Las relaciones con la Santa Sede no se habían reanudado desde mayo de 1810 y en Roma se adoptó una posición expectante con respecto al reconocimiento de la independencia de las posesiones españolas; los gobiernos patrios recurrían al derecho de patronato en conformidad con las teorías regalistas de los monarcas de España y eso trajo complicaciones que no hallaban solución por la falta de un gobierno central; Rosas mantuvo vacantes varias sillas episcopales y no contribuyó a allanar las divergencias existentes con Roma.
Entre Ríos no volvió a ver un obispo desde la visita de Lue y Riega en 1805. La revolución de mayo de 1851 interrumpió totalmente las comunicaciones entre el obispo de Buenos Aires y los párrocos entrerrianos. Y fue Urquiza el que inicio una serie de gestiones para que la Santa Sede diese solución, al menos provisoria, a las dificultades.
La Constitución de 1853 estableció los principios de derecho público para regular las relaciones de la Iglesia y el Estado, declarando simultáneamente la libertad de cultos y la obligación del gobierno federal de sostener el catolicismo y el derecho de patronato. Urquiza realizó gestiones para inspirar confianza en la Santa Sede; en 1854 designó agente confidencial en Roma al presbítero Salvador Ximénez, cónsul romano en Montevideo, y el Congreso nacional autorizó por ley en 1855 al poder ejecutivo a crear la diócesis de Paraná.
Alberdi fue nombrado en 1857 delegado extraordinario ante la Corte pontificia y logró que fuese enviado a la Confederación como delegado papal el arzobispo Marino Marini.
El papa Pio IX en agosto de 1858 creo el vicariato apostólico de Paraná y en setiembre de ese año fue enviado Juan del Campillo en misión especial ante el Vaticano; el resultado de esas gestiones fue la erección de la diócesis de Paraná con jurisdicción sobre el litoral.
El arzobispo Marino Marini llegó a Paraná en febrero de 1858 y fue reconocido en el carácter que investía. y como en aquellos momentos se preparaba la Confederación para resolver por las armas la separación de Buenos Aires, monseñor Marini bendijo los estandartes y banderas del ejército federal. En agosto del mismo año 1858 fue creado el vicariato apostólico de Paraná y en setiembre fue enviado Juan del Campillo en misión especial ante el Vaticano; el resultado de esas gestiones fue la erección de la diócesis de Paraná con jurisdicción sobre el litoral.
La bula pontificia fue proclamada el 18 de marzo de 1860 en la iglesia catedral de Paraná ante el presidente Derqui; poco antes la Santa Sede había hecho llegar al gobierno nacional las bulas correspondientes a los obispos designados para Salta, Córdoba, San Juan, con lo cual fueron llenadas esas vacantes. Juan del Campillo intentó negociar un concordato, pero esas gestiones fracasaron porque el papa Pío IX no quiso transigir con ciertas cláusulas de la Constitución que, a su entender, afectaban los derechos de la Iglesia.