitario y no al federal, y designó ministro a Saturnino Laspiur. Benavídez continuó a cargo de la circunscripción militar.
San Juan había sido intervenida en abril de 1857 a consecuencia de un motín que derrocó a las autoridades constituidas; se designó comisionado a Nicanor Molinas, que regresaba de cumplir idéntica misión en La Rioja.
El gobierno de Gómez Rufino, temeroso del general Benavídez, lo redujo a prisión el 19 de setiembre de 1858, lo encerró en un calabozo y le puso, a pesar de su edad avanzada, una barra de grillos de arroba y media a los pies.
Nicanor Molinas en 1857 fue interventor federal en la provincia de San Juan, cargo que ocupó cinco meses.
Salvador María del Carril, a cargo del poder ejecutivo en su calidad de vicepresidente, en decreto refrendado por Derqui designó una comisión compuesta por el doctor Baldomero García y el general José Miguel Galán para que reclamasen la libertad del preso o se le sometiese a la justicia federal. Antes de la llegada de los comisionados, el general Benavídez fue asesinado en su calabozo el 23 de octubre.
Como se agravase la situación, fue a San Juan a presidir la misión federal el ministro Derqui y su actuación se extendió a Mendoza, La Rioja y San Luis.
Los comisionados se detuvieron en Mendoza y organizaron milicias para dirigirse a San Juan; llegados el 28 de noviembre a la Rinconada del Pocito, proclamaron el estado de sitio y asumieron el gobierno de la provincia, en vista de la presencia de una división riojana al mando de Ángel Vicente Peñaloza, caudillo que vivía en La Rioja desde 1844 con el amparo de Benavídez, y de quien se suponía que procedería con espíritu de venganza contra los asesinos del jefe militar de la circunscripción.
El gobernador Gómez Rufino y el ministro Laspiur fueron detenidos, encerrados en la misma celda en que fue muerto Benavídez y cargados de grillos; luego fueron remitidos a Paraná para que los juzgue la Cámara de diputados de la Confederación. También se detuvo a los vocales de la Cámara de justicia y se declaró disuelta la legislatura.
Desaparecidos así los tres poderes, fue convocada una nueva legislatura y el ministro Derqui logró imponer como nuevo mandatario de la provincia al coronel José A. Vicente Virasoro, correntino, desconocido y desconocedor de la provincia, pero a quien Derqui había tratado en 1841 durante la campaña del general Paz.
En octubre de 1857 fue intervenida la provincia de Jujuy para asegurar el régimen constitucional, y el comisionado Mateo y Luque dio rápidamente término a su cometido con toda satisfacción.
La última intervención del gobierno de Urquiza fue enviada a Mendoza, presidida por Pascual Echagüe, en marzo de 1859; tenía la misión de restablecer la legalidad y evitar las consecuencias de un desacuerdo entre los poderes constitucionales de la provincia, cuyo gobernador, Juan C. Moyano, falleció antes de la llegada del interventor. Éste asumió el mando y en agosto dio por terminada su tarea, entregando el gobierno al coronel Laureano Nazar, elegido por la legislatura.
Un cuadro de la compleja política de la hora es el que ofrecen Tucumán y Santiago del Estero con sus disputas.
Durante su ausencia en San Nicolás, Celedonio Gutiérrez fue depuesto con ayuda de los santiagueños, como se ha dicho, siendo elegido para reemplazarle Mariano A. Espinosa. Gutiérrez se dirigió a Catamarca y recibió ayuda para recuperar el mando. Libró batalla contra las fuerzas rebeldes de su provincia y la división auxiliar santiagueña sobre el río Colorado; Espinosa murió en la acción, con varios oficiales y 70 individuos de tropa; fueron tomados unos 80 prisioneros. Gutiérrez volvió al gobierno en abril de 1853. Hizo jurar la Constitución de Santa Fe el 9 de julio, según lo dispuesto por Urquiza. Santiago del Estero realizó la jura con gran pompa, lo que no impidió que santiagueños y tucumanos volvieran a luchar entre sí. Los Taboada se muestran irreconciliables con Gutiérrez y Salta y Jujuy se alían con Santiago del Estero.
Una comisión nacional de la que formaban parte Marcos Paz y Benjamín Lavaysse propusieron a Gutiérrez el retiro del mando y de la provincia con todos los honores, a lo que no se avino el afectado. No era el delegado Lavaysee el más indicado para el oficio de mediador, por su vinculación con los Taboada y su parcialidad manifiesta. Los santiagueños avanzaron sobre Tucumán e infligieron una seria derrota a fondo a los tucumanos, tomando numerosos prisioneros, armamento y municiones. Los bienes de los representantes de la Sala tucumana fueron embargados para indemnizar a los santiagueños por los daños sufridos. Gutiérrez emigró a Bolivia, mientras en Santiago afirmaban su poder los Taboada y en Tucumán quedaba el cura Campos. Volvió Gutiérrez a Catamarca, alentado por los hombres de Paraná, a donde llegó después. En 1856 fue elegido Agustín J. de la Vega gobernador de Tucumán, y Urquiza creyó conveniente que Celedonio Gutiérrez volviese a su provincia para producir la fusión y fraternidad que era de regla en la era actual, según el presidente de la Confederación, pero se dirigió primeramente a Salta. Marcos Paz fue luego al gobierno de Tucumán. La lucha entre "confederales" y "demagogos" se agudizó a raíz del asesinato de Benavídez en San Juan.
Gutiérrez no había renunciado a su condición de antiguo federal, y se radicó en Salta, donde murió el obispo Colombres en febrero de 1859. Urquiza se pone en movimiento contra Buenos Aires, y la campaña se abre a fines de agosto, se produce el encuentro y el triunfo de Cepeda; es elegido Derqui presidente de la Confederación. Gutiérrez decide volver a Tucumán, hacia el final del gobierno de Marcos Paz. Y murió en su provincia cargado de años, pero después de presenciar cómo la batalla de Pavón dio otro rumbo y otro equilibrio a las provincias interiores.
Sin la segregación de Buenos Aires y la presencia allí de un foco de hostilidad hacia la persona de Urquiza y el gobierno federal, foco del cual partían muchas incitaciones directas e indirectas a revueltas y a cambios de gobierno en las provincias, el gobierno de Urquiza habría sido uno de los más fecundos y progresistas. Sin embargo, cuando entregó el gobierno a su sucesor constitucional, la organización nacional era ya un hecho y la tarea final de Mitre estaba prefijada y garantizada.
No habría sido tarea superior a las fuerzas de Urquiza someter a Buenos Aires por las armas, pero resistió a esa tentación y a las exhortaciones de muchos de sus amigos de Paraná y de la propia provincia de Buenos Aires. Rehuyó en todo lo posible la decisión definitiva por las armas y ése fue otro de sus méritos como gobernante.