El poder judicial fue el único que no pudo constituirse en forma estable a causa de la situación del país y de la escasez de profesionales capaces de consagrarse de lleno a esa tarea.
En decreto del 5 de agosto de 1854 se designaba para constituir la Corte Suprema de Justicia a Gabriel Ocampo, José Roque Funes, Agustín Delgado, Martín Zapata, Facundo Zuviría, Bernabé López, José Benito Grafía, Nicanor Molinas y Baldomero García; para fiscales a Ramón Ferreyra y a Pío Tedín. Se fijó el 27 de octubre para la instalación de la Corte, y un decreto posterior señaló un sueldo de 250 pesos para cada juez y 200 pesos para los fiscales.
El día fijado para la instalación de la Corte, sólo se hallaban en Paraná José Roque Funes, J. B. Gratia y Nicanor Molinas. Mientras se constituía la Suprema Corte el Congreso organizó por ley de emergencia en agosto de 1856 una Cámara de Justicia, cuyas funciones estarían a cargo de los hombres designados para la Corte Suprema, a medida que iban llegando a Paraná: Funes, Grafía, Molinas, a los que se unieron después Baltasar Sánchez y Manuel Lucero, que debían suplir interinamente a los ausentes. En febrero de 1855 se nombró miembro de la Corte a Manuel Bonifacio Gallardo; en enero de 1856 se incorporó Baldomero García a la Cámara de justicia; en agosto se hizo cargo de su puesto el fiscal Ramón Ferreyra. Pero la Corte Suprema no se instaló definitivamente hasta después de lograda la integración nacional con la incorporación de Buenos Aires, y fue obra de Mitre.
Nicanor Molinas durante la presidencia de Urquiza ocupó toda clase de cargos públicos, especialmente en el área de las finanzas públicas. Fue también nombrado ministro de la Suprema Corte de Justicia de la Confederación, pero ésta nunca llegó a funcionar como tal. En 1857 fue interventor federal en la provincia de San Juan, cargo que ocupó cinco meses.
Aunque ya se designaban en el decreto del 26 de agosto de 1854 las personas que debían integrar la Corte Suprema de Justicia, muchos de los designados cumplían tareas absorbentes en dependencias del gobierno y no pudieron asumir sus funciones y entrar en acción. Y la situación creada por la escisión de Buenos Aires, hasta la escasez de letrados para las funciones judiciales, impidieron que esa rama del gobierno constitucional funcionase con la plenitud con que funcionaban el poder ejecutivo y el legislativo, según se ha dicho.
El 6 de septiembre de 1858 fue sancionada la ley orgánica de la justicia federal, que establecía cinco cámaras de distrito y jueces de sección. Se dictó además en el período de gobierno de Urquiza la reglamentación de la profesión de abogado, la de las cárceles nacionales y se nombró una comisión de juristas para proyectar la legislación civil, comercial, penal y de minería.