En ejercicio del mando supremo, Urquiza convocó a elecciones para formar el Congreso de la Confederación, fijándose al efecto la fecha del 25 de mayo próximo.
Se constituyeron las dos Cámaras, la de diputados y la de senadores, y las sesiones se inauguraron el 22 de octubre de 1854 con representantes de 13 provincias. El Senado, presidido por el vicepresidente del Carril, eligió para vicepresidente a José Leonardo Acevedo; en diputados fueron elegidos presidentes José Benjamín Acuña, diputado por Salta, y Juan Francisco Seguí, diputado por Santa Fe; se nombró secretario a Felipe Contreras.
Senadores electos: José Leonardo Acevedo y José Miguel Galán, por Paraná y Entre Ríos; Pascual Echagüe y Pedro Ferré, por Catamarca; Severo González y Regis Martínez, por Córdoba; José Vicente Saravia y Facundo Zuviría, por Corrientes; José Benito Bárcena, por Jujuy; Gerónimo Espejo, por Mendoza; José Hilarión Casal y Urbano de Iriondo, por Santiago del Estero; Vicente del Castillo y Manuel Leiva, por Santa Fe; Ruperto Godoy, por San Juan; Estanislao Rodríguez, por San Luis; Marcos Paz, por Tucumán.
En 1855 se incorporaron nuevos senadores: Baldonero García, Ramón Alvarado, Benjamín Villafañe, Ciriaco Díaz Vélez, Angel Elías, Francisco Delgado, Antonio Crespo, José Casiano Goitía, Dámaso Uriburu, Tomás Guido, José Esteban Pedernera, Miguel Vidal y Agustín Justo de la Vega.
Constituida la asamblea, concurrió el presidente de la Nación con sus ministros para leer el mensaje de práctica; asistieron representantes del ejército, del clero y los funcionarios civiles de la administración. El pueblo se adhirió al acto con entusiasmo. El presidente vestía su uniforme de capitán general, ostentando la condecoración que le había otorgado el Papa; entre sus acompañantes figuraban veteranos de la guerra de la independencia.
El mensaje fue leído por Gorostiaga y se ratificó una vez más el anhelo de armonía y fusión entre los pueblos en discordia; refiriéndose a Buenos Aires, dijo que los actos del gobierno tenderían a su reincorporación, para alejar el peligro de su segregación definitiva.
"La insistencia de estas manifestaciones —decía el mensaje— revela que el buen sentido de las provincias repudia con horror el aislamiento y que tienen en odio a las banderías parciales, que las mantuvieron segregadas como átomos sin ningún valor ni importancia social. Materia de amargo y perdurable sentimiento será para ellas el recuerdo de los males que sufrieron. Cruelmente eludidas, habían pedido a su propia y efímera independencia, la seguridad y el bienestar que sólo el orden general y el progreso natural del tiempo podían conquistar y garantirles".
Así se inauguraban las sesiones de un congreso nacional con auténtico sello constitucional. La ausencia voluntaria de Buenos Aires afectaba a la integridad de la nación, pero no a la legitimidad de la representación del resto del país; tampoco disminuía la personalidad jurídica de las provincias que habían elegido los miembros de una de las cámaras del Congreso; éste se hallaba, pues, en la plenitud de sus atributos constitucionales.
Desde hacía 28 años no se habían reunido los representantes de la soberanía nacional. Buenos Aires no concurrió legalmente, pero muchos de sus hijos estuvieron en Paraná y trabajaron desde allí por la unión definitiva.
Desde 1854 fueron sancionadas por el Congreso 229 leyes cuya ejecución quedó a cargo del poder ejecutivo.
Las Cámaras funcionaron con perfecta independencia frente al poder ejecutivo; los diputados cumplieron con su deber a conciencia, imparcialmente y con competencia; muchas veces su criterio fue más allá de los intereses partidistas o personales, y sancionaron leyes que contradecían los deseos manifestados por el presidente de la Confederación. Las situaciones difíciles y los obstáculos no se habrían afrontado sin una profunda fe en el porvenir y sin abnegación patriótica y gran desinterés.
La separación de Buenos Aires creaba un grave problema político y además financiero, pues las trece provincias reunidas no disponían de recursos equivalentes a los que proporcionaba la aduana porteña. Y a todo ello se agregaba la certeza de una nueva guerra civil, que al fin estalló en 1859, y cuyo espectro estuvo presente a lo largo de siete años en los congresistas.
La independencia del congreso fue completa; se vio esto, entre otros casos, en la ley que declaró incompatible el cargo de senador o diputado con el de ministro, y en la ley que rechazó el contrato firmado en París con Monfort para la colonización del Chaco; también en la aprobación de la ley que desconoció al poder ejecutivo la facultad de crear empleos estando el Congreso en sesión, así como en el rechazo del diploma del coronel Alfredo du Graty por no tener la ciudadanía argentina o en la denuncia contra el poder ejecutivo por incumplimiento de la ley que disponía la prohibición de nueva emisión de bonos, en las interpelaciones a los ministros, en los juicios políticos contra varios gobernadores de provincia, en la sanción de un voto de censura contra el gobierno por no haber presentado el proyecto de presupuesto para 1858 en el plazo constitucional, etc.
Formaron parte de la Cámara de diputados: Juan José Alvarez y Diógenes José de Urquiza, por Paraná y Entre Ríos; Manuel José Navarro, Tristán Achával, José María Zuviría, José Manuel Figueroa, por Catamarca; Manuel Lucero, Francisco Borja Rius y Mateo José Luque, por Córdoba; Luciano Torrent, José María Cabral, Eulogio Cruz Cabral y Pedro Igarzábal, por Corrientes; Macedonio Graz e Indalecio Chenaut, por Jujuy; Baltasar Sánchez, Federico Corvalán, por Mendoza; José Benito Grafía, Pedro Uriburu, Juan de Dios Usandivaras, por Salta; Saturnino María Laspiur, por San Juan; Carlos María Pizarro y Calixto María González, por San Luis; Juan Francisco Seguí, por Santa Fe; Figuel Rueda, Juan Francisco Borges, Pedro Pablo Olaechea, por Santiago del Estero; Baltasar Vico y Uladislao Frías, por Tucumán. En 1855 se incorporaron Avelino Ferreira, Tomás Garzón y Justiniano Posse, por Córdoba; Daniel Aráoz, por Jujuy; Vicente Gordillo y Ramón Gil Navarro, por La Rioja; José Manuel Arias y Genaro Feijóo, por Salta; Amado Laprida, por San Juan; Domingo Palacio, por Santiago del Estero, y Pedro Pondal, por Santa Fe.